正德年間宦官首領劉瑾專權，禦杖的刑罰更為酷烈。正德元年（1506），劉瑾把大學士劉健、謝遷趕出京師，激起士人共憤，給事中艾洪、南京給事中戴銑、禦史薄彥徽等21人，或獨自署名，或數人聯名，上疏請求保留劉、謝二人，同時彈劾劉瑾和另外兩名宦官馬永成、高鳳。劉瑾在武宗麵前添油加醋地進讒言，請得聖旨，將這21人全部逮捕，各用禦杖杖打三十。其中戴銑受刑最重，當時即死於杖下。禦史蔣欽三次上疏，三次被杖打，每次杖責三十，第三次受杖打後過了三天即死於獄中。明朝著名的思想家王守仁當時任兵部主事，也上疏救戴銑，劉瑾假傳聖旨，把他禦杖五十，打得死去活來，之後又把他貶官到貴州龍場驛丞，把他放到一個最苦的地方去受罪。
劉瑾施行的禦杖，其狠毒超過了前代。成化以前，朝臣被禦杖責打時都不脫衣褲。從劉瑾開始，朝臣遭禦杖責打時都要脫去衣褲，這樣，輕者傷勢加重，重者就丟了性命。劉瑾用的行刑的校尉都是經過專門訓練的。訓練的辦法是，先用皮革包裝紮成兩個假人，一個裏麵裝上磚塊，另一個外麵裹一層紙。用禦杖打裝磚塊的假人，看上去下手很輕，但打開皮革一看，裏麵的磚塊已全部破碎；打包紙的假人時，看上去下手很重，便連紙也打不破，練到這種程度，他才能被選用為執行禦杖的打手。這樣，在行刑時就可以隨心所欲，如果想把人打死，就用打包磚塊人的方法；如果想照顧誰，就用打包紙人的方法。不知底細的旁觀者，根本看不出一點兒破綻。
劉瑾挖空心思，利用禦杖殘害忠良，但他自己搬磚砸自己的腳，他最後也受到了禦杖的懲罰。正德五年（1510），宦官張永告發劉瑾謀反，錦衣衛指揮劉琿按照常規，將劉瑾在午門外用禦杖杖責後淩遲處死。劉瑾作惡多端，終於自食其果。
劉瑾死後，禦杖的使用並沒有減少，其他宦官把持朝政時，迫害異己勢力的殘酷手段比劉瑾有過之而無不及。正德十四年（1519）春天，宦官江彬鼓動武宗南遊，群臣紛紛上疏勸諫武宗不要聽信江彬的奸佞之言，使天下勞民傷財。武宗大怒，傳旨將上疏進諫的兵部郎中黃鞏、兵部員外郎陸震等數人下詔獄，將修撰舒芬等146人在午門外罰跪五天。舒芬這幫人跪完五天後，武宗又下令在午門將他們施行禦杖杖責，每人三十大棍。江彬見大臣們都彈劾他，非常惱怒，授意校尉從重用禦杖責打。這些溫文爾雅的文職官員，哪裏受得過這般酷刑？行刑時慘叫聲響徹皇宮內外，情景十分恐怖。舒芬被禦杖後，奄奄一息，抬回翰林院時，掌院的官員害怕得罪江彬，不準在院中停留，舒芬哀求：“我在這裏任職，就讓我死在這裏吧！”還是不許，舒芬隻好帶著重傷，被人抬著踏上貶謫的路程。幾天後，武宗又下令將已下詔獄的黃鞏等六人予以禦杖，其中大理寺正卿周敘等三人各五十，另外三人各四十。同時被禦杖的還有姚繼岩等22人。黃鞏受杖後削職為民，遣送回原籍。陸震杖傷特別重，江彬又讓人絕其飲食，第二天他就死在獄中。工部主事何遵被棍棒打得肢體開裂，兩天後也死去。大理寺評事林公輔身體虛弱，不勝禦杖而死。行司副餘廷讚等人當時就死於杖下。這兩次被禦杖杖打的共168人，打死15人。所以壞官好當，好官難做。
時隔不久，嘉靖初年又進行了一次大規模的禦杖。事情的起因是：武宗朱厚照駕崩，他無子可以繼承帝位，於是由皇太後張氏做主，將孝宗朱祐樘的弟弟興獻王朱祐杬的兒子朱厚熜過繼給孝宗，作為嗣子，這樣他就算是武宗的弟弟，可以繼承帝位。朱厚璁就是世宗嘉靖皇帝。他即位後要稱孝宗為父，而應稱親生的父母為“本生父母”，但嘉靖登基後的第一件事，就是下旨去掉“本生”的稱呼，並給親生父親追封皇帝的諡號。他的意思顯然是不願再做孝宗的嗣子，因此，群臣輿論嘩然，認為世宗的做法不合大禮。於是，以尚書金獻民、侍郎何孟春為首，一共計229位朝臣，一起跪在左順門進諫，勸皇帝改變主意。這就是明朝曆史上著名的“議大禮”事件。從早晨至中午，世宗兩次傳旨，眾官仍然跪地不起。嘉靖大怒，命令錦衣衛將為首者逮捕。修撰楊慎、檢討王元正等人用力搖晃左順門的門扇，放聲大哭。世宗更加憤怒，又命人把四品以下的朝臣馬理、王相、毛玉、張日韜等134人拘禁，五天後又將其中的16人在午門施行禦杖。又過四天，又將修撰楊慎等七人再杖打一次。被禦杖的134人中，共被打死17人。