“我看是勞累所致，”源田自己認為。毫無疑問，這話十分正確。早在1941年初春，他就迷上了山本關於攻打瓦胡島美太平洋艦隊的設想，熱情地為它費盡了心機。如果說山本是空襲珍珠港計劃之父，那麼，源田應該算是該計劃之母。是源田注入了自己的精神，發揮了自己的智慧，使計劃得以問世，又是源田用自己的心血哺育該計劃成型，保護它不受來自各方麵的幹擾。12月7日上午的成功使他看到了自己的希望和信念的正確因而欣喜若狂。那次成功也賦予了他以新的重任。從那以後，南雲把他看作萬事通。幾個月來，南雲取得了一連串令人難以置信的勝刊。
在這幾個月裏，源田一直在南雲左右為他出謀劃策，地位僅決於參謀長草鹿。確實，
1941年和1942年初的源田應該是值得心理學家或社會學家研究的戰爭中人類的一個完整典型，一個緊張忙碌的人的典型。如今，上天終於發怒了，對他作出了懲罰。
此後幾天，由於住病員艙，源田未能與艦橋上的指揮官接觸。南雲和草鹿實在太忙，不能和他聊天。當然，參謀中的一些熟入和一些飛行員常來探望，告訴他重要的戰況。然而，在海戰前極為關鍵性的3天裏，南雲未能得到這位在海軍航空兵作戰方麵最有發言權的軍官的直接幫助。
5月31日（東京時間6月1日），山本的主力艦隊由於原定次日加油，從“鳳翔號”派出巡邏機尋找油船。據“鳴戶號”油船報告，它們比原定位置落後約30海裏。但是“風翔號”的巡邏機並未發現它們。山本又派遣第九巡洋艦戰隊和兩艘驅逐艦尋找，並指示它們找到後即行加油。
身材粗壯、挺胸收腹的山本站在艦橋上，白色軍服閃閃發光。帝國海軍規定6月1日起改著夏服，但宇垣通知艦隊其他人員暫不換裝，何時換裝，另行通知。天氣仍然很涼。宇垣覺得過早改著白色夏服，在艦橋上呆很久會影響健康。
10時許，一偵察機報告說艦隊左舷8000米處有一敵潛艇。驅逐艦“時雨號”和“綾波號”“立即前往消滅該艇，同時艦隊向右加速行駛，進行規避”。三和對報來的敵情表示懷疑。接著，“風翔號”發出信號說已經擊中，根據是看到水麵上有一層20米寬50米長的油膜。但這不一定是進攻的結果。可能他們誤認為這片油膜表明水下有潛艇。三和也指出，有時人們會把上浮的鯨魚當作潛艇。
然而，那天其它地方也發現了潛艇。威克島的一架水上飛機在該島北東北和東北方向的400-590海裏水域發現潛艇數艘；沃特傑島的一架飛機在該島北東北方向500海裏處發現一艘潛艇。宇垣得到這些報告後，判定美國人已對日軍企圖有所覺察。日方監聽到的夏威夷地區的180多次無線電聯絡中，標明“緊急”的有72次之多。
“可以認為敵人對我方行動肯定已有覺察，並正在準備迎擊我們。”宇垣寫道。“特別是，幾乎可以肯定他們已於中途島西南方600海裏附近部署了潛艇。它們與飛機一起加強了對該島的警戒。”其實，英格利希的潛艇警戒線幾乎在中途島的正西方。
那天晚上，另一條令人不安的消息傳到“大和號”上，使軍官們大為氣惱。三和寫道：“悉尼電台說日軍在悉尼港內發起了攻擊，但有關部隊卻無正式報告，因而進攻詳情不得而知。我很擔心他們很可能未能返回。”
澳大利亞電台談到了日本人搞了一次袖珍潛艇襲擊，說日本人這樣做是雕蟲小技，愚蠢而又徒勞。宇垣對袖珍潛艇作戰很感興趣，他本人就有不成功便成仁的想法。他對那些作戰勇敢但卻毫無建樹的年輕人特別寵愛，至少在他無所不談的日記裏可以看出這一點。他寫道：“可以設想，這些潛艇的攻擊一定給敵人造成了相當大的破壞。願老天保佑船員們安全返回。”
嗚呼！宇垣對潛艇的破壞性如此深信不疑，為部下的安全如此虔誠禱告！可是，唯一的破壞隻是：一枚魚雷從目標美巡洋艦“芝加哥號”下穿過，炸掉了作為營房的一艘老式渡船的船底，炸死了一些水兵。“芝加哥號”發現了襲擊者，向它開炮，但由於這艘袖珍潛艇就在該艦鼻子底下，距離太近，因而炮打高了，未中。就這麼小事一樁，但帝國大本營卻發表了失實的，卻又勁頭十足的公報，繪聲繪色地描述英國戰列艦。沃斯派特號”在悉尼港如何中雷起火、如何沉入海底。
那天，《日本時報與廣告報》發表社論，對美國海軍的實力進行評論。社論使正在吃早餐的讀者大為振奮。社論說：