美國人這邊也有通訊聯絡的問題。斯普魯恩斯的無線電員報告說，他們聽到了瓦胡島外的沿海巡邏隊與珍珠港的通話。這一情況令人不安，說明TBS係統並不能抗竊聽。TBS係統是短距離直線傳播係統，原估計它的電波不會越出地平線。這次通話傳到第十六特混艦隊上也許是大氣或力學上的反常現象。這種反常現象可能數周或數年也不會出現一次，但斯普魯恩斯還是不想冒險。他用目視信號通令全特混艦隊；除非情況極為緊急，夜間不得處用TBS係統，白天隻準使用目視信號。斯普魯恩斯決心不喪失作戰的突然性，也決不暴露自己的位置。因此，在下令禁止使用無線電的同時，他通知所有飛行員，在即將開始的戰役中，各機自行返回航空母艦，不能再指望航空母艦用無線電導航。
這天，夏威夷時間6月1日，日本報紙早就說已經沉沒了的“薩拉托加號”航空母艦全速離開了聖迭戈，希望能及時趕到中途島海區參加戰鬥。結果卻未能如願，它到達珍珠港那天，中途島海戰已告結束。參戰部隊方麵，弗萊徹的第十七特混艦隊接受了“西馬倫號”和“普拉符號”戰前的最後一次加油，同時，“大黃蜂號”派飛機飛出150海裏進行搜索，但沒有發現敵人。
“這鬼天氣又冷又潮，因此，很可能最先發出有關日軍消息的是中途島的雷達。”在VF-6的飛行日誌上說。第二天依然是濃雲密布、波浪滔天，美日雙方艦隊的前進均受到阻礙。南雲的艦隻在600碼距離以外就相互視而不見。為避免相撞並保持隊形，南雲批準使用探照燈。這一舉動相當冒險，但是濃霧像一堵厚厚的牆，強大的光柱幾乎未離開燈座就彌散開來，根本無法穿透。濃霧使南雲不能派出反潛巡邏飛機，但對裝備著雷達的美軍潛艇卻不起作用。於是，南雲命令艦隊高度戒備，並加派雙哨加強對敵潛艇的觀察和警戒。
南雲及其參謀們聚集在“赤城號”艦橋的右邊，默不作聲地注視著前方。艦橋左邊，艦長青木和航海長三浦海軍中佐在能見度幾乎為零的困難情況下聚精會神地指揮軍艦保持隊形和航向。按照原定計劃，艦空母艦機動部隊應於10時30分改變艦向，這對南雲可是個大難題，他必須通知所有艦隻按原計劃改變航向。但是濃霧彌漫，旗號聯絡已毫無用處，探照燈光也不能有效地傳遞命令。唯一的辦法是使用無線電，但那樣做就等於把機動部隊的位置通知美方。
南雲不喜歡使用這些辦法。他本人驍勇無比，連戰連捷又使他趾高氣揚，雄心勃勃。但是，他總喜歡不折不扣地按照上級的規定作戰，而缺少在情況發生變化時相應地迅速作出決斷的靈活性。然而，這時，他處於並非是自己造成的困境之中。中途島作戰賦予他的兩項任務互相矛盾。它們分別要求他以根本不同的方法行事，就像在橄欖球比賽中，他既要保護帶球者以防對方搶球，又要自己帶球突破。他的一個任務是：航空母艦機動部隊須先於近藤的艦隊到達中途島，對島實施火力攻擊，為登陸鋪平道路。這一任務要求南雲必須在某一時間處於某一地點，即處於球門（中途島）與帶球隊員（近藤）之間。中途島和近藤都不會為了方便南雲而移動位置。這樣，南雲必須保持既定航向。然而，他的第二個任務卻是獨立自主的：如果美太平洋艦隊出動迎戰，南雲須協助攻擊並將其摧毀。這一任務要求高度的戰術機動並保守行蹤的秘密。這兩個任務隻有在一個前提下才能統一起來，那就是：尼米茲不折不扣地按照日方計劃行事，聽到中途島受到攻擊時才命令艦隊出動。
南雲的參謀們一開始就對這種雙重任務憂慮忡仲，擔心這兩項任務會在執行過程中發生衝突。可是現在——用《聖經》上的話來說——他們所極為擔心的事落到了他們頭上。南雲的首席參謀大石保海軍大佐感到茫然不解，他概括當時進退維穀的處境時說：“聯合艦隊的作戰命令規定我首要任務為摧毀敵軍……但同一命令又特別要求我們於6月5日空襲中途島……
“如果我們不根據計劃壓製中途島上敵岸基航空兵，那麼兩天之後我方的登陸作戰將遇到猛烈抗擊，整個進攻作戰時間表就會被打亂。”
對此，南雲提出了最後的，最難解決的問題：“但是敵艦隊在哪裏呢？”
大石承認無人知道，但他又說，如果敵艦隊在珍珠港？那麼日機動部隊完成對中途島的空襲後，完全有時間來對付它。即使敵艦隊已經出動，它們也不會離錨地太遠，不可能在日航空母艦附近。因此，他認為有必要冒險按原定航向行駛，首先完成轟炸中途島的任務。