“敵艦隊中似乎有一艘航空母艦殿後（5時20分）。”“利根號”上的大忙人4號偵察機發回的這個報告使日本人大為震驚，其程度比美機在那天上午扔下的哪一顆炸彈都厲害。
草鹿回憶說：“雖然我們並沒有完全排除這種不測，但我的確大吃一驚。”從理智上接受一個概念是一回事，相信確有其事則又是一回事。“利根號”上的偵察機8時09分的報告並沒有排除在這一海域有航空母艦的可能性，這一點南雲及其幕僚是一清二楚的，因此他們隻是暫時鬆了一口氣。這下真的發現美國航空母艦了，他們感到很是意外。
“糟糕！”草鹿暗自吃了一驚。
一個人頭腦中所考慮的問題，另一個人很難確切知道。但草鹿卻了解南雲。隻有才幹卓著、忠心耿耿的參謀長對自己的長官才能有這樣的了解。一個人對另一個人的了解，大概最多也隻能達到這種程度。草鹿發現在危急關頭，南雲既沒有鬱鬱不悅，也沒有舉棋不定。草鹿說；“也許他曾一度感列震驚，但我認為，麵臨這種突然情況，誰都可能一下子感到很吃驚。”
這個報告大約在8時30分送到南雲手中，而且來得正是時候。僅在幾分鍾之前，天邊曾出現大批飛機，護航艦艇很自然地就把它們當成又一批來犯敵機，於是向它們開了火。幸虧有人眼尖，認出他們是我方攻擊中途島後返航的飛機，才沒有造成損失。友永的返航飛機盤旋著待命降落，這時南雲及其幕僚正在研究分析來自“利根號”上4號機的最新報告。
友永的飛機和偵察機的情報同時到達。這就迫使南雲去作出既十分關鍵又非常棘手的決定。毫無疑問，應當攻擊這艘航空母艦以及為之護航的巡洋艦和驅逐艦。正如源田所說，“我們當時都覺得是中了埋伏。這也促使我們下決心無論如何要與敵人決戰一場。在這方麵，南雲的任務是明確的，問題在於：他是立即把當時所有的飛機派去攻擊敵航空母艦，還是讓友永的飛機降落，補充油料和彈藥，再以集團進攻來對付這一威脅？”
這時，山口通過“野分號”驅逐艦打信號提出了自己的見解：“宜立即派出攻擊部隊。”這是多此一舉，因為如果南雲要征求他的意見，是會問他的。山口保持了一段時間的緘默，現在再也憋不住了。他性情急躁，求戰心切，又與南雲不睦。而且他似乎毫不懷疑，由他來擔任機動部隊司令，他會比他的上司南雲更稱職。
南雲無須這個督促。他是襲擊珍珠港的勝利者，對突然襲擊和速戰速決的作用比誰都清楚。但南雲手上捏著幾百號人的性命。對此，他要對山本，對天皇，對列祖列宗的神靈負責。這時候，機動部隊中能立即起飛的隻有“飛龍號”和“蒼龍號”上的36架俯衝轟炸機，以及停放在“赤城號”和“加賀號”飛行甲板上的已經換裝上單重800公斤炸彈的魚雷機。這兩艘艦上其餘的魚雷機還正在換裝炸彈。
不宜立即派飛機去殲滅美軍艦隊有三個原因。第一，實施魚雷轟炸是日本海軍航空兵的專長，水平轟炸無論如何也不理想，效果也差，而俯衝轟炸的效果也不見得好多少。第二，南雲已派不出戰鬥機來為轟炸機護航。他的戰鬥機已全部升空，有的正隨友永的飛機一起在天上盤旋，有的正在迫殲中途島的陸基攻擊飛機的殘兵敗將，還有一部分受了傷。所有這些飛機上油料都已所剩無幾。
在這個問題上，草鹿的態度是堅定的。他說：“山口提出的不補充油料彈藥就去攻擊敵艦隊的觀點，我並不完全反對，但不派戰鬥機掩護這一點，我是不同意的。因為我親眼看見了沒有戰鬥機掩護的美轟炸機是怎樣被我方戰鬥機無情地、幾乎全部消滅的。我真心實意地想盡量力他們提供戰鬥機掩護。”
最後，還有一個重要原因。不清理出飛行甲板，就無法回收攻擊中途島後返航的飛機。每一秒鍾它們的油料都在下降，許多飛機處境危急。源田說：“這關係到第一波100多架精銳飛機是否會因為在水麵迫降而報銷。”
作為第一航空艦隊航空參謀的源田“不禁猶豫起來：難道真要讓大約200名技術熟練的飛行員在海上迫降，眼巴巴地盼著在一旁待命的驅逐艦來救他們”。另外，他與草鹿兩人意見完全一致，也認為“剛才的戰鬥有力地證明了沒有戰鬥機掩護，空中攻擊部隊是不能給有戰鬥機護航的敵部隊造成什麼損失的”。基於這些原因，源田向南雲和草鹿建議，先回收第一波飛機，再準備發起攻擊。
要把在天上嗡嗡盤旋的第一波飛機收回.首先必須清理飛行甲板，這樣送下機庫的飛機可以趁此機會重新卸下炸彈，換裝魚雷。在艦橋上，南雲綜觀全局、權衡利弊，絲毫沒有陷入哈姆雷特式的沉思和猶豫。源田堅定地認為：“當機立斷的人是絕不會猶豫不決的。”收到“利根號”上偵察機的無線電報告頂多1一2分鍾後，南雲就迅速下令：“艦載轟炸機準備第二次攻擊。裝上250公斤重的炸彈（魚雷）。
脾氣很好的增田樂嗬嗬地說道：“你看看，又得重來一遍！這玩藝兒像快速換裝比賽了。”有些作業隊員則不那麼開心，因為這些笨重的家夥得由他們來搬運、堆放，卸下、裝上。他們相互議論：“司令部究竟在搞什麼名堂？”