婚後不久，傑特魯德發現，盡管丈夫是美國人，她仍隻擁有在美國的暫時居住權。她必須回加拿大幾周，辦理有關證件，然後才能取得永久居住權。在妻子離開的日子裏，阿西莫夫憂心忡忡，生怕傑特魯德會被拒絕人境。他無法集中精力工作，整個晚上都在屋中踱來踱去，掰著指頭數著日子等傑特魯德回來。
婚後的初期生活給阿西莫夫留下了永久的美好回憶，尤其是他在賓夕法尼亞海軍造船廠工作的那段日子裏，他們共同度過的那些周末。他們婚後的第二個家安在一個叫溫格特汀的地方。每個周六的夜晚，他們都過得頗具特色。晚飯後，阿西莫夫到附近的店裏買回早到的周日報紙，兩人蜷在沙發上一塊看，先是看連環畫，再看滿是戰爭情況的當日新聞。在寒冷的深冬，他踏雪回到家中，妻子端來一杯滾熱的可可奶，收音機裏傳來科爾·波特的歌，阿西莫夫尤其喜歡在這種氛圍裏與妻子一塊蜷在沙發上看報紙。有時，兩人在下班後乘直達火車回紐約度周末。周日，他們偶爾也會康尼島的大道上的環島散步。有時，傑特魯德的弟弟來和他們一起度周末。小夥子即將應征入伍，他們談論各自的未來計劃，在溫馨中度過一個輕鬆的紐約仲夏夜。
1944年春，歐洲戰事正明顯地朝著有利於盟國的方向發展，但征兵的陰雲仍威脅著像阿西莫夫這樣不願人伍的人。有些士兵在軍中服役已超過18個月，由於要對他們進行輪換，因此必須征召第二批年輕人。
戰爭開始時，阿西莫夫的應征等級是“2B”，這意味著他無須擔心被選上。“B”代表他的健康狀況，因為近視眼，他沒能得“A”，“2”代表他不在優先之列，因為他在海軍造船廠為戰爭工作著。盡管如此，1944年與1945年的大部分時間，阿西莫夫都是在忐忑不安中度過的。他的創作才能似乎也因此而凍結了相當長一段時間。大部分時間裏，他根本無法令自己寫出點什麼。
盡管他當時精神緊張，創作困難，他還是寫出了被許多人認為是他力作之一的《騾子》。這部作品後來成為《基地三部曲》的基石。當他靜下心來寫作時，靈感又回到了他的身邊。這部作品充分反映了當時縈繞他心中的問題。《騾子》中隨處可見軍隊的影子，同時，這部作品中還塑造了兩個主角——一對年輕夫婦。這在阿西莫夫的作品中是罕見的。
在那令他神經緊張的時期，他得參加係列體檢，去各種委員會接受人伍資格評判。得到“1A”便意味著得隨時待命，這是他最害怕的。為避免這樣事情的發生，他想盡了一切辦法。在人伍的一次目力測驗中，醫生讓他讀出屋子那頭測試板上的字母，他以“克羅奇·馬克思”式的幽默問道：“什麼測試板？”
盡管阿西莫夫不是個綏靖主義者，但他認為，動用武力是最落後的，是解決爭端最無效的方式。在他的作品中，我們所看到的英雄不到萬不得已是絕不會訴諸武力的，他總是在作品中倡導消極抵抗。在他看來，二戰所牽扯的誰是誰非已是很清楚的了，他堅信必須阻止希特勒。同時，他也不是懦夫。他從不主動使用暴力，但一旦覺得自己受到不公正的待遇時，他也會采取果斷行動。晚年時，他麵對無理之舉總是義憤填膺。他通常總是通過法律來討回公道，但有一次，如果不是被人拉住，他差點接了一個傲慢而又不知悔改的司機。這名司機竟闖進他的車裏，威脅他的孩子。阿西莫夫有他自己的法令：“暴力是無能者最後的避難所。”但像許多人一樣，必要之時，他也能證明自己是無能的。
如果征兵名單上有他，那他就得拋下在紐約的妻子及家人，被派往地球上的某個遙遠的地方，還不知要呆多久。一想到這些，他就惶惶不可終日。他幼稚地為妻子發愁，並不知道他不在時，妻子將得到政府資助。他最不願想的就是自己孤零零一人在外。
從1944年到1945年11月間的18個月中，阿西莫夫都在為逃避兵役奮鬥著。由於最高年齡限製是26歲，他得拖到1946年2月2日才能躲過。
1945年5月歐洲戰事結束。1945年8月美國在日本投下兩顆原子彈，遠東的戰爭也停止了。海軍造船廠也相對鬆懈下來。阿西莫夫與一群科學家、技工一塊兒仍在繼續工作，但要求已不是那麼嚴，這樣他就能經常回紐約，有時還請假回去。他利用這一機會與征兵委員會拖時間。如果他在紐約，他便假稱自己正在賓夕法尼亞體檢；如他在賓夕法尼亞，他則稱自己在紐約體檢。這一招似乎還管點用，但阿西莫夫最終還是沒能躲過。距到齡僅剩2個月，他正在與傑特魯德一起在紐約時，他收到了自己最害怕得到的“1A”通知書，人伍時間定在10月26日。即便如此，他還是以需要很多的時間處理個人事情為由，設法將時間拖到了11月1日。但此後他再無計可施。他當了兵，近期的前途也已決定了。
阿西莫夫痛恨在軍隊中的每一刻時間。他每時每刻都在想著如何能脫下軍裝，每時每刻都在渴望著回到傑特魯德身邊。他還懷念在實驗室裏與同事們一起工作時的情景。盡管海軍造船廠是個軍事機構，但他是在實驗室工作，與同事的關係也不錯。軍營對他來說則是個完全陌生的地方。
在賓夕法尼亞參加了入伍儀式後，阿西莫夫成了一個士兵。接下來的又是一次體檢。當天晚上，他被送上了火車，奔赴馬裏蘭州巴爾的摩附近的一個陸軍基地米德堡。阿西莫夫感到極為孤獨。讀看他本人關於這段抑鬱生活的記載，讓人既同情他又厭煩他幼稚的心態。他不能適應所處的環境，從一開始似乎就打定主意要采取不合作的態度。他在軍營中沒有幾個朋友，至少一直到他退役時都是這樣，這次經曆他一無所獲。顯然，自他接到入伍通知書那刻起，他的態度就是：“好吧，如果你們不顧我的反對強迫我去，我除了非幹不可的事外決不會多幹點。”
在抵達米德堡的頭天晚上，阿西莫夫就因對一名下士無禮而被通報批評。他很快學會了管住自己的嘴，意識到自己在學校的那套油嘴滑舌在這裏是行不通的。在米德堡度過的第一個晚上是他人生中的一個最低點。他竟想家想得直犯惡心。他覺得自己離家有100萬裏，再也見不到傑特魯德與家人了。他唯一的安慰是現在不用真的去打仗了。他發現這天正好是星期五晚上，便決定去軍中的教堂參加安息日禱告。他從不信教，一直是個徹底的理性主義者；他很清楚，人在最脆弱的時候最易接受宗教的影響。他在教堂裏唱著讚美詩，試圖忘掉一切。他唱得那麼大聲，還跑了調，牧師隻好過來問他是否願意領唱。他不能想象自己領唱會是怎樣一種情形，因此便改成了默唱。
新兵到後沒幾天，便接受了一係列的心理測試，其中有一項是軍事情報測試，被稱為“AGCT”。阿西莫夫令駐地的每個人都大吃了一驚。他竟得了160分，這是駐地心理學家給過的最高分。一般人的AGCT成績都在100分偏上點，阿西莫夫的160分使他立刻被同伴及上司奉為“天才”。幾個月後，他才知道，那不同尋常的分數令上司意識到他在軍中將一無所用，根本不用他。他在答卷方麵可能是個天才，但卻連左右腳都分不清。
數年後，阿西莫夫聽到此事時很是憤憤不平，不是因為他不同意上司對他的看法，而是因為如果他早就知道他們是這麼想的，那他在體能訓練當中就不用那麼緊張了。
繼米德堡之後，阿西莫夫與其他一些新兵一起被送到了紐約南300公裏的弗吉尼亞州利兵營，在那接受為期4個月的體能訓練。在那兒，他遇到了一係列令他極為不快的事。有生以來第一次，他得與別人一塊洗澡。阿西莫夫對自己的體型毫無信心，而且天生厭惡男性的身體。據他的朋友說，他後來與眾多女人發生關係時，對自己的身體很是敏感。他的一位情人透露，與女人在一起時，阿西莫夫從未赤身裸體過，因為他自知體型不佳覺得很尷尬，如果對方是個年輕漂亮的女人，那他就更不自在了。因為憎惡自己及別的男人的身體，阿西莫夫覺得每天例行公事的集體淋浴極難適應。另外，他還得忍受與別人一起上廁所這樣的恥辱，這比公共淋浴更令他痛恨。為了能獨自享用廁所，他養成了淩晨3點起床的習慣，但即使起那麼早，廁所裏也總是有人。
他痛恨軍隊的體能訓練，思念遙遠的親人，痛恨之深與思念之切幾乎達到了同一程度。阿西莫夫向來不喜歡體育活動。因為吃不上傑特魯德的美味飯菜，他的體重漸漸減了下來，但身上仍至少多出25磅的肥肉，還屬於超重之列。對他來說，體能訓練簡直就是對他精神與肉體的摧殘。像對待軍旅生活的其他許多方麵一樣，他以一種不合作的態度對待訓練。
阿西莫夫發現，盡管得參加訓練、測試、操練與閱兵，但還是有許多時間可供自己支配。他在營地呆了很長一段時間後，才知道那個有藏書頗豐的圖書館。他給亨納恩寫信，給海軍造船廠的一位朋友羅納德·梅塞爾寫信，給約翰·坎貝爾、斯普雷格·德·坎普及父母寫信，並以每天一封的頻率給傑特魯德寫信。當時，傑特魯德已搬回紐約父母的家中。傑特魯德偶爾才給丈夫去封信。阿西莫夫稱，當時，她正忙著給父親新開的公司——亨利紙箱公司幫忙。亨利·布魯格曼是在戰爭結束時開的這家公司，當時陷入了困境。布魯格曼先生病倒了，約翰·布魯格曼正在服兵役，偏偏員工又忙中添亂，提出了不合理的加薪要求。擔子全落到了傑特魯德的肩上，她得維持著這個從一開始就搖搖欲墜的小企業。從阿西莫夫本人對當時情形的記載來看，傑特魯德對丈夫的思念顯然不像他對她那樣深切。但這也是情有可原的，為了維持父親的公司，她得一天忙到晚。顯然，在與阿西莫夫共同生活的早期，傑特魯德對生活的態度更為務實，更善於吃苦耐勞。她敢於麵對現實，並總是努力把事情辦好。
在利兵營裏呆了幾周後，1945年12月初，阿西莫夫首次獲許回家度周末。他自然選擇了紐約，搭便車先到華盛頓，而後踏上了開往紐約的列車。旅途花了將近一天的時間，直到後半夜，他才抵達紐約。傑特魯德已從亨利公司抽空出來，夫婦倆在紐約的一個小旅館裏過了一夜。周日，阿西莫夫又不得不早早踏上了歸途。他必須在天黑前返回駐地。