“貝格爾”號在繼續前進的航程中越過了赤道，當時按習慣舉行了迎海神的儀式，達爾文在《日記》中對此作了如下的描述：“我們越過了赤道。我受到了一次使人厭惡的剃麵手術。今天早晨，快到九點鍾時，我們這些可憐的新手，共有三十二人，一起被集合在下甲板上。艙口被關著，因此我們大家都處在黑暗之中，感到非常悶熱。後來，有四個海神的將軍向我們走來。他們把我們逐個地帶到甲板上去。我是第一個被帶上去的，因此容易敷衍過去。但我畢竟認為這種水上的儀式是令人極不愉快的。在走上去以前，有一個海將紮住我的雙眼，把我帶了上去。接著他們用一桶桶水從四麵八方嘩嘩地倒在我的身上，然後就把我放在一塊木板上麵。這塊木板可以很容易地被翻轉到一個盛滿了水的大浴盆裏。在這裏，他們用柏油和顏料抹在我的臉上和嘴上，並且用一個粗糙的鐵環刮去我臉上的一部分塗料。在聽到規定的信號以後，他們就把我來個倒栽蔥翻進水裏。接著有兩個人按住了我的身體，把我浸在水裏。最後，謝天謝地，他們把我放開。
在其他的人當中，有許多人受到的對待要比我難堪得多：往他們臉上塗的那些髒東西也塞進了他們的嘴裏。這時候，整個軍艦全都變成了澡堂，水象小河一樣向四麵八方流開來。當然，艦上的所有人員，甚至連我的艦長在內，全身都濕透了”。美術家埃爾描繪“貝格爾”號上這一情景的一幅圖畫至今還保存著。我想，站在右邊的那位青年，即是人們用水桶從後麵向他澆水的那個青年。可能就是達爾文。當然，也可能是年輕的海軍練習生中的某個人。在到巴西之前，“貝格爾”號最後停泊在巴西人流放犯人的費爾南多迪諾羅尼亞小島旁。這是一個火山島，有一些大約一千英尺高的山。島上覆蓋著一片幾乎無法通行的密林，林中長有木蘭、月桂樹以及其他各種樹木。使達爾文特別感到驚訝的是，這裏所有的樹木不是果實累累，便是百花爭豔。
查理在給父親的信中，談到他們到過的那些島嶼上的熱帶植物給他留下的一般印象時寫道：“熱帶中最使人驚異的是植物的新奇形態。椰子樹很可以根據圖畫中的畫想象出來，不過這裏的椰子樹極其輕巧，這是任何一種歐洲樹所不能比擬的。香蕉樹和芭蕉樹同暖房中的完全一樣，金合歡和羅望子以其藍色葉子而使人驚異；關於那壯麗的柑桔樹，無論是用語言描繪，還是用畫筆畫下來，都不能給人以任何正確的概念。
我們那些溫室中的植物具有一種不健康的綠色，而本地的樹木則比葡萄牙月桂樹的顏色還要深，同時在姿態美上遠遠超過了月桂樹。那些較富裕的居住區的周圍，一般都種植著椰子樹、番瓜樹、淺綠色的香蕉樹以及柑桔樹，這些樹上都果實累累。當你看到這樣的情景時，你會確信，要較真實地描寫出這樣情景是不可能的，而要把這種情況報道一下則是可能的”。天氣熱得很厲害，夜間，達爾文躺在吊床上，覺得就象躺在熱氣騰騰的澡盆裏一樣，因此他不得不起來躺在桌子上，盡管桌子很硬，但他卻睡得特別香。“貝格爾”號停在巴西的第一站，是巴伊亞市，或者叫做聖薩爾瓦多市。達爾文對展現在麵前的風暴感到興高采烈。這座古城的房舍是白色的，高大的，狹長的窗戶使房舍顯得很整齊。
古城位於海灣之上，海灣裏停泊了許多大船，古城的四周為熱帶植物森林所環抱。達爾文漫遊在具有熱帶風光的花木之間，下雨時空氣特別新鮮，風景特別優美，這時達爾文感到洪保德的描寫一點也不誇張。他在《航海日記》中寫道：“不過城市的這些美景無法與植物相媲美；根據我所見到的，我認為，洪保德的那些絕妙的描寫不僅現在，而且將來也是無與倫比的。他描寫了蔚藍色的天空，把詩篇和科學罕見地結合起來，有力地描繪了熱帶的風光。但是，即使如此，他也遠遠沒有把真實情況表現出來，此時此刻你所感受到的那種心曠神怡的感覺真使你神魂顛倒：如果你的眼睛想注視某一隻花蝴蝶的飛舞，可它卻落到一棵樹上或一個果子上。如果你在觀看某一隻昆蟲，那你馬上就會把它忘掉，因為昆蟲正在爬著的那朵不平常的花會把你迷祝如果你想要讚美各種壯麗的景色，你就要把注意力集中在獨特的前景上。心裏充滿了混亂的讚美感情，這種感情又形成了一種未來的、更加悠閑的喜悅心情。我隻有現在才認清了洪保德：對於我來說，他是照耀我接受一切知識的第二個太陽”。
除了欣賞這些風景和自然史的客觀事物之外，達爾文認為新的、令人愜意的是“認識到我的任務就是要成為一名博物學家，如果我輕視這一任務，那就是輕視這些年來給了我極大愉快的那些知識。”達爾文在巴伊亞停留了將近二十天。他遊覽了熱帶森林，收集了蜥蜴、昆蟲和植物，觀察了絕大部分是黑奴構成的當地居民的生活，狂歡節時漫遊了各條街道。一群快活的人們把一個蠟黃色的水球互相投擲，而另外一些人則用大杓互相潑水，以此取樂。他結識了幾位當地商人和一艘美國大軍艦上的幾位軍官。
他從派真艦長那裏聽到了有關美洲奴隸製度的令人憤懣的各種事實。原來販賣奴隸的活動在大規模地進行。使他感到驚訝的是，那些熱衷於販賣奴隸活動的所謂“正人君子”竟以野蠻手段來保護這種活動。大概就在這時發生了達爾文在自傳中所提到的他與菲茨·羅伊的那次衝突。菲茨·羅伊是個典型的托利黨人，而達爾文則是個輝格黨人。菲茨·羅伊想要維護和誇耀奴隸製度。他告訴達爾文說，他曾經拜訪了一個大奴隸主，這個大奴隸主當著他的麵把自己的奴隸們叫在一起，問他們對自己的處境是否滿意，他們是否願意獲得自由，奴隸們一致回答說：“不”。達爾文帶著嘲笑的口氣問他，難道能夠認為那些奴隸當著主人的麵所說的話有什麼意義嗎？菲茨·羅伊是一個脾氣暴躁的人。
他勃然大怒，對達爾文說，既然你對我說的話是否真實表示懷疑，那我們就不要再在一起生活了。達爾文離開他後心想，由於發生了這場爭執，他將不得不離開這隻艦了。菲茨·羅伊把大副叫了去，當著他的麵發泄對達爾文的怒氣。但是，看來軍官們都站在達爾文這一邊。這時他們邀請達爾文同他們一起吃飯。不過菲茨·羅伊也是一個容易息怒的人。過了幾個小時，他派一名軍官去向達爾文道歉，並且請達爾文仍和已往一樣同他一起生活。達爾文與菲茨·羅伊一起在艦長室吃飯這件事，無意之中使達爾文在旅伴們中間的地位突出了，於是年青的海軍練習生們都開始稱他為“先生”，不過這種表麵禮貌並沒有妨礙他很快就同青年們成為朋友。他那坦率的討人喜歡的性格，和藹的笑容，有趣的交談，他的才華，他在工作中表現出來的充沛的精力和熱情，所有這一切都不知不覺地贏得了人們對他的尊敬，使他很快就同軍官們接近起來。人們開始稱他為“親愛的老哲學家”，有時幹脆稱他為“我們的捕蠅人”。
一個中尉，即後來成為海軍上將的謝利萬，過許多年後回憶這段時期時說，在一隻艦上關了五年的人們，彼此之間是很容易吵架的。可達爾文在“貝格爾”號上航行的五年當中，從來沒有發過脾氣，從來沒有向任何人說過一句傷和氣的話，從來沒有責備過任何人，從來沒有對任何人發表過於匆忙的議論。誠然，他們大家都忙得很，沒有時間去爭吵。但是謝利萬堅信，如果發生了這樣的爭吵，達爾文也會有成效地“設法排解的”。
在艦長室裏用的飯菜都很簡單。大家都很忙，所以“一切禮貌都免掉；不互相等候，一吃完飯馬上就跑去工作……”。艦上有條不紊的工作氣氛，使達爾文在工作中也養成了有條不紊的工作習慣。每逢大海風平浪靜的時候，斯托克斯就坐在大桌子的一邊繪圖，而達爾文則坐在另一邊用顯微鏡研究公海的動物。在巴伊亞，達爾文參觀了大型美國軍艦“三寶壟艦”。達爾文對這艘軍艦上的海軍練習生（達爾文晚上的大部分時間都是同他們一起度過的）作了可怕的評價。他說：“這些年青的正人君子是一夥沒有處以絞刑的騙子，這樣一夥人足以使沿岸的人們感到吃驚”。在演習中，“貝格爾”號這隻進行測量的小艦成績卓著，戰勝了其它所有的船隻，並表明了這個齊心協力的集體，在一位精力充沛的艦長指揮下，能夠作出成績。“貝格爾”號上的演習組織得非常準確而又迅速，竟然把軍艦“三寶壟”號都戰勝了。這是艦隊司令也不得不承認的。達爾文已對“貝格爾”號有了深厚的感情，因此他在給姐姐和父親寫的家書中自豪地描述了這一事件。
“貝格爾”號從巴伊亞開往裏約熱內盧。途中達爾文捕捉鯊魚。起風浪時，他就整理自己的蒐集品。每天夜晚，他總是以讚美的心情觀賞那南極的星光、燦爛的夜景以及天空中的南十字星座、麥哲倫海峽的雲彩和大南冕星座。“貝格爾”號在阿爾布羅斯群島附近進行了測量、而達爾文卻懷著兩隊人上岸，考察岩石，收集昆蟲和植物。四月一日，“貝格爾”號上所有的人都在開愚人節的玩笑。午夜時分，人們開始把所有穿著睡衣的人從下麵叫到甲板上：叫來木匠是為了修理爐子，叫來後甲板上的工匠，其借口是桅杆哢嚓直響，叫來海軍練習生是要他們把風帆降低一些。大家在回到各自的吊床上時，有的罵，有的笑。對於達爾文，人們想出了一個合適的誘惑物。謝利萬喊道：“達爾文，您看見過逆戟鯨嗎？現在出現這種動物了，您快點來看”。滿腔熱情的達爾文馬上跑出去，想看一看這個南方的海豚，但是迎接他的卻是值班人員們發出來的哈哈大笑聲。
四月四日，“貝格爾”號駛進了裏約熱內盧港灣。在這裏，即在裏約，第一次收到英國的來信。“貝格爾”號打算在裏約熱內盧長期停留。因此，達爾文同美術家埃爾一起在裏約的近郊，即在離市區有一小時路程的博托福戈租了一座漂亮的房子。此外，達爾文打算到巴西國內作一次旅行。因此，他加入了一個成分特別複雜的團體。該團體的成員有：眼鏡商和溫度表商帕特裏克·連農（他在國內擁有一塊不直接經營的森林，八年來第一次決定視察自己的領地）；連農的侄子洛裏（他是一個狡猾的奴隸販子和騙子，到他哥哥那裏去，他哥哥娶了當地一個財主的女兒為妻）；洛裏的朋友戈茲林格；還有一個藥鋪學徒和一個黑人小向導。他們是騎馬進行這次旅行的。道路有時穿過熱帶森林（在熱帶森林中，使達爾文感到驚訝的是“那些寄生植物、特別是蘭科植物開放出來的奇花異卉，那些鮮綠色的樹狀羊齒及其彎曲得很精巧的葉子，那些同別的樹交叉長著的棕櫚樹，特別是西印度椰子樹，它那枝幹纖細得用巴掌就可以握住，它那優美的樹冠在十二——十四米的高空中搖曳著”）；
有時蜿蜒在險峻的花崗岩旁，這裏躲藏著一些逃亡的黑人，至今士兵也沒有把他們滅絕；有時穿過被沼澤地、淺海灣和無數湖泊切斷的荒無人跡的地區。沿途的客棧非常簡陋：客棧裏常常找不到吃的東西，甚至連麵包也沒有。他們訪問過的那些處在偏僻地方的莊園裏，有很多牲畜，農作物的收成很好，森林裏有很多野獸。奴隸主對待奴隸的態度使達爾文極為氣憤，他們可以隨隨便便地賣掉自己奴隸的妻子兒女。有這樣一件事使他特別吃驚：達爾文在《考察日記》中敘述到：“一個非常笨的黑人渡我過河。為了向他說清楚我要幹什麼，我就大聲地說起話來，並且在做手勢的時候，把手揮動得離他的麵孔很近。大概他以為我在發怒，想要打他，因此他突然大驚失色，半閉眼睛，挺直身體，垂手而立。
一個體格非常強壯的成年人，在他以為自己的臉上就要挨打的時候，卻不敢起來自衛。看到這種情形、驚奇、厭惡和羞愧的感覺交織在我的心中，這是我永遠也忘記不了的。這個人已經被弄到如此屈辱的地步，甚至連最沒有自衛能力的動物都不如’”在回來的路上，達爾文在這些莊園中的一個叫作索謝戈的地方度過了兩天，他利用這兩天的時間到森林裏去采集昆蟲標本。他從裏約給同學弗·沃特金斯的信中寫道：“我住在一個莊園裏，這裏是有人煙地區的邊緣，後麵是一片無法穿過的大森林。這種安靜的生活幾乎是無法想象的，在好幾裏之內找不到一個人來同你作伴。
在這種陰暗的森林中坐在一個枯爛的樹幹上想一想家，這件樂事是要化一些勞動和費一些麻煩來換取的”。在森林的某些地方，含羞草象幾英寸厚的地毯一樣覆蓋著地麵。達爾文從上麵走過去，就留下了一行腳印；這是由於含羞草敏感的小葉閉合下降和色彩變化而形成的。在巴西內地的旅行，一共用了將近兩個星期的時間。達爾文回到裏約後，便把自己的東西從“貝格爾”號上運往博托福戈。在靠岸時，海浪由小船的頭上衝了過去，在達爾文的眼前，浮現著他的書籍、儀器、槍殼和其它必需品，全都漂了起來。不過他隻是受了點驚：什麼東西也沒有失掉，但大部分東西下麵都浸濕了，他用了整整一天的時間才把這些東西曬幹。整理在巴西內地旅行時所采集的東西和補寫日記，象往常一樣占用了幾天的時間。達爾文在博托福戈住了兩個半月。在這裏，他研究了裏約四郊的自然界。
他的房子位於科爾科瓦多山麓。科爾科瓦多山海拔在六百八十多米以上，呈陡峭的錐體形，半山腰處，通常總是白雲繚繞。達爾文白天旅行和收集搜集品，或整理收集來的東西，晚上就給自己的許多朋友寫信或讀遊記，例如他閱讀在十八世紀中葉曾到南美洲去探險的安鬆船長的遊記，再不然就重讀他所喜愛的洪保德的著作，他在自己對熱帶自然界的觀察和印象中，發現有與洪保德的見解和觀察相同之處，這是一件使他特別高興的事。他這種高興的心情，就象話劇作品中塑造的、現實生活中熟悉的人的性格一樣。傍晚，青蛙、蟬和蟋蟀在不停地演奏著協奏曲。達爾文細聽著這些聲音，或者觀察某個螢火蟲的飛舞，收集螢火蟲的幼蟲或對螢光進行實驗。
查理有時單獨遊玩，有時同美術家埃爾結伴旅行。例如，他曾同埃爾一起登上了科爾科瓦多山，有時他還同“貝格爾”號上的其他旅伴或同當地的幾個居民一起出去。在幾個當地的居民中，有一個是葡萄牙神甫，酷愛打獵，曾打死過一隻長須卷尾猴，他送給了達爾文一隻非常好的當地野貓——美洲野貓；另一個是巴西小孩，他是個農場主的兒子。