六月初，政務院和聖學院、都察院多次對如何妥善處理與南北商會的紛爭一事進行了商討，一直到六月中旬才有了個結果，就是拆分路商局為商稅局和公路局不變。為了照顧南北商會的情緒，也為了避免朝廷失去信用，三個部門又抽人專門跟南北商會進行了直接磋商。最後結果就是商稅兩成不變，商業活動中利潤兩成封頂不變，因為這兩個不變是天啟原來的要求，皇帝的麵子還是要給的，在照顧皇帝麵子的同時也準備給商家作些補償。
為了避免商會瞄著火耗利潤心有不甘，最後決定不按年成收火耗，而是按實際造幣量收火耗。其中銀子鑄銀幣時實際火耗為一成，但要按兩成收取火耗，多餘的這一成拿來發給清廉的官員算是養廉銀，朝廷不在這裏麵獲取絲毫收益。見朝廷都不把火耗當作收益存留下來，山西商會和湖廣商會的人也死了心決定從中退出，他們怕再貪心不足會激起所有官員的怒火，商人跟一個官員作對沒什麼，如果跟所有官員作對那就是找不自在。
見兩個商會的人有眼色知道取舍，聖學院建議聽從天啟的意見，將商稅局再次拆分為稅務局和工商局。在這裏作了一個變通，就是把工業和商業分開了，低買高賣獲取差價的稱為商業，將物品重新組合加工的稱為工業。當然，兩成利潤封頂的限製局限於商業，工業暫時不作封頂，這樣既尊重了皇帝的意見，也算是對商人的一種補償。見朝廷這樣變通退讓，山西商會和湖廣商會的兩個會長也非常滿意，覺得對商會中人也算有了交代。
收稅事務上商會退出了，造幣事務上商會也退出了，現在隻剩下一個公路局事務和錢莊的放貸業務。對於有商人提出這兩項他們也退出時，聖學院的意見是現在不行，因為現在朝廷沒錢。假如有人真想退出，現在退出的人隻能拿回一半銀子，三年後退出的可以拿回本金，五年後退出的可以多拿一半本金作利息。就是說假如有人出資一百萬兩，現在要退股就退其五十萬收回股份，三年後退股的能拿回一百萬本金，五年後退股的能拿回一百五十萬。
為了平息股東們對這事的不滿，朝廷允許股東們自己私下轉讓股份，也允許他們把家中見不得光的存銀分批換成銀元。朝廷原來隻把稅銀和參股銀化了造銀幣，對來曆不明的走私銀不作兌換反而要嚴查，現在允許股東們分批兌換相當於幫他們洗黑錢，或者是允許他們在幫別人洗黑錢時撈一筆。對這種補償股東們心知肚明也不再計較，有的人還欣喜若狂。
明朝立國初期流動銀兩數並不多，到了天啟年間全國的銀兩總數大概翻了一翻多，多是從海外貿易中流回大明的。這些多出來的銀子幾乎都集中在商人手中，他們用生絲、茶葉、瓷器等換回了大量白銀，據說做這些生意的人家裏沒有一百萬都不好意思說自己有錢。當然凡事有利就有弊，種桑種茶的多了種糧的必然就少，這也是大明這幾年發生糧食危機的原因之一。
大量的白銀流進大明，但大明朝廷卻沒有得到什麼好處，天啟看到這種情況後下旨造銀幣，逐漸要禁止銀幣以外的白銀流通。在造銀幣時隻允許股本銀兩和稅收銀兩造幣，其餘的銀子要換銀幣不但要收兩成火耗還要收兩成稅，這讓很多家有存銀的人很是心慌。其實不僅僅是有存銀的人心慌，朝廷也有些擔心，擔心這些有錢人私下造幣或者幹脆作亂反對。現在趁著給股東們一些補償，順便把這事作個了斷，不能收到走私稅至少能收到兩成火耗也不虧。
在錢莊的放貸利息上，政務院再次通告將兩分利封頂的利息降為一分利封頂。至於那些說淡季虧損旺季被封頂平均下來沒賺頭的商人，朝廷不作理會，就一句話覺得虧你可以不做。