然而躊躇滿誌的錢謙益並未被重用，抵京後隻被授予禮部右侍郎，充修《明史》副總裁的閑職。變節降清之事本就於心有愧，外界輿論更沒放過這位文壇泰鬥，口誅筆伐之聲不絕於耳，巨大的壓力令錢謙益措手不及。
順治三年 (1646年 )六月，僅僅做了半年的清朝禮部侍郎的錢謙益稱疾乞歸，此後再也沒有出仕。
回到南京家中，錢謙益聽到的卻是柳如是不貞的消息。兒子錢孫愛“鳴官究懲”。錢謙益“怒罵其子”，“謂國破君亡，士大夫尚不能全節，乃以不能守身責一女子耶？”由此看來折節一事，錢謙益內心也備受煎熬。
風波平息之後，錢柳言歸於好，雙雙回到常熟老家。一天，兩人同遊當地名勝拂水山莊，錢謙益見池水清澈，欲下水洗足，柳如是戲謔道：“此溝渠水，怎比秦淮？夫君何來如此雅興？”一句話便戳到丈夫的痛處，錢謙益又羞又窘，喃喃地說：“要死，要死，索性一死皆了！”柳如是不滿地說：“相公乙酉城破之日不死，今日卻要死，不也太晚了嗎？”
清順治四年 (1647年 )丁亥，受淄川謝陛案牽累，錢謙益鋃鐺入獄。
柳如是抱病隨行，“誓上書代死，否則從死。”進京後更多方奔走，錢謙益被關押 40天後獲釋。據說此番行賄足足三十萬金。患難見真情，重獲新生的錢謙益萬分感慨：“慟哭臨江無孝子，從行赴難有賢妻。”這一年，他六十六歲，她二十九歲。
順治五年（1648年），柳如是生下了一個女兒，老來得女，錢謙益喜不自勝，更醉心於其樂融融的家庭生活。
同年四月，又一件飛來的橫禍陡然降臨，因黃毓祺起兵反清案牽連，錢謙益被關入金陵獄中。危急關頭，柳如是再次挺身而出，不顧產後身體虛弱，請托斡旋，上下活動，鼎力相救。最後，馬國柱“以謙益與毓祺素不相識”上報朝廷，錢謙益才再次死裏逃生。出獄後，被管製在蘇州，寄寓拙政園。經此一劫，夫婦倆的感情更加熾熱。稱如是為“孺仲賢妻”。這一年，他六十七歲，她三十歲。
1650年，絳雲樓突遭失火，藏於樓中的數萬卷藏書、名瓷奇石均付之一炬，損失巨大。
此後，柳如是與錢謙益二人開始致力於支持反清複明運動，暗地裏與西南和東南海上複辟勢力聯絡，如鄭成功、張煌言、瞿式耜、魏耕等。然而大清江山日趨穩固，複辟也日漸無望。
康熙三年（1664年），八十三歲的錢謙益年屆因病已臥床不起，他自感時日不多，而身後喪葬費用尚無著落，頗為憂慮。此時家境已困頓不堪，連喪葬費用都無處籌措。恰好鹽台顧某慕錢謙益大名，求文三篇，答應給潤筆一千兩白銀。然錢謙益已是心有餘而力不足，隻好求來訪的黃宗羲代筆。無奈之下更將黃反鎖於書房之內，逼迫他連夜寫完了三篇文章，這才解決了喪葬費用。黃宗羲在《南雷詩曆》《八哀詩》（之五）寫道：
四海宗盟五十年，心期末後與誰傳。憑裀引燭燒殘話，囑筆完文抵債錢。紅豆俄飄迷月路，美人欲絕指箏弦。平生知己誰人是？能不為公一泫然。
同年五月，錢謙益帶著滿腹的牽掛和留戀，離開了人世。