從此以後，馬小燕的事業如同坐上了順風順水的大船，一路行來暢通無阻。她接受了姑夫的建議，把原來的食品廠注冊為“小燕子食品有限公司”，又擴大了生產規模，增加了廠房、工人和機器設備。到2001年年底，公司年利潤就達到了50萬元。2003年，馬小燕再次擴大生產規模，當年利潤就飆升到了300萬元，她真正成了百萬富姐。她在這段時期的輝煌一直被人們津津樂道，但是好景不長，“非典”期間，由於決策失誤，使她栽了個大跟頭，導致她完全撤出深圳。
2003年4月中旬，馬小燕從許多媒體上了解到“非典”疫情正從廣東開始向全國蔓延，深圳也出現了多個病例。隨著“非典”疫情的加劇，各種小道消息不斷，有人甚至說深圳要“封城”，社會上開始出現了搶購風潮。馬小燕也盲目地加入到其中，先後投入了100 多萬元搶購麵粉、白糖、大米、食用油等。她將這些東西堆在工廠裏備用，盡管姑父勸她不要盲目衝動，不要跟風搶購，但馬小燕卻一意孤行。
隨著短暫的搶購風潮過去，“封城”的謠言不攻自破，糧油價格直線下跌，馬小燕損失慘重。為把損失降到最低，馬小燕隻好提高產品出廠價格，結果遭到了所有經銷商的一致反對。
由於搶購的糧油太多，有限的倉庫根本無法容納，馬小燕隻好將一部分麵粉放在工廠的大院裏，用塑料布蓋住。可是隨著氣溫的上升，不久，有些麵粉便開始生蟲子。馬小燕心急如焚，連忙找姑父商量對策，但此時姑父也束手無策。
正當馬小燕不知如何是好的時候，一位經銷商給她出了個“餿”主意。
這位經銷商讓她將變質的麵粉加工成“低檔”食品，然後以低價賣給他。開始馬小燕堅決不同意，但後來想到要是把這些變質麵粉白白扔掉，自己將蒙受巨大的損失。最後，利益戰勝了理智。她一咬牙，加班加點將那些變質原料加工成了低檔食品，低價賣給了那位經銷商。那位經銷商以極低的價錢買進糕點，卻按高檔貨的價格批發出去。經銷商因此而暴富，但敏感的消費者卻品出了“小燕子”係列食品的味道大不如前，於是“小燕子”食品的市場開始萎縮。
真正令馬小燕一敗塗地的是後來的錯誤決定造成的。由於酥餅類產品的含油量高，因此比較脆，在運輸過程中免不了出現破碎的情況。這種由經銷商造成的破碎製造商是可以不予負責的。但是有一個經銷商威脅她說，如果她不退換，就不再經銷她的產品了，她隻好答應調換。一石擊起千層浪，許多經銷商紛紛都來要求調換。反正能調換，所以在運輸中間就更無人負責，以致造成產品大量破碎，退貨堆積成山。馬小燕為減少損失，隻好把破碎產品粉碎後拌入原料中再加工成食品，如此一來，“小燕子”食品的質量一路下滑，顧客越來越少，更沒有人願為之代理了。
2003年8月，深圳工商、質檢部門對當地食品市場進行突擊性檢查。經檢測，“小燕子”食品多項指標均不合格，馬小燕的營業執照被吊銷，工廠被查封，並且被罰了一大筆錢。一夜之間，馬小燕從一個百萬富姐變得一文不名。
馬小燕從深圳回到武漢的家裏，有半年時間足不出戶。姑父怕她想不開，特地派人輪流照顧她，又想通過邀請她去自己的工廠任職來排解她的不快，但都被馬小燕婉拒了。這隻受傷的燕子還能再飛起來嗎？
回想自己在深圳的失敗，馬小燕決定暫時和深圳割斷，因為“小燕子”
這個牌子在深圳已經“砸”了，她準備在武漢重新開始發展自己的事業。考慮成熟後，她把自己的想法告訴了姑夫，姑夫非常支持她，不僅給了她設備，還另外借給她20萬元啟動資金。
2004年2月，馬小燕的“小燕子食品有限公司”又在武漢市漢口工業區掛起了牌子。這次她打算以一種全新的形象重新塑造“小燕子”品牌。她吸取教訓，狠抓質量管理，選用優質的原料，從進料到生產包裝到上架，她都一絲不苟地監督到底。同時，她充分利用自己的設計天賦，以突破食品在人們意識中的固有形象。通過市場調查，她發現許多小孩子真正在乎的不是吃，而是玩。例如巧克力棒，吃完巧克力後，剩下的棒子就成了可以吹的“魔笛”；裝小饅頭的紙盒可以做成飛碟狀玩具等。她的特殊設計受到小朋友們的歡迎。在與經銷商的業務洽談中，她既堅持原則，又保持靈活性，漸漸地生意開始好起來了。
經過一段時間的運轉，“小燕子”食品在武漢站住了腳跟。一次，馬小燕決定去超市調查一下銷售情況，她意外地聽到幾個人在“小燕子”貨櫃前說長道短。大意是“小燕子”食品在深圳劣質害人，已被查封等等。馬小燕聽到後在心裏湧起了一片波瀾，本想就此走開，但轉念一想，還是走上去向他們解釋，並真誠地請她們監督，也可以請相關部門檢查。
往事真是不堪回首，是磨難更是教訓。馬小燕作出了一個重大決定，在所有的食品中均加上一封致歉信，坦言在深圳時自己犯的錯誤，同時表達了“改正錯誤”的決心，並請消費者予以監督，還把自己的所有聯係方式都附在上麵。這種舉動被新聞媒體宣傳後，“小燕子”食品在武漢立即得到了廣泛認可，也為她打開了更為廣闊的市場。