瑪雅人既然已經在很久以前就創造了燦爛的人類文明，那麼現代的人類文明為何又失去了瑪雅人的行蹤呢？
公元830年，科班城浩大的工程突然宣告停工。公元835年，帕倫克的金字塔神廟也停止了施工。公元889年，提卡爾正在建設的寺廟群工程中斷了。公元909年，瑪雅人最後一個城堡，也停下了已修建過半的石柱的工程。
這時候，散居在四麵八方的瑪雅人，好像不約而同地接到某種指令，拋棄自己用雙手建造起來的繁榮城市，卻要轉向荒涼的深山老林，這種背棄文明，回歸蒙昧的做法，是出於自願，還是另有其它原因？
史學界對此有著各種解釋與猜測。譬如說，外族侵犯、氣候驟變、地震破壞、瘟疫流行，都可能造成大規模的集體遷移。然而，這些假設和猜測都沒有說服力。首先，在當時的情況下，南美大陸還不存在一個可以與瑪雅對抗的強大民族，因此，外族侵犯之說站不住腳。氣象專家幾經查閱，仍在公元8世紀至9世紀間，南美大陸沒有災難性氣候驟變的記載，同樣，瑪雅人那些雄偉的石構建築，有些已倒塌，但仍有不少曆經千年風雨仍然保存完整，因此地震災難之說可以排除。
至於瘟疫流行問題，看來很有可能。然而，在瑪雅人盤踞的上萬平方公裏的版圖內，要大規模地流行一場瘟疫，這種可能性是很小的。再說瑪雅人的整體遷移，先後共曆時百年之久，一場突發性的大瘟疫，絕無耗時如此長久的可能性。
有的人從部分祭司雕像被擊毀，統治者寶座被推倒的現象上，做出階級鬥爭的推測。階級鬥爭的確在瑪雅社會中存在並出現過，但這種情況是局部的，隻在個別地方和城市發生的，而瑪雅人的集體北遷卻是全局性的。
有人試圖從生態角度解開瑪雅人大遷移的謎。譬如認為瑪雅人采取了某種不恰當的耕種辦法，破壞了森林，土地喪失了肥力等等，造成生存的困境被迫大遷移。可是不少學者在考察中發現，瑪雅人在農業生產上卻表現出頗為先進的跡象，他們很早就采取輪耕製，出現了早期的集約化生產，這樣既保證了土地肥力不致喪失，又提高了生產效率。因而，試圖從這個角度解開謎題的嚐試也是行不通的。
這一切的一切，都是為什麼呢？全世界的科學家也同人們一樣，茫然不知。