1960年，在北京海澱區六十一中學校園內，人們無意中發現了埋葬在此的李蓮英墳墓。令人吃驚的是，其中隻有李蓮英的頭顱和大量陪葬的珠寶，其他軀骸一無所見。
李蓮英死時身首異處令人疑惑不解。
從史料中絲毫看不出李蓮英因觸犯朝廷而遭殺身之禍。卻記載著李蓮英死後還得到“特賞銀二千兩”。
民間曾傳說：“李蓮英被人砍頭死於河北、山東交界一帶。”“是因為討債被人暗殺的。”
李蓮英並非善終似乎合乎情理。這位皇後身邊的大總管，權傾一時，斂財聚富，極力獻媚主子，恃強淩弱，陷害無辜。朝廷內外，嫉恨李蓮英的大有人在。李蓮英與慈禧太後狼狽為奸。慈禧太後一死，李蓮英當然也就不會有好下場了。
而李蓮英的後裔否認李蓮英被殺身亡。據李蓮英的孫女李樂正講：“我祖父因得急性痢疾，醫治無效而病故。”“我祖父是善終。享年64歲。”
此說是否可信，因無旁人作證，仍很難斷定。而被發現的李蓮英墓穴，足以說明李蓮英是死於非命。
大太監李蓮英身首異處可謂死有餘辜。但李蓮英究竟死於何時何地？其真正的死因是什麼？直至目前，還沒有人能揭開這個謎。