2013年1月23日，阿裏巴巴與行業企業、資本及金融機構進行係列閉門會議，並計劃聯手銀泰、複星、四通一達、順豐等公司和機構投資千億聯手建立智能物流骨幹網絡。
2013年1月25日，雅虎中國啟動新一輪裁員，預計最終波及員工為總數的75%，部分員工重新回到阿裏巴巴，剩下人員將被裁減。
2013年2月19日，阿裏雲搜索（s.aliyun.com）正式上線。
2013年3月6日，阿裏金融公布信用支付計劃。7日，阿裏小微金融服務集團宣布籌建。11日，阿裏巴巴集團董事局宣布，任命陸兆禧為阿裏巴巴集團CEO。12日，支付寶開通24小時“極速補償”服務。支付寶會員隻要完成實名認證，且誠信記錄良好，如因由賬戶被盜造成資金損失，可以享受小額風險24小時極速補償服務。
2013年3月22日，阿裏金融事業群更名為“創新金融事業群”。
2013年4月，淘寶網聯合蝦米網，合推新產品。
2013年4月2日，阿裏巴巴以8000萬美元收購移動應用統計服務平台友盟。
2014年4月3日，阿裏巴巴花33億元人民幣收購恒生。
2013年4月18日，阿裏巴巴旗下的中國雅虎向用戶發出通知，中國雅虎郵箱將於2013年8月19日停止服務，此後用戶的所有郵件和相關的賬戶設置都將被刪除且無法恢複。
2013年4月23日，阿裏巴巴集團宣布和國家“五部委”聯手打擊假冒偽劣商品。
2013年4月29日，阿裏巴巴和新浪微博宣布達成戰略合作協議。
2013年5月，淘寶網慶祝創立十周年。
2013年5月10日，馬雲卸任阿裏巴巴集團CEO。
2013年5月10日，阿裏巴巴以2.94億美元購買高德公司28%股份，成為第一大股東。
2013年5月28日，阿裏巴巴集團聯合銀泰集團、複星集團、富春集團、順豐集團、中通、圓通、申通、韻達等多家民營快遞企業，在深圳聯合成立菜鳥網絡科技有限公司，並同時啟動中國智能骨幹網（簡稱CSN，阿裏內部稱物流地網）的項目建設，馬雲再度出山組建物流網絡平台並擔任菜鳥網絡科技有限公司的董事長。
2013年6月13日，支付寶與友家速遞、斑馬物流、遞四方合作推出海外轉運服務。17日，阿裏巴巴集團支付寶“餘額寶”業務正式上線。
2013年7月，阿裏巴巴發布阿裏智能TV操作係統。
2013年7月23日，阿裏巴巴發布阿裏智能TV係統，並攜手華數推出首款搭載了該係統的智能機頂盒產品“華數彩虹”，其後又與創維合作推出三款“酷開”智能電視。
2013年8月，阿裏巴巴園區遷往杭州市西溪。
2013年8月1日，由央行牽頭，銀監會、證監會、保監會、工信部、公安部、法製辦等部門共同組成的“互聯網金融發展與監管研究小組”專程前往上海、杭州兩地進行調研，並到陸金所和阿裏巴巴實地考察互聯網金融。
2013年8月16日，據媒體報道，阿裏巴巴以7500萬美元的價格入股美國電商物流配送服務公司ShopRunner，繼而在ShopRunner第二輪融資中再度領投，接手eBay所持有的30%股份。
2013年8月31日，成立於1999年9月的阿裏巴巴旗下的門戶業務板塊中國雅虎在網站首頁發布公告稱，基於2012年阿裏巴巴集團和雅虎美國的協議，中國雅虎將調整自己的運營策略，於2013年9月1日零時起，不再提供資訊及社區服務。原有團隊將專注於阿裏巴巴集團公益事業的傳播。2013年9月，阿裏巴巴正式對外發布移動社交產品“來往”，確定無線優先的發展戰略。
2013年9月5日，阿裏巴巴旗下內貿B2B平台1688.com實現了單日41.9億元人民幣的交易額。
2013年9月10日，阿裏巴巴攜手創維，推出酷開電視。