代善的故事到這裏並沒有因大妃事件而徹底結束，相反，雖然他因此與汗位失之交臂，但在朝廷中卻仍有舉足輕重的地位，他仍然擁有自己的勢力，他的身邊，仍然有著一群忠心於他的黨羽。因此，後來，在皇太極長達十七年的統治中，代善過得並不舒心，皇太極表麵雖然對他禮待尊重，實際上卻是處處打壓，代善和他的兩個兒子，常常因為一些莫名其妙的理由被罰，而且被罰得很窩囊。
其實，皇太極的行為也是可以理解的，努爾哈赤在世時，代善寬柔的性格就為他贏得了幾乎全部的人心，不論是在群臣中，還是在宗室裏，他都有很高的聲望，群眾基礎相當好。在支持皇太極登基的過程中，他與兩個兒子又不斷推波助瀾，其子嶽托、薩哈廉通過這件事緊緊地圍繞在皇太極周圍，走到了後金國權力的中心，在這種情況下，代善實際上成了一人之下、萬人之上的後金二號人物，心思深沉、腹黑多疑的皇太極對他有所忌憚也是很正常的事情。再加上代善很會籠絡人心，雖然表麵順從，背地裏卻常常倚老賣老，做出一些令皇太極不那麼舒服的小動作，因此皇太極心裏對他就更加不滿了。但皇太極畢竟老謀深算，深諳為君之道，對他的這個皇長兄一直采用打一記給一個甜棗的策略，敲敲打打，恩威並施，將代善牢牢地攥在手掌心之中。
可以說，皇太極在位的這十七年裏，代善雖有尊榮，但他這一支上的實權卻一點一點被剝奪，到後來，他幾乎被完全架空，特別是兩個兒子相繼死去之後，他就真的成了沒牙的老虎，從此淡出朝廷，變成了徒有位分的宗室重親。但這一次的離開並非心甘情願，一切的隱忍蟄伏都是為了韜光養晦，等待下一次的複出。這一等待，就等了整整七年。崇德八年八月，皇太極去世，多爾袞與豪格爭權，他看準時機重新出山，再一次登上政治舞台。他費盡心力在多爾袞與豪格之間斡旋，大義滅親，殺死了鼓動多爾袞自立為帝的子孫碩托與阿達禮，力保福臨登上皇位，而自己，則與鄭親王濟爾哈朗、睿親王多爾袞同輔政，重新將自己這一係血脈帶回了權貴榮耀之中。
在努爾哈赤諸子中，代善一係是最顯赫的一支。他的八個兒子中，三人被封為親王，二人被封為郡王，一人被封為貝子，一人被封為輔國公。在清朝世襲罔替的八大“********”中，代善祖孫三代就占了三個，即代善首封的禮親王爵，其子嶽讬首封的克勤郡王爵和其孫勒克德渾首封的順承郡王爵。
順治五年，多爾袞專權，代善見自己年事已高，有心無力，因此選擇了急流勇退，退回到了自己的王府別院中去養老，將自己的爵位傳給了自己的第七子滿達海，由他來承襲親王爵，處理一切日常事物，自己則不問世事，做起了逍遙老人。
如今，福臨有心奪回大權，代善雖然在野，但對朝堂的形勢也還是了然於胸的。他自己雖不出麵，但暗中還是派兒子滿達海從旁協助的。隻是，滿達海畢竟年輕，資曆尚淺，想要靠他來扳倒多爾袞，顯然是蚍蜉撼樹。因此，為了達到目的，濟爾哈朗等人必須要想辦法請代善出山，爭取由他出麵發聲，請多爾袞還政。
這一切表麵看起來似乎是順理成章的，但實際上卻並不容易。一則是因為代善一向懂得明哲保身，年事已高的他並不樂意再去攪這趟渾水；二來則是因為濟爾哈朗並不是他所待見的一個好合作夥伴，他們之間，曾經也結過很深的梁子。
天聰九年，蒙古察哈爾部投降。皇太極命諸貝勒大臣從前來歸降的蒙古福晉、格格們中選擇中意之人充實自己的後院。代善一眼便看中了有財有貌的蘇泰太後。蘇泰太後是濟爾哈朗的妻妹，濟爾哈朗早就鍾情於這個小姨子，並已獲得皇太極的首肯。皇太極既已答應了濟爾哈朗，便不能再答應代善。他讓代善娶囊囊太後娜木鍾。代善嫌囊囊太後年紀大，便轉而要了既漂亮又富有的察哈爾汗之女泰鬆格格。但即便如此，他還是心有不甘，多次向大汗提出要強娶蘇泰太後，但都遭到了皇太極的拒絕。代善因此懷恨在心。