地球聯邦，四年前因為人組織帶來的壓力過於巨大，原先的三大聯盟根本無法與之抗衡的緣故，聯合全球百分之九十以上的國家所成立。因為有變革者在幕後的支援，掌握了近乎所有gn-型太陽爐的地球聯邦在武力方麵要遠遠超過試圖抵抗其統治的勢力。
雖然伊奧裏亞想要達成的第二階段，是由變革者來引導人類走向變革之路，但被利馮茲阿爾馬克作為自己的計劃而執行的計劃第二階段變得極為殘酷而血腥。在變革者的指使下，地球聯邦成立了獨立治安維護部隊a-las，表麵上其活動是為了世界和平並統一世界，實際上是以高壓政策打擊反地球聯邦勢力，由變革者在幕後掌控的組織。
veda的掌握讓變革者不斷獲取著大量的最新消息，使用veda的能力。過去為了理解人類的思考模式，不斷被veda製造出的變革者終端潛伏在人類之中的擬變革者在精心挑選後，成為了擬變革者掌握地球聯邦的重要命脈。
因為變革者所擁有的技術和財力，比起地球聯邦的普通軍隊擁有更加卓越的技術所製造的機動戰士。配給的戰艦和機動戰士的數量也要遠遠超過任何一支部隊的數量，甚至在衛星軌道上，還暗地裏建造了大規模衛星兵器。而應對不服從自己的存在，a-las與變革者所采用的方式十分殘酷，ai搭載型自動殺人兵器被a-las所開發，許多殺手也在為a-las服務。連那些全球著名的財閥與家族也有許多未能幸免於難。
沙慈克洛斯羅德，曾經被阿雷路亞在其修學旅行的事故中救出的學生，此時已經是一名在太空工作的工程師。在四年前高達與地球聯邦的決戰之後，沙慈的女友露易絲哈勒維所在的哈勒維家族恰好因為其龐大的資產被擬變革者看中，利用不同的手段將有關於哈勒維家族的成員除掉大半，剩下的成員也被按上了各種罪不為人知的時候人間蒸發。露易絲本人也被牽連，以懷疑與**組織卡塔隆有所聯係並提供幫助的理由強行帶走。
雖然沙慈用上了自己所能用的手段。包括拜托自己在著名報社工作的姐姐查詢有關路易斯的去向，但可惜的是，由於是與**有關的罪名，路易斯被囚禁的位置並沒有顯示在公開的監獄之中。而是在a-las專門建造的監獄內。因此，不旦沒能找到自己的女友所在，反而因此被a-las盯上的沙慈被a-las以同樣的罪名所逮捕，而其姐姐娟江克洛斯羅德則是被闖入其工作場所的a-las特務部隊當場以竊取聯邦機密為由擊斃。
失去了自己的姐姐和自己的女友，自己還被抓到了名為輝煌的高壓太空站中。在高溫與高重力的環境下做著艱苦的體力工作。沙慈此時的心中可謂是絕望的。沒有憐憫與理解，唯有斥責與懲罰，在高重力環境工作卻沒有絲毫的保護措施。完全是將這裏的囚犯充當免費不用擔心人權的勞力來使用。在高重力下筋疲力盡的的囚犯所能得到的支援，隻有迎麵而來的皮鞭和拳頭的痛毆來強迫自身繼續工作。
為了有一可以與自己的女友再次見麵，沙慈忍耐著失去姐姐的痛楚，在高重力中努力地掙紮著。相信著隻要不放棄希望，總會找到從名為輝煌的監獄中逃脫。尤其是從周圍被關押的卡塔隆組織的成員口中得知了一段時間後，卡塔隆將會到輝煌進行劫獄，救出被a-las所關押的平民……
另一邊，名為蒼的宇宙殖民艦上。新生三位一體的三人在尋心不在場的情況下，由拉斐爾愛夫曼擔任臨時最高指揮官進行領導。而最近的時間，忙於修複世界空間法則損壞部分的尋心在得到雷歐的提醒，得知地球聯邦並沒有依照伊奧裏亞的計劃中的預想般發展。而是在擬變革者的暗中謀劃下，變成屬於擬變革者因為私欲而控製整個星球的計劃。