孫承宗帶著朱有孝的期望上路了，李信作為孫承宗的弟子也跟著去混經驗、混資曆去了，多數人都是認為李信是混經驗、資曆，但是李信自己卻不這樣認為，他希望發揮自己的能力，讓不服氣的人服氣，要給他們一個極大的驚喜，自己來證明朱有孝的眼光是很準的。
戚金則帶著三萬神機營人馬邊訓練邊行軍，一路順保定、邯鄲、信陽，直奔武漢。到了十一月初，孫承宗、戚金帶領的三萬大軍已經抵達武漢，訓練的目的已經達到，隨行的三萬後勤人馬也先後抵達。
湖廣巡撫魏光旭帶領總兵官和副將、參將們一起拜見孫承宗，告知部隊所需的船隻、糧食等諸多後勤物資已經準備齊全，隨時可以啟動。
孫承宗決定先取重慶，因為重慶是奢崇明最早起兵叛亂的據點，其次取得重慶以後既可以南下直搗奢崇明的老巢永寧，還可以西下救援成都，更重要的是穩固重慶之後，可以當做後勤基地。神機營戰力強悍，前提是保證有足夠的物資供應。為了避免因為後勤供給不足造成失利，建立一個穩固的後方基地是必須的，作為軍事大家，孫承宗未慮勝，先思穩是必要的，何況朱有孝是讓他徹底平定四川，建立穩固的朝廷統治。
孫承宗、戚金帶領大軍從長江逆流而上，其艱難可想而知，一個三峽就讓孫承宗費盡了腦汁，好歹損失不太嚴重，但是在時間上可就拖延到了十二月初。抵達重慶以後，孫承宗並沒有讓戚金攻城，而是先派兵秘密占領了江津城，以確保重慶的奢崇明敗兵不會逆江而上再返回永寧，孫承宗的意思就是打殲滅戰，不是擊潰就算是勝利。占領江津以後又派兵奪取璧山縣城，目的是堅決不讓奢崇明的部隊向南潰退，免得繞道返回永寧。形成包圍圈以後孫承宗這才開始奪取重慶的戰役。
其實對於孫承宗所率領的明軍來說，重慶並不太難攻，隻是為了盡量少殺傷無辜百姓，孫承宗采取的是圍三缺一戰術。明軍沿嘉陵江而上，抵達重慶東北部，分兵北門、東門加好迫擊炮，又命令士兵緩緩抵近城牆，接著開始排炮轟擊兩個城門以及城門兩邊一百五十步範圍的城牆。
守衛重慶的是奢崇明的女婿樊籠，樊龍認為重慶號稱山城，地勢險要，城牆堅固，明軍要想攻下重慶勢必先圍困，然後才能慢慢的一點一點的才有可能攻下來，沒有半年六個月想攻下重慶根本不可能。但是明軍要是攻上半年，永寧的援兵早就到了，成都城恐怕老丈人也早就奪取了，所以這家夥布置完防守，一點也不擔心明軍破城。
孫承宗和戚金二人各自指揮一半人馬，分別攻擊北門和東門。他們采取的戰術是一樣的，根本就不是列好隊伍射箭、架雲梯的傳統攻城方式，而是排炮轟擊城門兩側各一百步範圍，城裏用拋射的方式轟擊。十排炮擊過後，再看城牆上一個叛軍也看不到了，城門已被炸開，以五列三排間隔十步方式進入城門洞內，進入城內以後馬上變成三五七三排前後掩護的突擊隊形，遇到少量叛軍，直接排槍射擊，遇到大量叛軍立刻三個小隊每排十五人，迅速組成排隊槍斃的隊形。後麵的‘二踢腳’小火炮每三人一組，共計三組對叛軍的支援部隊，進行隔離打擊。