孫傳庭告訴蒙古族士兵，既然加入大明朝的軍隊，一切都要以軍隊的紀律要求自己，必須嚴格按照製定的作戰方式和技巧去戰鬥，決不允許逞英雄私自去憑自己的蠻力格殺，必須講究戰友之間的技巧配合，從此以後不再有單兵之間的格殺，有的隻是一小隊十人為整體的集體對抗，依靠集體的力量，最大限度的消滅敵人和保護自己。在集體作戰時，無論任何時候都要保持在局部戰鬥中形成以多打少的局麵，當第一個人射擊時，後麵的人馬上就要迅速插到敵人側麵劈殺；當正麵敵人難以抵擋時，必須讓過正麵，從側麵射擊，繞道背麵砍殺，但是絕不允許退卻。總之，盡量減少損失，獲得最大的勝利。
對於漢族士兵，孫傳庭則要求他們盡快熟練馬匹和這裏的氣候，熟練掌握手中的火槍、火炮。盡快熟練馬匹是因為這是快速行軍的基本要求，在遼闊的東北平原和以後的西伯利亞平原，快速的行軍速度將是戰爭取得勝利的保證，隻有出其不意的攻擊，才能達到最大的效果。熟悉、熟練、靈活運用火槍、火炮是取得勝利的保證，當讓這些近現代化的武器發揮到極致的時候，任何這個時代的軍隊都是難以對抗的，孫傳庭訓練的目的就是讓士兵達到這個要求。
科爾沁蒙古草原的夏天，一對對漢蒙士兵正在熱火朝天的訓練，孫傳庭給他們的訓練時間是三個月成軍。為了保證訓練質量，每個士兵的食物不加限量，隻要你在這三個月中訓練成合格的士兵，你可以放開肚子去吃飯，無論是牛羊肉還是米飯都隨便，每天三頓飯，這對於現在的士兵來說可是天大的喜訊，要知道在現代這個年代能夠吃飽飯就是天大的事。孫傳庭為了防止士兵吃得太胖，還專門規定凡是不能夠完成訓練量，而且體重超標的士兵將被清理出軍隊，回家抱孩子玩去吧。結果三個月過後，這三萬士兵一個個生龍活虎，戰意十足，沒有一個被淘汰回家的，反倒是有近百人訓練造成了意外傷害，孫傳庭也沒有虧待他們，而是每人分了牛羊、土地回去地方擔任民兵後備役教官去了。
與此同時，葉赫那拉部落部落和大明朝的關係也是空前的友好。自從趙率教幫助葉赫那拉部落擊敗努爾哈赤部落的進攻以後，部落的首領尼雅哈幾乎天天都找趙率教喝酒，隻喝得趙率教看見尼雅哈就想躲著走。好歹這個時候熊廷弼把滿桂派了過來，同時還有新任命的總兵毛文龍，滿桂還好一點，不好這一口，毛文龍卻是葷素不論，女人和酒全部接受，尤其是喝酒，簡直把尼雅哈都喝怕了，好在還有滿桂調和著，這幾個人關係處的非常的融洽。
當熊廷弼把朝廷的意思向尼雅哈說明之後，尼雅哈也覺得能夠定居下來，並且成為大明朝的一份子，這對於吃盡了缺糧少鹽的部族來說，絕對是最好的好事。尼雅哈就把部落裏的長老們們都請到了自己的帳篷裏協商，這些長老們早就被明軍的火器驚呆了，尤其是努爾哈赤的殘忍屠殺更讓他們有恨又怕，巴不得找到一個大靠山，現在大明朝提出這個條件還比較優厚，不但供糧、供鹽，而且還收購土產品，供給日常生活用品，還讓孩子們讀書認字，於是稍加商議就同意了加入大明朝的序列。
在葉赫那拉部落徹底融入明朝以後，尼雅哈被任命為四平府的知府，一切依照明朝的管理製度製定一係列管理辦法。這裏的土地非常肥沃，和科爾沁蒙古草原的情況大不一樣，熊廷弼就按照以種植農作物為主要生活方式，因為東北這裏夏季較短，一般作物隻能一年一熟，所以剩下的半年就以打獵為主，各個小部落以族長為裏長分為數百個小村子，然後在陸續遷移過來的漢族百姓幫助下開始建造房屋，學習莊家種植。依照朱有孝的意思，要把這些遊牧的葉赫那拉部落改變為以農為主，兼打獵為輔的半農耕民族，使其有了固定的財產以後，不在到處遷徙。