洪承疇的屠城政策嚇壞了葉爾羌汗國的軍民，強悍的戰鬥力量讓人望而生畏，接連失去幾座重要城市的葉爾羌汗國人，徹底對洪承疇產生了畏懼心，附近的大小城鎮裏的居民紛紛逃離。當袁崇煥再讓洪承疇出兵征服阿克蘇城的時候，阿克蘇就剩了一座空城，裏麵的人不管男女老幼全部早就棄城而逃了，包括曾經被趕進大沙漠裏逃得了性命的。他們逃跑的方向就是天山深處，至於能不能出去就不是別人考慮的了。
經過袁崇煥的西域戰役，尤其是洪承疇的殘酷殺戳，在南疆的***教勢力基本上被根除了，剩下的除了信仰佛教的蒙古人，剩下的就是漢人、羌人、以及朱有孝認可的是女媧造人時扔得較遠的原著居民，比如土穀渾人。總而言之吧，朱有孝的民族主義觀念非常強烈，這些人都算他認可的炎黃子孫。
大的戰役已經結束，剩下的就是圍剿殘餘的漏網之魚，現在已經到了深秋的季節，馬上就要進入冬季，在寒冷的季節裏槍支的使用受到限製。朱有孝下令暫且停止進行新的戰役，開始對新的統治地域進行鞏固，方式無非是文化教育，繼續向這一帶移民等。現在大明的一億多人口基數還是很大的，何況現在的人們的思想已經非常開化，“樹挪死，人挪活”的觀念深入人心，何況條件有非常優惠，誰願意在老家哪的一畝三分地上受苦呢？還有的好處就是通過移民政策徹底打亂了固有的農村的地方宗族勢力，為進一步的民主、自由思想打下了良好的基礎。再有一個好處就是不同地域的人互相結婚，促進了人種的變異，使得後代更加聰明、強壯。
袁崇煥、盧象升二人在天山南北各自利用不同的方式取得了相同的結果，不但收複了明朝原來的地域，而且還開拓了新的疆土，朱有孝自然要表示賞賜、封官進爵，這都不在話下。不過袁崇煥的區域裏殺戮過重，人口減少很多，朱有孝就隻能從陝西一帶移民，填充這些區域。盧象升按照朱有孝的意思，對於蒙古人以收服為主，原因是為了以後要對付俄羅斯人。北方的氣候太冷了，中原地帶的人根本承受不了，何況在朱有孝知道的曆史上，隻有蒙古人在對俄羅斯的進攻上火燒過莫斯科，其他的無論是拿破侖還是希特勒都失敗了，他們失敗的原因並不是軍事實力不夠，而是對於氣候適應的能力不夠。而四個衛拉特都是出身於葉尼塞河上遊，對於寒冷的適應能力應該比俄羅斯人不差。還有被趕到漠北的林丹汗，這個吃了兩天飽飯就忘了饑的家夥，朱有孝還沒有來得及收拾他，以後或等明年吧，讓孫傳庭把這家夥收拾掉，免得以後有麻煩，原來想的讓他對付俄羅斯人，看起來希望不大，緩衝地帶就算了，直接把他們封在烏拉爾山脈以西算了，免得他再橫跨歐亞。