合法的從西班牙人手中奪回了鄭和島以後，小陳就開始重新整頓海盜艦隊，還偷偷摸摸從棉蘭老島和呂宋島劫掠土著人做奴隸開發礦山、在東部平原開荒準備種地，打以此為根據地，安下大明在南洋的一個釘子，方便日後的軍事行動。另外就是派一部分船回到大明去運送軍火，準備下一階段的行動。
再說牛金星回到大明以後，馬上就去見朱有孝，將自己在在南洋見到的情況詳細加以說明，尤其是西班牙人在萬曆三十年屠殺當地華人二萬餘人。朱有孝原來隻知道在印尼發生過數次屠殺華人的事件，荷蘭人將當地華人當成綿羊，每過幾十年就屠殺一次華人，搶劫一次財物，就像每年剪兩次羊毛。菲律賓的屠殺倒是第一次聽說，過去隻聽說過菲律賓土著懶散，華人勤懇，和本地人結婚生的孩子地位比兩者都高，以為華人待遇比印尼要高一些，所以後來菲律賓華人在西班牙人的政策下都被當地人同化了，或者說互相同化了。現在聽說曾經被屠殺，而且二萬七、八千人竟然被屠殺了二萬多人，於是心中大怒，便要求戚金派出一個艦隊，攜帶足夠的武器彈藥前去和小陳會和，準備攻取馬尼拉。
戚金現在正在正督促大批工匠在泉州造船，時間有些短促，而且將西式戰船和大明朝的戰船結合在一起的方法也不太成熟，正在試驗階段，想造好的船隻必須經過嚴謹的計劃和熟練的工匠。現在僅僅剛剛造出幾艘實驗船，無法形成戰鬥力，朱有孝也隻好改變計劃，讓他給小陳調集足夠的軍火物資，再派出部分軍艦和熟悉海戰的將領，到時候視情況而定。
於化龍聽到消息之後，第一個要求去南洋，鐵甲艦是沒有可能帶去，安裝了“鐵牛”的小型戰船讓他全部帶走，又派了一艘正在試驗的中西結合的戰船，在上麵安裝了八台“鐵牛”和六門加農炮，一並交給了於化龍。於是於化龍就帶著這麼一支十三艘小艦隊十艘帶著軍火的福船前往鄭和島和小陳會和去了，同時福船上還有二千海軍陸戰隊員。
看到了前來會和的軍艦，小陳高興壞了，立刻把手上的二十多艘戰船的海盜海盜艦隊交給了於化龍，按照朱有孝的旨意，小陳也恢複了自己的大名——陳清，並且朱有孝也不再讓他保留錦衣衛的身份，任命陳清為這支艦隊的參謀長，這是朱有孝按照後世的稱呼從新叫出來的，職位僅次於於化龍。
近四十艘的軍艦在南洋也是一支相當大的艦隊，參謀長陳清給於化龍提出的第一個計劃就是占領菲律賓，這是一個瘋狂的計劃，因為這支艦隊艦隊隻有不到五千人，而這時在菲律賓的西班牙人有三萬多人，僅軍隊就有上萬人。隻不過於化龍這家夥也是膽大包天的人，陳清的計劃非常適合他的胃口，隻不過具體怎麼去實施這個計劃還需要好好的設計一下，尤其是需要了解清楚西班牙人的具體情況，不打無準備之仗的思想永遠是最正確的策略，老祖宗幾千年留下來的東西絕對是正確的，無論是陳清還是於化龍，粗魯的隻是表麵現象，對於打仗，還是非常小心的。每一次的戰鬥或戰役，隻要不是倉促的遭遇戰，必須都要做好預演，這是大明官吏學院軍事分院的教程之一，現在要奪取馬尼拉，於化龍就必須做好萬全的準備，真正做到知己知彼百戰不殆。