當終於攢夠了三天的幹糧，柳生宗矩就集中了十幾萬士兵對著後方的熊廷弼開始了反擊，熊廷弼接到宋獻策的消息後，早就做好了準備，在預設的戰場上，同倭國人開始了正麵的較量。在全州道的北部近二十裏的戰線上，倭國人發動了第一次反擊，結果自然是悲劇性的，缺乏了火炮和火槍的倭國人，隻能靠豬突式的突擊衝鋒，但是麵對明軍的手搖機槍和可以快速發射的擊發槍，再加上迫擊炮的轟炸，基本上就到不了陣地前麵三十丈的距離。連續三天的反擊，損失了近十萬士兵的生命以後，柳生宗矩徹底就喪失了戰鬥的信心，交代士兵投降後，就刨腹自殺了，同時自殺的還有多本忠正、神原康盛、酒井家次，他們感覺太對不起德川家族了，唯有一死相報，或者說以死謝罪罷了，不過正是由於他們的自殺留下了更大的後患。
收到了倭國人投降的通告，熊廷弼指示停止攻擊，等待著倭國來人接洽，等了半晌也沒有消息，還以為倭國人變卦了呢，等到安排人到倭國的軍營一看，原來當官的都自殺了，士兵們反倒是都呆在營房裏餓著肚子等待接受呢。熊廷弼讓他們排隊等著吃飯，點了一下人數，竟然有近二十萬人，至於其他的三十萬人都在先前的戰爭中死去了。
高句麗由於宮變引起的戰爭終於結束了，整個王室被倭國人屠殺殆盡，而住在全州道的王室遠房族人企圖繼承王位的人，被宋獻策用計證明他們沒有繼承權，且有冒名頂替的嫌疑，全部殺掉之後，就再也沒有人敢來要求繼任高句麗王了。戰爭總是殘酷的，倭國人在這場侵略高句麗戰爭中，前後損失了五十多萬青壯年，高句麗損失了南部整個人口的一半，留下了無數的孤兒寡母。熊廷弼被任命為高句麗總督，負責處理高句麗的善後事宜，俘虜的倭國人暫且留在高句麗當勞力，讓他們幫助當地人蓋房子、修路，等到明年在安排其他的活計。海軍回國，八萬路地上大軍留在當地，允許他們和那些當地女人結婚生子，最多可以娶三個妻子。賴幕布和多爾袞帶領的族人也可以南下，也允許他們和當地人通婚，不過每個人最多隻能娶一個當地女人為妻，自己的族人則不限製。
倭國人侵略高句麗的後果是很嚴重的，五十萬的軍隊喪失在高句麗以後，德川幕府的勢力受到極大的打擊，尤其是三位功勞最大，勢力最強的重臣多本忠正、神原康盛、酒井家次的死亡，讓自己家族的其他嫡係爭奪了控製權，再加上剛被推翻不久的豐臣氏家族蠢蠢欲動，倭國的政壇上又開始了混亂。得到了錦衣衛密探傳來的消息，朱有孝就開始了秘密的布置。
牛金星再次出馬，他的目標是倭國，帶著大批的土特產品來到了倭國，先是在京都賣掉一些商品，然後就開始在倭國的其他城市轉悠，利用那些精致的器物結交倭國的上層大名、武將等，尤其是那些豐臣秀吉時代的五大權臣除德川家族以外的另四家，尤其是前田利家的孫子，結果就不用說了，倭國在幾年後三個島上都出現了一個天皇，都建立了幾個幕府，都開始從大明購買擊發槍，二踢腳小炮，從新開啟了新的戰國時代。