也許是一路順風，沿途搶劫了大量的財寶金銀，也許是皇家子弟財大氣粗，總之就在朱由崧的命令下，明軍把幾乎所有的能夠搬上島的迫擊炮彈全部砸到了石頭城裏，把石頭城裏麵的建築物東麵半個城炸成了一片廢墟。與此同時，孫愚直帶著軍艦趁著早潮開到了距石頭城四裏以外的海域裏，一字排開，聽到東邊炮響的時候，就開始從西邊炮擊，孫愚直沒有朱由崧那樣的氣派，他隻讓士兵炸完了城牆上的火炮，然後延伸的城裏麵覆蓋式炸了一遍，沒有繼續再打，隻是嚴格的封鎖了一切出海的航道，不讓一片木板出城。
望著城內的一片廢墟，朱由崧這才帶領士兵們大搖大擺的從東門進入了石頭城，真是不虧叫石頭城，裏麵的建築，包括不少民房都是石頭砌成的，迫擊炮的威力還是有點小，多數的房屋都是頂部木質部分被炸壞了有的還在燃燒，但是牆體大部分完好，從外麵看一片狼藉，裏麵的院落還是比較完整的。
士兵們分成小隊，一個街道一個街道的慢慢清理，凡是活著的或者說有口氣的全部補槍，不留活口，屍體等待著一會那些土著人過來清理，暫且沒有時間管這些事。一直等到過了城中心，到了西部是才遇到零星的抵抗，不過這基本上沒有什麼作用，隻能讓這些士兵練練膽子，哦，不是練膽，這些都是老兵了，是讓他們重新體會一下往日的技藝。
這座城的阿拉伯男人已經死亡殆盡，三萬的人口隻剩下了三千多女子，這些都是未婚的，已婚的都已經讓她們陪伴她們的丈夫去了，常年在外漂泊的人都會有這種覺悟，既然你殺人，也會有被人殺死的時候，搶人妻女，就有被搶的準備，顯然這些女子都有這種經曆，也有這種準備。當他們被分配給那些明軍士兵的時候，並沒有出現劇烈反抗的人。就他們的民族來說，女子在家裏基本上是沒有地位的，男子三妻四妾是極為平常的事情，就算他們到了成年，也是家裏的人隨便找人嫁了，要麼就是被家裏人買了，甚至被賣到比人家為奴的都有。
大明在朱有孝隻有一後二妃的婚事以後，就很少再有娶三妻四妾的人家，那樣會被別人認為是逾製，一夫一妻的是最平常的家庭，這種家庭已經成為慣例，至於海外納妾這些當兵的倒是不少，畢竟單身在外也是有許多不方便，一般人也不會說什麼，所以經過一段時間以後，這些女子反倒是非常喜歡大明的男人了，這比她們族人的男人好多了。
城內的清理工作已經完成，這座小島從天堂變成了地獄，到處倒是殘垣破壁，朱由崧帶著士兵們在城裏大肆搜索，終於找到了阿拉伯人的藏寶庫，真不虧是世界上最香的島嶼，也是最富裕的島嶼，藏寶庫裏塞滿了無數的金銀財寶，粗略的過一下數目也值五六百萬的黃金白銀，分給士兵一百萬兩銀子，剩下的用作以後建設小島的費用，因為端王朱常浩等的目的不是破壞，而是建設，他們要想在這裏立足，就要把這裏建設的比原來更好，要使這裏重新變成天堂，而且是所有人的天堂。
香料的采摘仍然是那些土著黑人的工作，不過已經沒有棍棒和皮鞭的威脅，有的隻是按工作量獲取報酬，就和後世的按勞計酬一樣，懶蛋門就直接被送到了島外，再接著招收勤快的人。那些被炸壞的房屋已經修繕完畢，凡是願意在這裏居住的士兵每人都可以挑選一套小院，就算是那些幹活勤快的土著黑人都可以在這裏買到一套小院，然後帶著妻兒子女居住，石頭城又重新開始變成天堂一般的地方，而且比以前更加幹淨、繁華，端王朱常浩製訂了嚴格的衛生管理製度，敢違反者就會被清理出去。
層拔國已經徹底覆滅了，明軍占領後這裏被改為應天府，同樣的石頭城也被叫做新應天，所屬的奔巴島改名朱島，意思是大明的國姓，端王就成了這組島嶼的總督。這兩座主島嶼主要就是生產丁香，不許建有其他的工廠，免得汙染了自然環境，失去自然的香味。這樣就麵臨著一個問題，那些工廠需要另外找地方建築，兵器和生活用品必須要做到自給自足，從大明運過來需要的成本太高了，也無法讓朱由崧隨心所欲的貫徹他的炮火至上的戰爭理論。