在原來的曆史上，俄羅斯東擴的過程使用的軍隊很少，但是也許是朱有孝的西進計劃引起了俄羅斯的高度警覺，使得現在這裏的兵力增加到原來的幾十倍還多，他們采取的措施倒是和原來一樣，以點帶麵，每到一處先是建立城堡，形成一係列補給點，接著再向周圍擴張，和朱有孝采取的策略一模一樣，士兵中包括立陶宛人、俄羅斯人和歐洲戰場上的俘虜兵。
在俄羅斯國家統一過程中，莫斯科大公國主要依靠的階級力量是服役貴族。伊凡四世時期，政府從農民、手工業者、商人中招募、挑選士兵成立射擊軍，這些人被稱為“招募軍役人員”。而此前的貴族軍隊，因平時經營地產，臨打仗時行動遲緩、紀律鬆馳，已漸漸失去它的軍事意義。因此，到了17世紀，以手工業者和商人為主的射擊軍成為軍隊的主要力量。射擊軍戰時出征，平時從事手工業、商業活動。他們領取薪餉，配備當時比較先進的武器(火繩槍)，受過較好的訓練，具備較強的戰鬥力。
西西伯利亞駐軍主要由射擊兵、步兵哥薩克、騎兵哥薩克、炮兵、城防火器兵以及17世紀下半葉出現的龍騎兵組成，其中人數最多的是步兵哥薩克和射擊兵。
17世紀，在軍隊的花名冊上，通常把射擊兵和哥薩克寫進同一名單，沒有進行任何劃分。兩者的差役、薪餉、裝備甚至製服的式樣沒有嚴格的區別，因而在稱謂上常常混用。例如，哥薩克百人長的部隊通常被稱作“哥薩克團”，射擊兵百人長的部隊被稱作“哥薩克騎兵連”。
由於軍役人員總體數量相對不足，每個城市依其地位和防禦的需要配備不同的兵種。例如，在托博爾斯克、塔拉和秋明，步兵哥薩克和射擊兵的人數通常占軍役人員的1／3到1／2；在別列佐夫，17世紀30年代之前一直沒有射擊兵，大部分駐防軍由哥薩克騎兵組成；在圖林斯克和佩雷姆則沒有哥薩克騎兵，為數不多的射擊兵構成了這兩座城市的主要軍事力量。
現在的曆史發生了極大的變化，俄羅斯的射擊兵和哥薩克騎兵連占到了部隊的大多數，各個城市的射擊兵更是城市守護的重要兵力組成部分。機動性非常強的哥薩克騎兵連的危害非常大，他們更能夠適應這裏寒冷的氣候。另外就是哥薩克步兵，他們的行軍速度也許不是很快，但是他們的另一個特點是擁有大量的狗爬犁，這樣可以和哥薩克騎兵連互相配合，形成了頗具特點的龍騎兵，戰鬥力還是非常高。
孫傳庭經過一年多的調查發現無法沿著鄂畢河進軍，除了經營建立的大量小型村堡以外，就把其餘的兵力撤回來，進駐到秉忠堡裏，留下曹文詔帶領一些士兵經營朱堡，在哪裏形成一個城市村鎮群，鞏固好那裏的統治基礎，暫且放下進兵的想法。
孫傳庭回到秉忠堡以後，毛文龍和他的部下耿仲明、尚可喜、孔有德就徹底解放了，再加上張秉忠、賀人龍、碩壘這些年輕人，沒有一個是安分的家夥。毛文龍知道孫傳庭在朱有孝眼裏的地位，更何況大明一直是文官地位高於武官，受到孫傳庭的管轄，這是天經地義的，至於張秉忠、賀人龍、碩壘這些武將，就沒有這麼多講究了，他們到了一起後，除了打仗訓練就是吃酒、打架。
毛文龍受到朱有孝兵書的教誨，深受後世將領帶兵的真諦，孫傳庭就放心的將這些武將全部交給毛文龍管理，自己就變成了一個全職長官，被朱有孝任命為朱堡總督，負責所有的軍政大局，全力為前線的將領們組織後勤物資運輸和分配，前線的事由全權交給毛文龍指揮，各自做自己最擅長的工作。