改革後的紅蓮堂由諸葛亮出任總掌——這一稱呼借鑒自東大乘教——負責掌握教內武裝力量，並直接對康寧負責。
與此同時，和紅蓮堂同等級別的幾個分支機構也在組建的過程之中，之所以說是分支機構，是因為康寧已經計劃好設置一個具有常規決策管理職能的機構。
在谘詢大圖書館副館長阿克頓勳爵之後，康寧決定從羅馬帝國進口一份土特產：元老院。
元老院在羅馬帝國和共和國時期，長期作為一個審議團體，甚至在某段時間內，實際履行了立法職能。然而，康寧設置元老院的目的，卻不是將在二十一世紀的見識，束縛在十八九世紀的牢籠之中。
所以他大大的削弱了元老院的權利。
第一，強調元老院沒有立法權，該項權利由專門的，隸屬於元老院的法學口掌握。元老院隻有審議權，否決權。同時，元老院院長，實際上的教主康寧，擁有最終否決權，免審議立法權。
第二，元老院的本質，是一個形式上巨大，實際上有效成分很小的權力機構，然而它卻是教內最高權力機構。他的職能，相當於北宋時期的中書門下。但是它的提案權，包括但不限於立法權，掌握在各個專業委員會手中。
第三，元老院的構成，罕見的，甚至可以說是史無前例的采取四院製。
上議院，俗稱總掌聯席會議。規模不大，由各個分支機構，包括職能機構、地方分支、教有資產的實際掌控人。對其他三個議院的提案擁有複核權、質詢權、否決權。
左議院，俗稱參謀長聯席會議，負責教眾和文羆商行極其殖民地的安全策劃，擁有調兵權、提案權。
右議院，俗稱三級四民會議。這裏的三級會議和法蘭西人的三級會議並不相同，它實際上由三個串聯起來的機構組成，包括內法堂、專業審查委員會和四民會議。
內法堂，名字借鑒自秘密教門，實際職能卻接近禦史台，擁有質詢權、彈劾權。彈劾對象包括但不限於院長在內的所有教內公職人員。
專業審查委員會，是針對各個專業委員會的提案進行專業審查的委員會，設計的時候準備讓他行使六科給事中的權力，但因為人選過於專業，且與相關專業人員有著無法剪斷的密切聯係，以至於在成立之後很長一段時間，淪為專業委員會在右議院的發聲筒，四民會議和內法堂的科普人。
四民會議，在康寧離開山東之時就決定成立的議會機構，包括但不限於士農工商四種基本百姓。行使監督權、質詢權、提案權等權利。
這三個機構的權力依次降低，結合起來行使檢查監察職能。內法堂人員由教主兼院長的康寧任命，專業審查委員會由大圖書館提名，並由大圖書館提供顧問谘詢，四民會議由內部選舉產生，院長任命。內法堂堂主兼任右議院議長。
下議院，主要由各個專業委員會以及獨立議員組成，是一個不完全獨立的議會性質的結構，說它缺少獨立性，是因為大部分人員都由專業行業的翹楚兼職，缺少康寧將來最需要的監督機製。人選由專業審查委員會提名，或者院長直接任命。