占領熱蘭遮鎮之後，拋石機在鎮內的房屋後麵架設，越過房頂，向擱淺的荷蘭船拋射火罐。荷蘭人想要反擊，可是中間隔著四五棟房子，他們的大炮毫無做為。
荷蘭人看到火罐的落點越來越接近他們的船，於是不敢在堅持，全都匆匆跳到了海裏，遠遠的向熱蘭遮城繞行。還好他們走的及時，要是再遲上一個時辰，他們就進不了熱蘭遮城了。
大梁這邊監視到荷蘭人從船上逃走，於是派出十幾人去接收船隻。雖然這艘商船沒有什麼特別的，可是能繳獲一艘也是好的。士兵們上船之後就仔細搜索，一個是看有沒有隱藏的敵人，再就是找到火藥倉，萬一要是敵人大舉來反攻，他們要在撤退之前把船炸毀，不能讓敵人重新把這艘船再搶回去。畢竟這裏隻有他們十幾人，其他人都已經開始在熱蘭遮城東、西、南三麵挖掘溝壕，要徹底將荷蘭人困死在堡壘裏。
正是這個使命，讓他們躲過了一劫。荷蘭人在走的時候點燃了火藥倉的引線，準備把上船的大梁士兵全部炸死，不過他們留出的引線太長了，被大梁士兵及時熄滅。
其實荷蘭人一直想要用這種引爆炸藥的辦法來殺傷大梁的軍隊，可惜都沒有成功。北線尾堡壘是由於士兵沒有同歸於盡的決心，而熱蘭遮城南邊高丘上的烏特勒支堡，也是由於引線太長，還沒有爆炸就被大梁官兵發現了。這也提高的大梁官兵的警惕性，不論到哪裏，都會首先搜尋火藥庫，後來還開始飼養軍犬，以幫助尋找隱藏的敵人和危險。
大梁這邊挖掘溝壕並不容易，為了減小荷蘭人榴彈和開花彈的殺傷，他們先是在距離城堡三百步之外開始挖掘之字形溝壕，等前進到距離兩百步之後再挖掘圍城溝壕。因為荷蘭人的箭頭狀堡壘是有角度的，不能直接正麵轟擊，隻能從側麵攻擊，這樣就需要更接近城堡。
而這樣也進入了荷蘭人的大炮射程，不論是大炮發射的榴彈，還是臼炮拋射的開花彈，都能對他們形成殺傷。因此大梁的溝壕要做的堅固，壁壘要厚實，還要防備側方的打擊和偷襲。在水道的東西兩邊，都有船隻在封鎖出入口，確保荷蘭人不能逃出去，與外界發生聯係甚至獲得給養。荷蘭人徹底被困在了熱蘭遮城中。
三天之後，魏誠帶著兩百多士兵還有給養來到了台灣。後續的運輸隻能依靠水師的輪漿船，所以運量有限，來的兵力和給養都不多。同時又運回去一部分荷蘭高階俘虜和俘獲的武器，以供大梁審問和研究。
魏誠接手指揮之後，也是按部就班的運用現有兵力，繼續挖掘溝壕的作業。雖然有些地方已經構築好了炮位，可是他們的實心彈不足，為了能夠一鼓作氣的將敵人的城堡攻破，他們沒有盲目的開始攻擊，而是要求後續的運輸多運彈藥和火箭彈。
而對於台灣本島，也隻是固守赤崁城，沒有對其他地方進行探索。就是散落在鄉村中的荷蘭人被當地生番砍了腦袋來示好，也不過給些銀錢貨物而已，並沒有深入交流。因此此時的台灣本島上，各生番部落都普遍進行著獵人頭的狂歡，獵物則是之前的殖民者——荷蘭人。