盡管持續性監督程序一般可以提供關於其他控製要素有效性的重要反饋，但經常從一個新的角度，把焦點集中在對係統的有效性直接進行評估也是十分有益的。這也提供了一個機會來考慮持續性監督程序的連續有效性。獨立評估工作是內部審計、監察等部門從獨立性角度出發，對內控係統進行審核的過程，主要關注的是係統的設計和運行的有效性。獨立評估可以通過內部控製測試等形式進行，主要應考慮以下四個方麵：
（1）內部控製係統獨立評估的範圍和頻率；
（2）評價流程的適合性；
（3）評價內部控製係統的方法是否合理、適合；
（4）文件記錄水平的適合性。
一、內控係統獨立評估的範圍和頻率
獨立評估內部控製的範圍和頻率多種多樣，主要取決於被控風險的重要性以及內部控製在減少風險中的重要性。那些應對優先考慮的風險的內部控製或對減少風險具有重要作用的內部控製趨向於更經常地進行評估。對整個內部控製體係的評估（與對特定控製的評估相比，一般不需要經常進行）可能是由於一些原因引起的。這些原因有：企業重要戰略或管理層發生變化、重大的收購或兼並、運營或處理財務信息的方法發生重大變化等。在做出評估企業整個內部控製體係的決策時，應把注意力指向與所有重要活動有關的每一個內部控製要素。評估範圍也將取決於計劃去解決的是三個目標類型（經營、財務報告和合規）中的哪一個。
（一）COSO框架的要求
根據COSO的要求，主要關注下列活動：
（1）對內控係統適當的部分進行評估。
（2）評估是由具備必要技能的人員進行的。
（3）評估的範圍、覆蓋的深度和頻率是足夠的。
（二）監督部門及現狀
1.內控管理部門。
內控體係項目建設階段，內控測試的方案、標準、關鍵控製點的確認標準、信息係統的總體控製、測試範圍的確定等工作由項目組和審計部門共同完成，每年會對所有的重要會計科目、流程和經營場所進行評估，確定測試範圍、性質和頻率。具體測試方案及內容包括：測試內容及步驟、測試範圍、測試執行人、測試計劃、測試的方法、測試的程度、流程的時間安排、測試信息係統總體控製、評估測試結果等將在《管理層測試方案》中具體描述。
2.審計部。
內審部門每年執行了常規審計，圍繞經營管理關注內容進行評估；同時，內審部門還探索性執行了內控專項審計工作。這些工作對內部控製的狀況進行了了解與評估。
（1）常規審計項目。
審計範圍主要包括預算審計、財務審計、經濟責任審計、合同審計、工程建設項目審計和工程建設項目竣工決算審計等，目的是為了驗證股份公司及下屬單位財務、經營數據的真實性；內部規章、製度及管理辦法的健全性、合理性和有效性；公司利益的維護和經營目標的實現情況；公司資源使用的效益和效率等。
審計範圍的確定主要依據年度經營計劃、重點營銷事項、管理狀況、以往審計情況、總裁（總經理）指示、其他部門要求等確定，關注重點單位、重點項目、重點資金、重點思想，領導和群眾關心的焦點問題，企業生產經營管理中的難點、弱點或薄弱環節，以及容易發生資產流失或投入產出比高的領域及項目。
常規審計每年持續進行。
（2）內控審計。
最近幾年公司對內部控製審計方法進行了研究和實踐，還在《內部審計規範》中專門製定了《內部控製審計》規範專題，對內控審計的原則、內容、程序、方法及要求進行規定。公司從2003年開始對內部控製專門立項審計，從業務處理的崗位職責、工作流程、相應製度的設計、執行情況著手，采用問卷調查、座談及測試表法，對關鍵控製環節及控製點進行對比分析，找出了管理中的薄弱環節，提出了有針對性的建議。
為適應公司整個內控體係框架的要求，代表管理層對公司內控的運行情況進行係統評價，審計部專門成立內控測試處，負責組織公司的內控測試工作。它依據《管理層測試方案》開展工作。
3.監察部。
效能監察發揮了一定的內控評估作用。
效能監察是監察部門圍繞公司生產經營管理和利潤最大化經營目標，依法對監察對象執行國家方針政策、法律法規和公司的規定、製度，以及履行職責的情況，特別是對生產和經營管理的質量、效果、效率、效益情況開展的一項監督監察活動。對於在效能監察中發現的重要問題和情況，向本單位和上級監察部門報告。
（1）效能監察的重點包括：石油天然氣產品、化工原料、煉油化工產品及副產品的生產經營銷售管理；生產成本目標管理；物資（設備）代理采購供應管理；基本建設項目業主管理；財務及資金管理；關聯交易行為管理；對於上述以外的其他嚴重影響效益的部位和關鍵環節管理。