關於虛擬企業合作夥伴的選擇。錢碧波等（1999）提出了基於初選、精選、後勤可行性評估基礎上的，由10個大項、32個子項、52個具體項目組成的夥伴選擇的評價參考體係、評價辦法和夥伴選擇的數學模型。葉飛和孫東川（2001）將虛擬企業的合作夥伴分為潛在合作夥伴核心能力的識別和潛在合作夥伴過去績效的綜合評價兩部分進行研究。林勇等（2000）從分析市場競爭環境、確定合作夥伴的選擇目標、製定合作夥伴的評價標準、成立評價小組、合作夥伴參與、評價合作夥伴、實施供應鏈合作關係七個步驟研究供應鏈合作夥伴的選擇。馮蔚東等（2000）提出一種基於遺傳算法的虛擬企業合作夥伴選擇的思路。陳菊紅等（2001）將虛擬企業的夥伴選擇過程分為過濾階段、篩選階段、確定相容的合作夥伴的最佳組合三個階段進行探討。李華焰等（2000）把合作夥伴的選擇分為四個階段，即資源配置要求分析、外部評價分析、過程業績分析及內部詳細分析。
關於虛擬企業風險管理問題。馮蔚東、陳劍、趙純均（2001）認為，利用動態合同和增加信任以規避風險，可建立一種風險傳遞算法；並提出了一個基於Web的風險核對表設計和發布框架，以實現虛擬企業中的風險監控。葉飛和孫東川（2004）提出，麵向虛擬企業生命周期風險管理的概念框架遵循一般的風險管理理論，並將虛擬企業生命周期的風險管理分為風險識別、風險評估、風險監控三個階段。閆琨、黎涓（2004）分析了虛擬企業麵臨的風險問題及其產生的原因，建立了評估其風險的模型，並引入風險因子的概念，提出應用模糊綜合評判法對一個虛擬企業的係統風險進行綜合評估。劉洋（2010）分析了虛擬企業的財務風險問題，並進行虛擬企業財務預警係統指標體係的構建。
關於虛擬企業成本管理問題。石春生、李錦勝等（2001）引用會計學中的作業成本法（ABC），分析了作業分析和作業重構，並建立了適合於虛擬企業自身的作業成本控製方法。鄭毅、秦翠榮（2002）認為虛擬企業戰略成本管理是關注成本驅動因素，運用價值鏈分析工具，提出價值鏈分析、戰略定位分析、成本動因分析構成了虛擬企業戰略成本管理的基本框架。
邱妘（2003）剖析了全麵供應鏈的管理思想，從作業管理的角度建立作業成本控製係統。鄭毅、邰曉紅（2003）提出虛擬企業的成本是廣義成本概念，其中涉及的成本包括網絡信息成本、市場機遇的捕捉成本、核心能力的確定與培養成本、合作夥伴的選擇與確定成本、協調成本、解散重構的調整成本和風險成本等。楊彩霞（2005）提出基於生命周期的HTVE戰略成本管理方法。劉鬆、高長元（2006）分析了高技術虛擬企業在合作過程中成本投入的多樣性和無邊界性，提出對各成員企業的成本按其消耗邊界分類管理的思想，建立了高技術虛擬企業成本管理機製的基本框架。
關於虛擬企業收益分配問題。葉飛等（2000）認為虛擬企業建立之後，如何在其成員間合理分配利益，將是合作成功的關鍵。他們針對虛擬企業利益分配問題，提出了夏普利值法（Shapley法）、Nash談判模型、簡化的MCRS（Minimum cost-Remaining savings）、群體重心模型四種分配方法。馮蔚東、陳劍（2002）針對一個產品研發級的虛擬企業，綜合考慮其夥伴投資及所承擔的風險，利用模糊綜合評判法，給出一種收益分配比例計算方法。陳菊紅等（2002）應用博弈論建立了虛擬企業收益分配的博弈模型，並進行了相關分析．所得出的結論可直接用於虛擬企業的收益分配策略的製定。葉飛（2003）從協商的角度提出了基於不對稱Nash協商模型的虛擬企業利益分配方法；從合作夥伴滿意度水平的角度提出了基於滿意度水平的虛擬企業利益分配協商模型；在傳統的群體重心模型的基礎上，建立了虛擬企業利益分配的群體加權重心模型三種利益分配方法。張後斌（2003）運用可拓學中轉換橋的理論與方法，對虛擬企業在運營過程中出現的收益分配衝突進行了協調研究，為管理者提供了一種形式化的操作方法。盧紀華、潘德惠（2003）采用博弈論的相關理論建立了基於技術開發項目的虛擬企業利益分配模型，把利益分配同工作努力水平、工作貢獻係數、創新性成本、風險性成本等因子相掛鉤，這樣工作貢獻愈大、創新性成本愈高、承擔風險愈多，分享的利益也愈多，使利益分配、風險共擔更合理更符合實際，合作雙方更容易達成共識。廖成林等（2005）構建了虛擬企業的一次收益分配模型，並在此基礎上進行了一係列的相關分析，得出了各成員一次收益分配係數及其部分影響因素以及在納什均衡下各成員的努力水平，進而提出了以激勵為目的的收益再分配策略與以約束為手段的懲罰策略相結合的二次收益分配機製，以使虛擬企業在一定條件下能夠達到帕累托最優狀態。雷宣雲、葉飛、胡曉靈（2005）從博弈論角度認證了共享產出模式適合戰略性合作夥伴，利用Nash協商模型建立了以保留收益為談判基點的虛擬企業戰略性合作夥伴利益分配模型，並提出了一種二次利益分配模型。陳劍、陳劍鋒（2009）基於兩個風險中性的夥伴企業組成的虛擬企業在合作的過程中存在為自己謀取私利的可能性，研究基於收益共享合同的虛擬企業控製權力分配問題，構建虛擬企業最優控製權分配模型。翟旭、李玲（2009）則就虛擬企業收益分配模式進行了相應研究。