要辦好一個博商慈善會光有好善樂施的熱心是不夠的，還需要一支強有力的專業團隊長期從事慈善活動。
博商慈善會下設的六個組，分別包括募款活動組、公關文宣組、項目執行組、項目執行績效追蹤組、財務組和青年及親子活動組。
募款活動組主要通過班級“慈善小組”舉辦各項慈善活動，在博商同學、博商企業中勸募善款。
公關及文宣組主要通過媒體渠道和其他慈善組織發布各項慈善活動信息，以增加博商會的社會知名度及影響力，但是始終堅持低調行事不走高調路線。
項目執行組研究並選定慈善活動項目，並負責對六個組的整體協調。
項目執行績效追蹤組負責追蹤各個慈善項目的執行績效。
財務組負責公開賬目，慎用善款。
青年及親子組負責與博商親子俱樂部合辦多項親子活動，以便各會員攜同子女參與慈善活動，從小培養孩子的慈善胸懷及關懷社會弱勢群體的素養。如2012年8月，博商慈善會青年及親子活動組組織清華總裁279班舉行了江西親子慈善行，共吸引20多個家庭80多位學員及家屬參加了慈善活動。
在慈善活動中，博商會財務組遵循公開透明的原則，所有慈善支出都經過嚴格論證把關，審慎使用；所有賬目均存放於秘書處或會員大會議決的地方，接受會員的查閱；所有賬目須由注冊會計師進行定期審核並刊登於博商會會刊及網站，以示公信。
在博商網上慈善財務公告中，我們看到了善款支出、存入、餘額和捐款人明細，連跨行轉賬手續費、活期結算戶息也有顯示，精確到每角每分。這與很多慈善機構不敢公開賬目形成了鮮明對比。
截至2012年6月21日，博商慈善基金賬戶還剩餘16萬多元善款。
2011年“郭美美事件”引發“慈善信任風暴”。隨後一係列慈善醜聞被爆出，讓國內慈善組織受到不同程度的衝擊，部分慈善組織獲得的捐款大幅下降。由於一直堅持誠信慈善、透明操作，博商會的慈善捐款卻有增無減。這就是誠信、監督的力量。
為將慈善更好地進行下去，博商慈善會將慈善項目分為四個慈善級別：協助級、幫助級、捐助級、全助級。
協助級：利用博商網絡（博商網、博商微博、《博商》雜誌等）平台發布受困者情況，鼓勵博商同學、博商企業幫助受困者。
幫助級：在博商網絡平台發動慈善宣傳，又通過手機平台向博商同學群發短信息宣傳，同時指派慈善會具體工作人員參與跟蹤。博商同學給深圳觀瀾華陽特殊兒童康複中心送溫暖，就是通過班級“慈善小組”組織的幫助級捐助。
捐助級：通過博商會全部自有網絡平台發布慈善情況，由博商慈善委員會組織通過各種有效手段向同學宣傳，製訂專門方案，舉辦募捐活動，調撥專項資金完成捐助。博商慈善會對廣東省北部連平縣陂頭鎮分水村進行的首次慈善助學活動，就屬於“捐助級”的慈善項目。
全助級：在博商慈善會所有可利用的自有媒體、社會全媒體宣傳資源進行慈善總動員宣傳，調撥專項資金，舉辦大型的募捐活動，由全體慈善委員會成員向博商同學、博商企業及社會各界人士作宣傳動員，增強慈善活動規模和社會影響力。
博商會副會長郭曉林是深圳獅子會的一名骨幹，他覺得，博商慈善會可以與獅子會進行適當結合，以發揮更大的作用。在郭曉林的積極撮合下，博商慈善會正在與深圳獅子會商討合作成立深圳獅子會博商精英服務隊。他希望借鑒有近百年曆史的獅子會的經驗，整合更多資源，在博商會的慈善事業裏另辟蹊徑。屆時，博商會將成為國內外所有類似同學會的機構裏第一個進入獅子會的機構。