蘭新鐵路沿途有迪化，吐魯番、哈密等大型的交通樞紐，與四通八達的小鐵路，構成天山省鐵路交通網。
在華夏軍進入天山省之前，吐魯番、哈密一直控製在地方割據勢力葉爾羌汗國統治者阿不杜拉手裏。豪格率領華夏軍進入天山省，哈密首先臣服。
阿不杜拉被他的兩個兒子謀殺之後，長子堯勒瓦斯繼承汗位。堯勒瓦斯欲反華自立，與手下各頭目商議：“甫免為漢人役使，今若投誠，又當納貢。不若自長一方，種地守城，足為捍禦。”
次子司馬依卻不願意與華夏軍為敵。但是堯勒瓦斯固執己見，兄弟二人開始出現不和。
堯勒瓦斯削減司馬依的軍費開支。司馬依對此表示不滿，準備率領軍隊離開。堯勒瓦斯派兵阻攔，司馬依奮力反抗後逃脫！從此，兄弟倆勢同水火。堯勒瓦斯作為西域天山南路的總酋長，號召各個部落的酋長，把他的弟弟司馬依從喀什噶爾驅逐往甘肅河州。
司馬依輾轉來到高原省，尋求高原法王的支持。高原法王不敢自專，請示皇帝陛下。
周垣指示高原省總督羅汝才以及法王，支持司馬依進兵葉爾羌。
堯勒瓦斯自然不甘屈服，率兵抵抗，雙方進入拉鋸戰。
吐魯番一帶，從此陷入混戰之中。但是此刻，豪格正在鞏固在迪化的統治，對吐魯番的混戰無力顧及。
堯勒瓦斯對天山南部昆侖省的各地酋長明加籠絡，暗奪其權，致使各地的酋長，俱不心服。
烏什、阿克蘇的地方酋長，在司馬依的策劃之下，紛紛舉兵抵抗。堯勒瓦斯采取各個擊破的政策，擊敗司馬依的勢力，各地酋長不得不逃亡至河西走廊。
堯勒瓦斯接收了庫車、拜城，控製了喀喇沙爾以南、塔裏木盆地西部的大部分地方。野心膨脹到極點的堯勒瓦斯認為
華夏帝國政府在西域的統治已近乎崩潰，遂令人殺死庫車城內的華夏帝國政府地方官員，公開舉兵反叛。
周垣認為徹底清除塔裏木盆地的叛軍勢力機會已經到了，傳諭宋奎，豪格全力擒拿堯勒瓦斯叛軍。
五月初，華夏軍平叛部隊包圍庫車城。
庫車城牆十分堅固，由堯勒瓦斯親信駐守。
華夏軍向城內發射光氣炮彈，遇大風效果不好，第二次發射黃磷燃燒彈。城內建築多為土木結構，上麵覆蓋茅草。紅磷燃燒彈所到之處，皆是熊熊大火。城中叛軍，無一活命。
就在華夏軍圍攻庫車之時，賽喇木、沙雅爾兩地的酋長，向華夏軍投降。隨後，和闐以及和闐所轄的哈喇哈什（今墨、克勒底雅、齊爾拉、玉隴哈什、塔克全部歸降。
至此，僅有喀什噶爾、葉爾羌二城尚在堯勒瓦斯手中。
堯勒瓦斯敗退回葉爾羌駐守，堅壁清野，並散布謠言稱華夏軍隊要來殺盡叛亂軍隊。
宋奎進兵葉爾羌城下，不忍心城中的百姓玉石俱焚，決定設法誘敵出戰。但是，堯勒瓦斯已經嚇破了膽，固守不出。
宋奎一方麵命令華夏軍包圍葉爾羌，同時命令2個蒙古騎兵師襲擊叛軍在葉爾羌城南的英額齊盤山的牧場。
蒙古騎兵師由城南渡黑水，斬殺英額齊盤山的叛軍家屬3萬多人，餘者西竄。
黑水之戰的同時，天山省軍區騎兵六師的援軍趁夜行軍，在黎明時分，將叛軍武裝的殘部包圍，僅有少數兵丁逃出。
葉爾羌城內的叛軍，向城外的華夏軍輪番發動攻擊，均被擊退。
叛軍見華夏軍打算長期圍困，待他們糧盡時不攻自破。堯勒瓦斯下令節約口糧，實行配給製。
華夏軍工兵部隊引葉爾羌河上遊河水灌入城內，至城內一片汪洋，很多房屋被泡塌。三個月後，堯勒瓦斯軍糧耗盡，士兵隻得焚煮馬鞍、皮革，甚至掠取平民烹食。
堯勒瓦斯見大勢已去，從密道潛逃，至喀什噶爾。
堯勒瓦斯經過休整之後，派遣5000名騎兵進攻和闐，阻截額裏齊、哈喇哈什之間道路；並誘降當地伯克。
和闐當地駐防華夏軍隻有一個營的兵力，麵對強敵，戰士們浴血奮戰，全部陣亡。