卻圖汗在剿匪部隊的合圍當中，化妝成牧民潛逃出去。
兩天後，又饑又渴的卻圖汗部眾與叛軍右翼軍隊會合，並在極端宗教勢力的支持下，進至河州、西寧附近直到河東一帶。
正在山腳下放牧的克托克托鼐部落，在叛軍的猛烈攻擊下，難以抵抗，部眾不得不潰散。
叛軍斬殺牛羊，製作幹糧，準備與平叛軍隊打持久戰。
克托克托鼐隻得率妻兒及殘部逃往西寧，向西寧駐軍求援。
其餘不肯參與叛亂的喀爾喀蒙古王公也先後被叛軍擊潰，經濟上遭受了嚴重的損失。
與此同時，極端宗教勢力教主察罕諾門汗乘機他參與叛亂。叛軍一時勢力大增。
接著，郭隆寺、郭莽寺等寺院也相繼叛亂。西寧數百裏之內，很多有名寺院中的僧侶皆披甲執械，率其佃戶僧俗人等，攻城打仗，搶掠焚燒，無所不至，青海民眾陷入人間地獄，
原先的土著部落也趁火打劫，先後有20萬叛軍參與其中，他們攻城放火，燒毀民間積聚草穀，搶掠財物，其未受蹂躪者，西寧城外十餘裏耳。
周垣異常震怒，親自坐鎮西寧，一方麵令青海省總督宋奎辦理平叛軍務，另一方麵，派遣豪格到沙拉圖傳達朝廷的旨意，令卻圖汗罷兵停戰，希望通過和平手段解決問題。
豪格率領一個特戰大隊前來沙拉圖。卻圖汗認為自己的機會到了，詭稱願意接受帝國政府條件，將豪格誘至察罕托羅海，囚禁為質。同時進一步加強了對西寧府周圍的南川申中堡、西川鎮海堡與北川新城等地發動了大規模進攻。
周垣見卻圖汗卻一意孤行，拒絕了帝國中央政府的勸諭，而且拘禁帝國政府的特使，非常的惱怒，“既然給臉不要臉，那麼隻能以武力解決青海問題。”
十月初，周垣任命賀人龍為青甘陝剿匪總司令，從陝西，甘肅，四川、內蒙調集精兵往青海平定卻圖汗的反叛。賀人龍根據青海叛亂的形式，作出了軍事部署，首先，派一個師駐紮在永昌隆吉河一線，以防止叛軍內犯;第八十八師控製巴塘、高原特戰旅駐守裏塘和黃勝關等處，截斷叛軍入高原省之路;隨後，又奏請周垣命令昆侖省軍區沙漠特戰旅屯駐吐魯番及嘎斯泊，阻止叛軍與天山北部的極端宗教分子勾結，從而形成了對卻圖汗叛軍的戰略包圍之勢。
此刻，心慌意亂的卻圖汗在得知皇帝陛下蒞臨西寧之後，集中優勢兵力圍攻西寧城。宋奎指揮若定，以"空城計"和"疑兵計"堅守城池，並派奇兵夜襲卻圖汗敵營，大獲成功，西寧城解圍。
10月中旬，剿匪大軍對西寧附近地區的叛軍展開了猛烈的攻擊，同時開始了招降活動。在剿匪大軍淩厲的攻擊下，叛軍的據點和寺院逐個喪失。
位於青海省西寧市湟中縣魯沙爾鎮西南隅的蓮花山坳中的大銀塔城堡，占地麵積600餘畝，整座城堡建築分布於蓮花山的一溝兩麵坡上，殿宇高低錯落，交相輝映，氣勢壯觀。位於城堡中心的大金瓦殿，綠牆金瓦，燦爛輝煌，是該城堡的主建築，它與小金瓦殿，大經堂，彌勒殿，釋迦殿，依詁殿，文殊菩薩殿，大拉讓宮，顯宗經院，密宗經院，醫明經院，十輪經院和酥油花院，跳神舞院，城主府邸，如來八塔，菩提塔，過門塔，時輪塔，僧舍等建築形成了錯落有致，布局嚴謹，風格獨特，集漢高技術於一體的宏偉建築群。
大銀塔城堡是青海省和中國西北地區的宗教中心，察罕諾門汗妄圖利用宗教勢力，分裂祖國。為了保護那些珍貴的建築，賀人龍下令使用高濃度的光氣炮彈，促使參與叛亂的宗教極端分子早日進入西方極樂世界。
剿匪大軍兵不血刃的占領大銀塔城堡的消息如風一樣傳遍高原，參與叛亂的各個蒙古王公紛紛投降。卻圖汗迫不得已之下，將豪格等談判人員送到西寧，並為自己的罪行開脫。帝國參議院對此置之不理，下令平叛到底。
參與叛亂的匪徒，很多是當地的牧民、土匪，馬賊，巫婆神漢，等等，成分極其複雜，根本沒有經過什麼正規的軍事訓練，不過是一群烏合之眾而已。麵對剿匪大軍的淩厲攻勢，叛軍立刻土崩瓦解。從內心裏感到恐懼的卻圖汗，不得不率領殘部一路後退。而那些持觀望態度的蒙古歌唄，被子，王公台吉，本來就是牆頭草，現在正好借機歸順中央政府。