楊乃武是舉人出身，他家也比較富裕，另外在當時的首都北京也有很多浙江級的官員對他們的支持，那麼這些原因都是原因，但是如果沒有最終最高統治者的支持，由於官官相護，有些案子很難最終平冤昭雪。本案平反昭雪的最後實際上隱藏著深刻的、尖銳的官場權利鬥爭，這是我們特別要提到的。小小的楊乃武、小白菜這樣的案件是普通的，但是在當時圍繞著這個案件審理，浙江的一幹官員，從縣到府到省，全都是曾國藩所統率的湘係軍閥的手下，那麼也就是說根據當時的曆史背景，曾國藩率領自己的湘軍打敗了太平天國，鎮壓了太平天國，那麼在當時江南一代，各級的官員基本上都是湘係的軍閥，他們沒有多少的知識，憑著軍功擔任這樣的職務，他們很少受過嚴格的審判經驗的教育，也沒有多少知識，因此容易造成很多冤案，而且有了冤案之間都同處湘係，官員之間相互扶持，相互的維護，那麼從而使這個案子遲遲難以翻案，那麼麵對這種情況，實際上對於清朝的最高統治者而言，早就欲除之而後快，早就想找到一個契機來彈壓湘係軍閥的勢力，那麼楊乃武、小白菜案件的發生給慈禧太後提供了這樣一個契機，找到了愛新覺羅滿清皇族或者說朝廷吧，壓製湘係軍閥氣焰的契機，那麼之所以最後100多位官員頂戴花翎全部摘掉，永不續用，實際上有壓製湘係軍閥這麼一個功能。
劉錫同得到這樣一個結論，法醫鑒定的結論，馬上就認定街坊鄰裏的傳言屬實，就將小白菜帶回縣衙審問，剛開始畢秀姑，也就是小白菜不承認自己有謀殺親夫之嫌，劉錫同就用大刑伺候，嚴刑拷打，根據當時的史料記載，劉錫同當時動用大刑包括用燒紅的鐵絲刺雙乳，用錫熔，滾燙的錫熔澆背，滾燙的錫熔是什麼呢？就是用金屬錫熔化以後滾熱的錫水澆她的脊背，在如此的殘酷的刑訊逼問之下，葛秀姑被迫招供，說是10月初5日，楊乃武買到了砒霜，把砒霜交給她，讓她趁機毒死葛品連，以達到他們通奸居住的目的。十月初九日，葛品連有病，她就把砒霜倒如藥湯中一起服下，葛品連中毒身亡。劉錫同得到畢秀姑招供如獲至寶，馬上傳訊楊乃武，不料楊乃武來到縣衙，矢口否認自己跟這個案件有任何關聯，聲稱自己在十月初九日壓根就不在餘杭縣，沒有任何的作案時間和作案動機，劉錫同認定必須用嚴刑逼供的辦法才能取得口供。這在清朝有一個法律上的規定，如果當事人沒有口供就不得定案，於是劉錫同就向杭州府呈報了公文，請求解除楊乃武的舉人出身，如果解除了他的舉人出身他才能用嚴刑逼供拷打楊乃武，從而獲得他需要的這樣一個招供。可就在他呈送公文，衙役剛走掉的同時，求功心切的劉錫同於當天晚上就嚴刑拷打楊乃武。盡管如此，楊乃武始終不承認自己有作案的動機。也就是說始終否認了自己真實的作案。但即便如此，劉錫同仍然以楊乃武與小白菜通奸共謀害死葛品連定案之論呈送杭州府，請求二審定案。
那麼刑部尚書，也就是公安部的部長或者最高法院的院長，由他親自坐鎮主審，然後九卿，就是相關的最高級別的刑訊人員坐在旁邊，來徹審楊乃武、小白菜，兩個犯罪嫌疑人都到了北京來進行審訊，在這次審理的過程中，有兩個問題需要提出來，第一個當時提供了證詞說將砒霜賣給楊乃武的艾仁堂藥店的店主錢坦已經死亡，但是楊家早就提供了當日楊乃武根本不在餘杭縣的證詞，這個證詞得到采信，第二點非常關鍵的一點，葛品連的屍骨連屍骨帶棺材也一並從餘杭一直千裏押解到了北京，重新打開棺木，由仵作重新鑒定葛品連是不是中毒而死，結果，這次檢查發現，根據一些醫生的最終認定，葛品連確屬疾病而死，是病故，在所有屍骨的檢測中，沒有發現任何中毒身亡，就是砒霜的成分，這樣最為核心的問題一旦查明，當時也在公堂上的餘杭下令劉錫同和仵作沈祥供認不諱，說確實是我們當時在檢測葛品連屍體的時候工作沒有做細，主觀認定他們有罪，所以就刑訊逼供，那麼這樣一個前後延續了三年多，將近四年的案子，最後定案，楊乃武、小白菜沉冤昭雪，葛品連不是中毒身亡，而是病故。
這個案子平反昭雪以後，那麼在當時的清朝，政治環境中引起軒然大波，慈禧太後一下子連續發布旨意，懲罰餘杭知縣劉錫同，遠發黑龍江判處流刑，餘杭知縣劉錫同勘驗不認真，導致這起冤案的發生他是罪魁禍首，發配黑龍江。仵作沈祥以及其他相關人等30多位官員被革職、充軍或查辦，浙江巡撫楊昌浚、浙江學政胡瑞瀾，杭州知府陳魯一幹官員100餘位，革除頂戴花翎，永不續用，這個案件紛紛揚揚的楊乃武、小白菜案以一大批官員的落馬而告終。廣大人民拍手稱塊，這就是楊乃武、小白菜的真實案情。
楊乃武是舉人出身，他家也比較富裕，另外在當時的首都北京也有很多浙江級的官員對他們的支持，那麼這些原因都是原因，但是如果沒有最終最高統治者的支持，由於官官相護，有些案子很難最終平冤昭雪。本案平反昭雪的最後實際上隱藏著深刻的、尖銳的官場權利鬥爭，這是我們特別要提到的。小小的楊乃武、小白菜這樣的案件是普通的，但是在當時圍繞著這個案件審理，浙江的一幹官員，從縣到府到省，全都是曾國藩所統率的湘係軍閥的手下，那麼也就是說根據當時的曆史背景，曾國藩率領自己的湘軍打敗了太平天國，鎮壓了太平天國，那麼在當時江南一代，各級的官員基本上都是湘係的軍閥，他們沒有多少的知識，憑著軍功擔任這樣的職務，他們很少受過嚴格的審判經驗的教育，也沒有多少知識，因此容易造成很多冤案，而且有了冤案之間都同處湘係，官員之間相互扶持，相互的維護，那麼從而使這個案子遲遲難以翻案，那麼麵對這種情況，實際上對於清朝的最高統治者而言，早就欲除之而後快，早就想找到一個契機來彈壓湘係軍閥的勢力，那麼楊乃武、小白菜案件的發生給慈禧太後提供了這樣一個契機，找到了愛新覺羅滿清皇族或者說朝廷吧，壓製湘係軍閥氣焰的契機，那麼之所以最後100多位官員頂戴花翎全部摘掉，永不續用，實際上有壓製湘係軍閥這麼一個功能。