這筆費用根據總部提供的援助多少、總部的管理水平、總部的信譽高低、總部開展的宣傳推廣活動等因素而定，一般是按銷售額的比例提成。加盟者不要忽視這筆資金，以為是將來按經營業績提成就無需準備，要知道它是按銷售額比例提成，而不是按利潤提成，無論加盟者是否盈利都必須交納，因此在預算投資效益的時候一定要把這筆費用計算進去，並預先作好打算。
在運作過程中，應針對行業特性、受許人的資金實力、特許方的綜合實力來選擇交納加盟費的方式。當特許人實力不夠強大或剛開始進行連鎖網絡建設時，特許人會對部分情況免收或部分收取加盟費。
要說明的是，要避免把保證金、其他費用和加盟費混為一談。
四、特許組織衝突解決工作標準
特許經營在經營管理方麵存在一些特殊問題，主要是來自特許人與受許人之間兩方麵的關係問題。就特許加盟的情況來分析，它的控製程度不高，但同時又不具備很強的獨立性，而是一種兼有統一與分散兩方麵特征的類型，由此便產生了發展過程中特許人與受許人之間的一係列問題。
（一）必須重視的問題
由於特許經營基本特征是以總部為主導的一種連鎖關係，所以問題首先是特許人的問題。
特許經營發展過程中首先出現的是來自總部的問題，其中較為顯著的有：
1.無能總部問題。無能總部問題就是總部的經營能力差、職能欠缺、無力履行總部職能。如：缺乏事業推廣經驗，草率推進特許經營事業；不完全具備商品及服務開發、教育訓練條件；促銷及經營管理等職能發揮不好；人才明顯不足；采用誇大的、不切實際廣告宣傳蒙騙加盟者等。更有甚者，采用欺騙手段獲取加盟合同金後逃之夭夭。凡此種種，都是特許經營發展過程中發生在總部方麵的問題。
2.商品開發能力較差。加盟體係的發展，相當程度上依賴於商品和服務技術的開發與革新。這項工作是總部應該承擔的，各加盟店不可能承擔。同時，能否及時推出新的商品和服務項目，也是特許經營體係鞏固市場地位，爭取進一步發展的關鍵之一。
日本特許經營發展20世紀80年代進入全盛時期。然而從調查統計情況來看，占特許經營總數40%的總部，平均擁有263家加盟店，卻隻有24人從事商品開發研究；占特許經營總數36%的總部，平均擁有加盟店109家，專門從事商品開發研究的也隻有46人。僅2~4人從事商品開發研究，且每人平均負責10家加盟店，這項工作的薄弱程度可見一斑。
3.急於擴充加盟店傾向。由於同行之間競爭激烈、好的地理位置爭奪激烈、人才供不應求等原因，許多總部有不顧現實條件，急於擴充加盟店的傾向。這種傾向常帶來其他職能的弱化，而引起加盟店的不安。
上述三項，是總部方麵常有的一般性問題。這些問題的存在，容易導致特許經營體係總部和受許人在協調方麵出現問題。
（二）頻繁發生的危機
從國外特許經營發展初期的情況看，在加盟店對總部不滿的反映中，主要內容有：
1.沒有獲得期望的效益；
2.勞動時間太長；
3.總部提供的商品、服務、商標等不像預期的那樣有競爭力；
4.設備投資所需資金太多；
5.指導不力；
6.自主經營受限製。
造成加盟店不滿的原因有二：一是在與總部接觸、磋商過程中未得到充分資料；二是雖然得到充分資料，但由於環境變化導致經營不利。
一項名為“加盟連鎖經營現代化實態調查”的報告顯示：
1.加盟店的店數越多，滿意程度越高；
2.加盟年數在1~3年以內者不滿程度較高，年數長者滿足度高；
3.與專營者相比，兼營者不滿情緒較高，不滿的內容包括價格限製、缺乏自由、不易獲得預期收益、營業時間較長、對發展缺乏信心等；
4.權利金高，但總部提供較好服務時，不滿感較低；
5.總部派巡回指導人員到加盟店的次數，一月不足一次的為43%；一至二次的28%；三至四次的16%；四次以上的為9.4%，而指導次數越多，不滿程度越低。
一般來講總部與加盟店之間關係方麵容易發生爭執的問題可概括為以下幾個方麵。
1.特許人（總部）的經營方針與受許人（加盟者）對製度的期待不一致；
2.加盟合同不明確，總部有單方麵的優勢；
3.受許者在與自己毫無關聯的行業從事特許業務；
4.特許者在同一個地區開店太多影響受許者的經營；
5.沒有足夠的理由收取相關的費用；
6.總部與加盟店之間缺乏溝通和理解；
7.經營程序或政策的改變增加了受許者的開支；
8.特許者對特許經營的情況說明不恰當，以及受許者對特許經營的期望不現實；