經過近十年的投資建設，國家大型商品糧生產基地建設取得了顯著成效，項目區的農業基礎設施條件明顯改善，糧食生產抗禦自然災害的能力有所增強，高產、優質糧食種植麵積逐步擴大，種糧效益穩步提高。國家大型商品糧生產基地建設已成為保護和提高糧食綜合生產能力，保證國家糧食安全，增加農民種糧收入，增強糧食生產發展後勁的有效措施。但從投入力度、建設規模、投資來源、建設內容等方麵看，國家大型商品糧基地建設還存在著一些問題需要加以改進和完善。主要表現在：
（一）基地建設投資渠道單一，投入總量不足
目前，國家大型商品糧基地的投資主要依靠各級政府的財政資金特別是中央財政預算內基建投資。初步彙總，在整個基地建設投資中，中央投資約占總投資的66%，西部省區高達80%，其餘投資基本上是省、市、縣三級配套資金。由於國家大型商品糧生產基地大多側重於良種繁育、小型農田水利工程、病蟲害防治等公益性的基礎設施建設，這些設施建設的投資回報率比較低，加上商品糧基地又以糧食生產為主，經濟比較效益低於其它行業，因此，商業銀行的資金不願涉足基地建設，國家政策性銀行也尚未顧及糧食產業。幾乎沒有信貸資金等其它投資來源，投資渠道比較單一。
從基地的投入水平看，受國家財力限製和投資來源單一等因素影響，國家大型商品糧基地的投入總量明顯不足、力度偏小。從中央財政投入情況看，1996～2000年，國家用於大型商品糧基地的中央投資每年僅2億元，平均每個基地安排1000萬元，建設規模僅局限20萬畝左右。2001年以後，國家用於商品糧基地建設的中央預算內基建投資增至4億元，比2001年以前提高了一倍，但與基地建設投資需求相比，投入仍顯不足。大型商品糧基地均為糧食主產區，所在地市的耕地麵積大體在500——1000萬畝之間，項目區畝均安排建設資金僅80元，對於集中連片的基地投資規模顯然偏小，也無法滿足保護和提高糧食綜合生產能力的要求，無法大麵積、根本上改變農業基礎設施薄弱的狀況。
（二）基地建設規模偏小，建設內容受到限製
由於基地投資數額有限、扶持力度不大，大型商品糧基地的建設規模偏小。從已建的基地情況看，各地規劃建設的商品糧生產基地的麵積較大，擬建的工程項目也比較多，但受到投資限製，僅能根據資金規模在地勢相對平坦、有一定基礎條件、集中連片的地方建設一些核心示範區，平均每個基地項目建設規模僅為30萬畝左右，而基地所在的地市糧食種植麵積一般在300～400萬畝，建設規模僅占糧食種植麵積的十分之一左右。從建設內容上看，受中央財政資金使用方向、資金規模等因素限製，基地建設隻能重點選建良種繁育、小型農田水利工程和中低產田改造、病蟲害防治、土肥檢測等一些與糧食生產直接相關的基礎設施建設，著重解決製約糧食生產的“卡脖子”工程，造成了部分基地工程項目不完善、不配套等問題，滿足不了商品糧基地建設的需要。一些地區的農田灌排的骨幹設施仍然主要依靠大型灌區改造投資，導致有效灌溉麵積難以擴大，糧食生產的抗旱能力不強，單產潛力得不到充分發揮。並且，受財政資金使用方向限製，以及投入不足的製約，一些與糧食生產相關的糧食產後加工、銷售等環節無法安排投資，銀行貸款又沒有及時跟進，製約了糧食產後加工等後續環節的發展，影響了商品糧基地的綜合效益，也阻礙了整個糧食產業鏈條的建立、完善和效益的發揮。
（三）糧食加工、流通企業缺乏信貸資金支持，發展相對滯後
糧食生產的發展離不開加工、流通等後續環節的帶動。由於國家大型商品糧基地投資屬於國家財政資金，重點扶持良種繁育、農田水利、病蟲害防治和土肥改良等公益性基礎設施建設，不能安排糧食加工、儲藏、銷售等經營性項目建設，因此，基地項目區的糧食加工、流通等後續環節的發展主要依靠銀行信貸資金的支持。另一方麵，項目區的糧食加工、流通企業規模往往比較小，產品檔次低，經濟實力弱，抗風險能力差，往往滿足不了商業銀行的貸款要求。並且，糧食加工、流通企業的贏利水平不如其它行業，商業銀行也不願將信貸資金投向糧食領域。國家政策性銀行貸款的重點側重於能源、交通等大中型項目，對農業領域涉足不多，導致糧食加工、流通企業難以獲得銀行貸款支持，糧食加工、流通行業的發展滯後，在一定程度上製約了企業發揮對糧食生產的帶動作用。