明朝建立以後，自第三代皇帝明成祖朱棣開始，仍以北京為首都，並在元大都的基礎上，對北京城再次進行了改造。明朝時，隨著社會分工進一步擴大，商品生產得到較大發展，運輸業也隨之活躍起來，到明朝中葉資本主義生產關係終於在中國社會中萌生出來。所有這一切，都在客觀上促進了交通的發展，尤其作為首都的北京，其水陸交通在繼承前代的基礎上，得到進一步完善。
（第一節）北京城的改建及北京地區的行政區劃
公元1368年，明太祖朱元璋在應天(今江蘇省南京市)登基，定國號為大明，建元洪武。同年八月，明朝大將徐達率軍攻陷元大都，元朝滅亡。隨後，明朝統治者將元大都路更名為北平府。
一、明成祖朱棣定都北京
明初的北平府，地位僅僅是一個北方的軍事重鎮而已，主要作為繼續北征蒙古草原上元朝殘餘勢力(北元)的前哨陣地。但是，由於北平府對穩定全國形勢特別是穩定北方有著舉足輕重的作用，因此明政府始終緊緊地將其控製在中央的直接領導之下。明太祖朱元璋封其第四子朱棣為燕王，領重兵駐紮在此。洪武後期，明朝政治中心雖仍設在應天，而軍事重心已明顯轉移到北平。
明太祖朱元璋死後，其孫朱允炆即位，建號建文。建文元年(1399年)，燕王朱棣發動“靖難之役”，起兵反對朝廷。4年以後，1402年燕軍攻占首都應天，建文帝下落不明，朱棣登上了皇帝寶座，是為明太宗，廟號成祖，改元永樂。
朱棣即位之後，認為北平“勢踞形勝”，係“龍興之地”，且擁有“金湯之固”的有利地形，尤其當時威脅明王朝的主要危險仍然是來自塞外的元朝殘餘勢力，因此為了控製北方，朱棣決定遷都北京。永樂元年(1403年)正月，他將北平改稱北京，為“行在”，並改北平府為順天府。今北京之名就是從這時開始的。永樂十九年(1421年)正月，明朝正式遷都北京，稱京師。
從此，北京一直是明王朝的首都，而應天則降為陪都。
二、明北京城的改建
洪武元年(1368年)八月，明軍攻克元大都後，為了防止北元勢力的反攻，決定放棄人口稀疏、空曠荒涼的北城，拆掉了元大都的北城垣，在其南麵5裏之處另築新的北城垣，《明史·地理誌一》。行在，本作“行在所”，指天子行幸所至之地。
從而奠定了明北京城的北界。由於新城牆西段剛好位在積水潭處，為避開水麵，於是便選擇水窄處建築城牆，這樣不僅把積水潭西端的一部分水麵隔離在了城外，使積水潭被分割為城內、城外兩部分，而且還使得城牆的西北角呈斜線形(東起今積水潭立交橋，西到今西直門立交橋)。
明成祖朱棣即位後，從永樂四年(1406年)開始在元大都城的基礎上進一步規劃和改建北京城。到永樂十九年(1421年)，改建工程基本上竣工。新建的北京城麵積達62平方公裏，其中心位置為皇城。皇城的建製依然遵循“左祖右社”的規製，左邊為太廟，右邊為社稷壇。並在其正南方的郊外對稱興建了東西兩組建築群，即皇帝祭天的天壇和祭山川之神的山川壇(後改稱先農壇)，並在城東、西、北分別建了日、月、地壇等。
明朝中葉以後，北方的蒙古族多次南下侵擾，其騎兵甚至時常迫近北京城下肆意劫掠，明政府深以為患。加之，經過明前期的發展，外城人口日益增多，為加強京師防備，朝臣多次提議加築外城。於是，嘉靖三十一年(1552年)，明政府開始在內城的南麵修築外城。原計劃所築外城要包圍住內城的四周，總周長達120多裏，但因耗資巨大，國庫空虛，力不從心，最終隻在內城的南麵修建了一個全長僅28裏、隻有7座城門的外城。外城的修建工程，到嘉靖四十三年(1564年)竣工。外城築成後，將原在南郊的天壇、山川壇納入城內，使得北京城的平麵從全城來看，從正方形變成了“凸”字形狀。
三、今北京地區明朝時期的行政區劃
明洪武時(1368-1398年)，北平府領7縣4州。其中在今北京市境內者有：大興縣(轄城中軸線以東至東郊部分)、宛平縣(轄城中軸線以西至西郊部分)、良鄉縣(位在今房山區)、昌平縣、順義縣、密雲縣、懷柔縣，以及通州及所領之漷縣、薊州所領之平穀縣、涿州所領之房山縣。
永樂元年(1403年)，北平府改順天府後，領5州22縣。其中大興、宛平、良鄉、漷縣、房山、順義、懷柔、密雲、平穀9縣及通州、昌平州2州在今北京市境內。另外，州治在今延慶縣的隆慶州(後改稱延慶州)也在今北京市境內。
（第二節）明北京城內的交通
明朝決定定都北京以後，首先審定了北京城的中軸線。新建的鼓樓和鍾樓便位於這條中軸線的北端，它是作為帝王之都所興建的標誌性建築。聳立於這條中軸線最南端的是正陽門。整個北京城的建築以這條縱貫南北、長達13裏的中軸線依次展開，形成了以宮城(紫禁城)為中心，以皇城、內城為外圍的三重封閉且和諧的格局(見圖41)。
一、城門的分布