但隨著家庭聯產承包責任製的實行，這一格局在新的製度和條件下發生了變化。從實踐看，雖然不同農民集體之間轉移集體土地所有權是法律所禁止的，但集體土地所有權合並一直在農村各地發生，土地以村農民集體所有的情形開始增多，並從有關法律的變遷中表現出來。1986年土地管理法規定為：集體所有的土地依照法律屬於村農民集體所有，由村農業生產合作社等農業集體經濟組織或者村民委員會經營、管理。已經屬於鄉（鎮）農民集體經濟組織所有的，可以屬於鄉（鎮）農民集體所有。村農民集體所有的土地已經分別屬於村內兩個以上農業集體經濟組織所有的，可以屬於各該農業集體經濟組織的農民集體所有。1986年民法通則規定為：集體所有的土地依照法律屬於村農民集體所有，由村農業生產合作社等農業集體經濟組織或者村民委員會經營、管理。已經屬於鄉（鎮）農民集體經濟組織所有的，可以屬於鄉（鎮）農民集體所有。到1987年，據農業部對全國1200個行政村調查，村民小組即原生產隊一級行使土地所有者身份的比例降到65%，村民委員會即原生產大隊一級行使所有者身份的比例上升到34%（張全印、李代福，1999）。1998年土地管理法規定為：農民集體所有的土地依法屬於村農民集體所有的，由村集體經濟組織或者村民委員會經營、管理；已經分別屬於村內兩個以上農村集體經濟組織的農民集體所有的，由村內各該農村集體經濟組織或者村民小組經營、管理；已經屬於鄉（鎮）農民集體所有的，由鄉（鎮）農村集體經濟組織經營、管理。1999年全國有農村社區性的合作經濟組織233.4萬個，其中鄉（鎮）一級3.7萬個、村一級70.6萬個、村民小組一級149.1萬個；分別占鄉（鎮）總數的82.5%、村總數的96.2%、村民小組總數的27.9%。1812002年農村土地承包法規定：農民集體所有的土地依法屬於村農民集體所有的，由村集體經濟組織或者村民委員會發包；已經分別屬於村內兩個以上農村集體經濟組織的農民集體所有的，由村內各該農村集體經濟組織或者村民小組發包。村集體經濟組織或者村民委員會發包的，不得改變村內各集體經濟組織農民集體所有的土地的所有權。從這一變化過程來看，集體土地所有權主體主要為村農民集體實際上已成趨勢。法律規定是與經濟社會需要和國家意誌是相輔相成的：（1）這一過程的重要拐點是農民自發的承包製改革，以村農民集體為所有權主體有利於建立和穩定土地承包關係，在一定程度上契合了實施承包製的需要，這種情形增多並非偶然。土地承包成為基本經營製度後，村集體作為所有權主體的主要形式已經成為內在的支撐因素。（2）這一過程也伴隨著農村生產力的發展，以村農民集體為所有權主體，有利於促進土地規模經營和土地資源在更大範圍的優化配置與利用；（3）隨著社會主義市場經濟的發展，市場風險的出現和農村公共產品缺乏，使農民出現了對重建集體經濟的要求。（4）這一過程既反映了農民通過承包經營對土地利益的訴求，也反映了國家加強農村土地管理的需要。
根據產權經濟學的基本原理，財產權具有占有的排他性、權利的不兼容性和主體的不重疊性等特征。按照“一物一權”原則，一物之上雖然可設立若幹個可以相容的物權，但隻能設立一個所有權。不同範圍的農民集體是不同的民事主體，處於平等的民事主體地位，同一塊土地隻能屬於一個特定的農民集體，不能有兩個或兩個以上農民集體交叉重疊。鄉鎮、村、村民小組的農民集體經濟組織之間也不存在從屬的關係，它們隻是地位平等的不同經濟組織，對外能夠獨立承擔民事權利和義務。國家應以村農民集體所有為一般形式，對農村土地集體所有權主體及其權能作出簡單而明確的法律設置，以求“定分止爭”，同時盡量減少因追求整齊劃一而給農村生產生活造成混亂。少數村民小組、鄉鎮農民集體所有土地的情形，應區分情況予以保留。對於一些地方村民小組確實存在具有實際意義的村內兩個以上集體經濟組織，且符合所有權主體代表資格的，應該賦予其農民集體土地所有權。這樣既有利於穩定農村土地關係，也能使農民真實意願得以表達。對於鄉鎮農民集體所有的土地，則重在加強其集體經濟組織的內部治理，使農民代表能行使真正的支配權，農民能享有真正的權益。
從某種意義上講，在集體所有製性質的前提下，集體土地確權主要是一個技術性問題，而且無論確權到哪一級都可以通過地籍調查和就地核實的辦法予以解決。經過長期的製度變遷，普通農民實際上更為關注的是土地（承包地和宅基地）實際利益的有保障和相對公平，集體產權的界定和保護才是農民在市場經濟條件下最根本的利益所在。依照物權法確定的基本框架，明確不同範圍農民集體對農村土地的所有權邊界，核發集體產權證，確認集體土地所有權的空間範圍和權利內容，已不存在任何實質性問題。在統籌城鄉建設的背景下，應當盡早予以實施，以形成統一的城鄉大市場。