近代中國關稅自主權的喪失始於第一個不平等的《南京條約》。該條約第十條規定：“俾英國商民居住通商之廣州等五處（廣州、福州、廈門、寧波、上海），應納進口、出口貨稅、餉費，均宜秉公議定則例。”所謂“秉公議定”就是中國製定的關稅要經列強國家認可。中美《望廈條約》就有“倘中國日後欲將稅例更變，須與合眾國領事等官議允”規定。表明中國欲要變更稅則，必得外國人同意，否則是不能變更的。這就是中國關稅自主權喪失之始。至於稅率征收標準，1843年10月簽訂的《中英五口通商章程：海關稅則》即《虎門條約》除羅列英國進出五口通商口岸貨物所納關稅之清單外，規定“凡屬進口新貨，例內不能賅載者，即按價值若幹，每百兩抽銀五兩”進行征稅。“值百抽五”的中國關稅稅率原則就這樣確立下來的。它與以前中國粵海關自主確立征收之稅率相比降了58%-79%。1858年11月在簽訂的中英《通商章程善後條約：海關稅則》，又列舉若幹進出口貨物納稅標準，再次強調“倘有貨物名目，進出口稅則均未賅載，又不在免稅之列者，應核估時價，照值百抽五例征稅”，明確了中國進出口貨物關稅為“值百抽五”稅率。然這一稅率同1843年確定的稅率相比又降低13%-65%。自此之後，“值百抽五”的中國關稅率就成了法定稅則，約半個多世紀不曾有過變動。此惡例一開，各國均效之，而且一次比一次具體，一次比一次詳盡。這種最低關稅率是世界各國少有的，歐美各國進口關稅一般在15%-60%之間，有的高達100%。“曆考泰西各稅額，大致以值百取二十，或取四十、六十為率，最多則有值百取百者。美國進口貨稅，值四征三，商雖非之，然不能違抗。”與之相比，中國關稅比歐美國家要低四至八倍，有的竟達十餘倍。
19世紀50年代前後，清政府由於內憂外患，財政枯竭，為湊糧餉，推行“官取諸商、商取百貨”政策，在內地交通要口設關立卡，對過境各貨予以課稅，名曰厘金稅。爾後各省效尤，稅目漸多，有“百貨厘金”之稱，其害無窮。清末時各省封疆大吏擁兵自主，自謀生計，自籌糧餉，一時稅局林立。其間湖北一省新設局卡就有480餘處。關卡重重，稅目無奇不有，任情橫征暴斂。厘金稅率最初不過按價抽收1%，然到光緒年間，多數省份所征過境稅多在5%以上，有些貨物在途經幾道關卡課稅之後所售之款尚不足為本。
遍地關卡重重征稅，嚴重地損害了中國內地商品經濟繁榮與發展，也給列強對華傾銷商品和掠奪資源製造了困難，使得“盡管海口的進出口貿易有如何的方便，但由於中國廣大內地對於通過商品那種簡直是阻止轉運的煩（應為繁，作者按）重轉口課稅的存在，將使得一切方便都歸無效。”為此英國強迫中國簽訂第一個不平等《南京條約》中就有“英國貨物自在某港按例納稅後，即準由中國商人遍運天下，而路所經過稅關不得加重稅例，隻可按估價則例若幹，每兩加稅不過分”規定，目的在於輸入中國貨物能夠廣銷中國內地市場。之後列強各國又千方百計將在中國內地所購土貨運到通商口岸出口外洋所納之稅亦與洋貨輸入內地之法辦理，以免同中國商人一樣遭受遍地關卡重重征稅之累。不過納稅若幹，比例如何的征稅原則尚無明確規定。1858年6月簽訂的中英《天津條約》明確規定：“唯有英商已在內地買貨，欲運赴口下載，或在口有洋貨欲進售內地，倘願一次納稅，免各子口征收紛繁，則準照行此一次之課。其內地貨，則在路上首經之子口輸交，洋貨則在海口完納，給票為他子口毫不另征之據。所征若幹，綜算貨價為率，每百兩征銀二兩五錢。……此僅免各子口零星抽課之法，海口關稅仍照例完納，兩例並無交礙。”這樣進出中國內地貨物所征之稅就確定了，標準是進出口正稅的一半，即2.5%。於是進口洋貨要運入中國內地銷售，在繳納進口正稅5%後再繳子口稅2.5%，共納7.5%關稅後即可遍運中國廣闊內地。外國人在中國內地所購土貨要運達通商口岸輸往外洋，同樣繳納2.5%子口關稅後中國內地任何關隘要口均不得予以課稅。這點1863年簽訂的《中丹天津條約》明確肯定：“販買土貨運口出洋……每值百兩完稅二兩五錢……以出入稅則照納一半為準。”出入中國內地貨物所納子口稅製度為外國人竊奪後，全麵推廣實施。子口稅特權從進口內地洋貨擴大到從內地輸出土貨，說明列強對中國經濟侵略掠奪的加深，表明列強對中國侵略掠奪從鴉片輸入和商品傾銷為主開始轉向傾銷商品和掠奪資源並重的局麵了。