馬本齋在軍區後方醫院，忍著病痛，艱難地坐在床上寫戰鬥日記。這已經是他的老習慣了，不管環境多麼殘酷，工作多麼繁忙，他總是擠出時間寫戰鬥日記，從不間斷。
他並不認為“年紀大了，學不進去”，而是常常因為鑽研黨的方針政策而廢寢，更常常為了學習一些兵法，忘了吃飯的時間。他對於每一份黨的文件，還有搞到的軍事著作細心研讀，並結合戰鬥實踐寫好日記。
每天他都親自把一天的活動用紙條寫下來，過幾天，由司令部的趙寅卿拿去騰清在三十二開黑硬皮筆記本上。接近他的人都親切地記得，每當夜深人靜的時候，他還在挑燈夜讀，寫日記，而第二天拂曉，他又迅速起床，處理紛紜的工作。
如今，馬本齋已明白自己來日無多，但是隻要一息尚存，就要象以往在戰場上帶領戰士衝鋒陷陣一樣與病魔死亡爭奪時間，繼續記錄下自己的心血，留給後人。
當時，馬本齋的家屬也在醫院照顧馬本齋同誌。馬本齋的孩子馬國超年幼，不聽媽媽勸阻撲到馬本齋跟前，鬧著要爸爸講戰鬥故事。馬本齋為了不讓孩子失望，仍強打起精神，拉著孩子的手一起唱“抗日戰士出征歌”。
這時，馬本齋病情惡化，已轉成肺炎，連連咳嗽，唱幾句，停下來，再喘著粗氣說：“沒關係，輕傷不下火線。來，爸爸再和你一起唱。”
媽媽催促著孩子快快離去，而馬國超不願意離開平常很少見麵的爸爸。馬本齋拉著孩子的手問：“爸爸教你的兩個字學會了嗎？”馬國超說：“會了”，拿著鉛筆在紙上歪歪斜斜地寫了“中國”兩個字。
馬本齋滿意地微笑著說：“孩子，記住，我們的祖國就叫中國，沒有共產黨就沒有新中國！”他給孩子幼小的心靈裏，循循善誘地進行著熱愛偉大祖國和中國共產黨的最早啟蒙。
這時，回民支隊接到奔赴陝甘寧邊區保衛延安的命令，政委到醫院看望馬本齋同誌。馬本齋忍著病痛開玩笑說：“政委同誌，我到馬克思那裏去報到。他說，你的任務還沒有完成呢，怎麼就來啦？我一聽，對呀，我的任務還沒有完成呢，所以又回來啦！”
政委聽到了馬本齋的話，眼裏閃動著抑製不住的淚花。
政委告訴他：“這裏有一封電報？”
馬本齋說：“非常抱歉，請您念給我聽聽吧。”
“這是從延安發來的電報！”政委興奮地說。
馬本齋一聽是延安發來的電報，興奮無比，竟出人意料地從病床上坐了起來。他用顫抖的雙手拿過電報，親自閱讀，並斷斷續續地讀道：“冀中回民支隊馬本齋同誌；黨中央問候你和全體指戰員。你們以大智大勇，馳騁於華北平原，取得卓著之戰績。總部決定，命你部速來延安，接受重任……”
他夢寐以求到延安見毛主席和朱總司令的願望就要實現了，心情感到無比激動。他輕聲反複地讀著電報，消瘦的臉上呈現出紅潤和笑容。他說：“政委，黨中央的電報對咱們回民鼓舞太大了。我們要堅決執行命令，盡快出發。可是動員的重任就落在你一個人的身上了。”
一月底，部隊接到開赴延安的命令。出發前，楊得誌司令員親自到醫院探望馬本齋同誌，傳達中央決定。馬本齋堅決要求隨軍出征，經楊得誌再三勸說，馬本齋才同意留院治療。
他為自己不能隨軍西進，感到非常遺憾，難過地囑咐回民支隊的幹部：“一定要堅決服從楊司令員的指揮。……你們見到毛主席、朱總司令後，要轉達我對他們的問候。”
二月一日，回民支隊跟隨楊得誌司令員踏上了保衛延安的征途。這時馬本齋同誌已病危，但他的心裏還在想著部隊，想著抗戰，時時思念著回民支隊。
護理人員為了觀察他病情的變化，多點了兩盞棉油燈，他醒過來後，責怪護理人員不該浪費這些燈油，說：“要聽毛主席的話，節約每一個銅板，為著戰爭和革命事業，我這屋裏有一盞燈就行了。”
馬本齋生也英武，終亦壯誌不滅，彌留之際，他對身邊的同誌說：“讓部隊等著我……我不行了，把我的家屬送到延安去，繼續革命。告訴三弟，抗戰到底。”
他在臨終時，向家屬遺言：“我覺得，不能為人民為國家為黨做更多的工作是件憾事，教孩子繼續我的誌向做革命工作，告三弟領導伊斯蘭民族抗戰，革命到底！”
1944年2月7日，中國共產黨的優秀黨員，著名的中華民族英雄馬本齋，以43歲的盛年，不幸與世長短辭，病逝於冀魯豫軍區醫院。