元代憲宗蒙哥二年(1252年)，元朝首次正式成立“回回戶”。這標誌著中國回族先民的“蕃客”地位發生了根本性轉變，即由“客”變“戶”，正式被當朝政權承認，成為中華民族大家庭中新的一員。元代，將“回回”這一名詞開始代替唐宋時期“大食人”的稱呼。元代回回人與唐、宋“蕃客”最大的差別在於，元代回回人以中國為家的觀念大大增強。回回群體在這時都不再以客人自居。同時因為他們的宗教信仰是伊斯蘭教，進而使伊斯蘭教隨著他們的定居而在中國本土上紮了根。元代也是回回人不斷融合其他民族擴充本民族的時期，在回族的族源上，還有許多非阿拉伯、波斯和中亞的人種。一些原先不信仰伊斯蘭教的阿速人（原居於北高加索人綠睛回回）、吉普賽人（噦哩回回）、猶太人（術忽回回）、占城（今越南中南部）的穆斯林即“占城回回”，南洋諸島上屬於馬來人種的穆斯林“昆侖回回”（“黑回回”），蒙古人（阿難答部眾）等都加入了回回人的行列。在中國本土出現了“元時回回遍天下”現狀。在元代，回回人事實上成了在中國居住的信仰伊斯蘭教的各色人種的總稱。蒙古人因歸信伊斯蘭教而融入回回人的例子中，阿難答是一個很好的實例。據《多桑蒙古史》記載，元世祖忽必烈之孫阿難答，自幼為一穆斯林撫養長大，信仰伊斯蘭教並潛心研究《古蘭經》和攻讀阿拉伯文，至元十七年（1280年）繼安西王位之後，在其轄地河西、關隴地區（包括原西夏國地區，今寧夏回族自治區）蒙古軍民中傳播伊斯蘭教，廣建清真寺，實施回國曆，“所部士卒十五萬人，聞從而信教者，居其大半”。
3.明代時期（公元1368～1644年）回族共同體形成
“治隆唐宋，遠邁漢唐”這八個字，是清康熙皇帝手書，刻在南京明孝陵朱元璋陵墓前的石碑上。在曆史上，明朝朱元璋是一位傑出的皇帝，有自己的治國理想，他建立的政治製度，不僅維係了明朝277年的統治，而且為清朝所繼承，影響深遠。
明朝對世界各國的影響力遠遠超過漢唐。據史記，當時全世界每年出產的白銀，有三分之二都流進了中國。（GDP總量在世界上就像當今的美國）“遠邁漢唐”並不是一句空話。永樂皇帝期間，30多個國家的使團追隨我國回族穆斯林傑出人物鄭和的腳步來到中國，許多國家的親王、使臣長期居住在中國，甚至老死埋葬在中國的土地上。
在明代，許多傑出的回回人物脫穎而出。開國功臣有常遇春、胡大海、馮國用、馮勝、沐英、藍玉、丁德興等人，抗擊外侵的有麻英、達雲等戍邊名將；世界著名的傳奇航海家鄭和，剛直不阿的著名清官海瑞，反封建禮教的著名思想家、文學家李贄，兵部尚書和吏部尚書的馬文升；文化名人還有丁鶴年、馬自強、金大車、金大輿、馬繼龍、閃繼迪、馬上捷、馬錦等等。值得一提的是，回族這時湧現出一批傑出的伊斯蘭學者。他們的眾多著作對我國回回穆斯林社會的影響十分深遠。
明代對於回回穆斯林之信仰是非常尊重的。這可能是因為回回人對明王朝的建立作出重大貢獻的結果。當時民間經常演出《十回保朱》的戲劇，反映元末一大批回回人擁戴朱洪武開創明代的故事，他們都是名載史冊的回回傑出人物，所以明王朝前期統治者對回回人予以了許多優待，如對甘肅回回免稅，將西北地區的一些回回遷徙到較富庶的華北、江南一帶，並吸收他們的上層人物到朝廷任職。
明太祖朱元璋當政在位時期，曾親自禦書百字讚美伊斯蘭教的創始人穆罕默德，並敕修大清真寺於西安、南京以及滇南、閩、粵諸地。在這樣良好的族群發展社會背景下，明代的伊斯蘭教完成了中國化的進程，使回族在中國本土上孕育成長起來。回族已不是昔日的阿拉伯人、波斯人、西域人或被迫東遷的回回人，也不是信仰上融入了回回的漢人、蒙古人，而是一個有別於漢族文化、有著異域風格的新型民族共同體。在中國大地上牢固地紮下了根，形成了回族民族。成為了中國社會發展中一支不可忽視的政治、經濟力量。
明代這段時期，回回人最重要的變化是共同心理素質的形成和民族意識增強。“回回見麵三分親”“黨護族類”“行費居送，千裏不持糧”“同類相遇則親厚”“固守其俗終不肯變”如此等等，都是對回族共同心理素質外在表現的客觀描述。而這種共同的心理素質盡管在不同地區、不同人的身上表現程度不同，內涵也不盡一致，卻有著堅固的可持續穩定性，至今不衰，它是構成回族的一個十分重要的獨特因素。同時，伴隨著我國回族的形成，具有民族特點的回族文化也逐漸形成。