國民黨在廣東艱難地掙紮求生，來自各方的壓力時時使孫中山心力交瘁。三大政策帶來的現實意義是武器和經費的不再缺乏，用新思想組織起來的北伐軍以少勝多打遍中國。
二次革命失敗後，孫中山等人不得不暫借日本為安身立足之地，總結經驗教訓，籌備“三次革命”。為籌集經費，孫中山努力爭取日本各界的援助。他在1914年5月11日致日本首相大隈重信的信中提出：中國對日本，可以起到比印度之於英國更大的作用。這封信很快就被泄露，中外報刊廣為登載，還說是黃興揭露的。此事不但損害了國民黨人的形象，也加深了國民黨內部的分裂。
但不管孫中山提出多麼優惠的條件，日本政府對孫中山的力量還是沒有信心，仍然把袁世凱作為打交道的主要對象。在日本人看來，依靠已經實際統治全國的袁世凱，比起指望形單勢孤的孫中山顯然更加實惠。
倉促出逃海外的國民黨人經曆了一段沉寂期。由於倉促流亡，多數人身無分文，生活上也陷入困境，連食宿衣被都成問題，甚至靠吃紅薯充饑。孫中山一邊籌集資金救濟黨員生活，另一方麵決定改組國民黨為中華革命黨，實行黨員對他個人的絕對服從，這引起黃興等人的不滿，並導致了分裂和黃的出走。
革命黨內部的分裂，對海外華僑支持革命的熱情是個打擊。有些人認為討袁事敗，現內部又不能統一，根本沒有東山再起的希望，因而灰心喪氣，不願出錢出力。更嚴重的是，革命黨內部矛盾使袁世凱有了可乘之機。袁派人到南洋，冒充革命黨四處募捐，一些投機者也乘勢招搖撞騙，中華革命黨的聲譽受到嚴重影響，籌款工作阻力重重。
1915年末，護國運動在國內的興起使孫中山很是振奮，但這次運動的主導權卻在梁啟超的進步黨和西南群雄手中。袁世凱死後，孫中山抱著息事寧人的態度，表示願與段祺瑞合作，一切問題用法律解決，並主動遣散中華革命黨的軍隊，實現國內和平。
段祺瑞重掌政權後，拒絕恢複國會和臨時約法。孫中山為此於1917年7月率領部分海軍艦隊南下廣州，宣布成立護法軍政府和非常國會以維護《臨時約法》，被推舉為陸海軍大元帥。廣東、廣西、雲南、貴州、四川、湖南等西南六省宣布以武力對抗北洋政府，開始了護法運動。
此次運動是孫中山數年以來的厚積薄發。除了政治上要聯絡盤踞廣東的桂係軍閥借地容身之外，還必須有足夠的資金運轉。幾年來孫中山一直在不動聲色地暗中籌款，自己親掌黨內財務，並作為黨內秘密。此次運動爭取了上海灘首富哈同等人的支持，以此來資助海軍第一艦隊和100多位議員南下，並維持軍政府的正常運轉。
但是，孫中山對南方的控製是不牢靠的，因為他既不是軍隊的真正控製者，又不掌握政府的財權。財政上，軍政府本身無固定經濟來源，卻要支付大元帥府、非常國會以及海軍的龐大經費，而護法諸省當局不願撥給活動經費。孫中山許多政治和軍事上的籌劃都因沒有錢而無法施行。
軍事上，響應護法的軍隊總兵力約15萬人，但真正聽命於軍政府的不過二三萬人。廣東督軍莫榮新通令各縣，把孫所委派的招兵委員當做土匪就地槍決，單是增城一縣就有69名招兵委員被殺。孫中山氣憤至極，親自登上軍艦，下令向莫榮新的督軍府開炮。事後莫榮新礙於孫的威望前往賠罪，但桂係和護法運動的淵源到此結束。
此後，桂係便加緊活動驅孫，收買部分國會議員，改組軍政府，撤銷大元帥，逼孫中山離粵。桂係此舉除了要與直係聯合、孫中山已無利用價值之外，也是為了減輕其財政負擔。領頭發起護法運動的海軍因桂係答應每月撥給十萬元軍餉，遂倒向桂係。在被逼無奈的情況下，孫中山通電辭職，離開廣州前往上海，第一次護法運動失敗。