1.企業類型不同
成立創業板市場就是想對那些處於成長型的、創業期的、科技含量比較高的中小企業提供一個利用資本市場發展壯大的平台，因此《首次公開發行股票並在創業板上市管理暫行辦法》第1條開宗明義其立法宗旨之一是“促進自主創新企業及其他成長型創業企業的發展”。雖然《創業板上市管理暫行辦法》沒有對自主創新企業、成長性企業、創業企業界定一個明確的範圍，但證監會創業板發審部門負責人已經非正式表示，2009年創業板將側重兩類企業，一是新能源、新材料、生物醫藥、電子信息、環保節能、現代服務等領域的企業，以及其他領域中成長性特別突出的企業；二是在技術業務模式上創新比較強的企業、行業排名靠前、市場占有率比較高的企業。
主板在擬上市企業的所屬行業及類型方麵沒有任何限製，任何企業隻要符合規定的標準都可以申請上市。
2.企業規模不同
在多層次的資本市場中，主板市場規模最大，中小板次之，而創業板更小。有資料顯示：截止2009年7月30日，在上海證交所上市的A股上市公司共計有856家，市值達18萬億多。我國的許多超大航母型公司國內上市都選擇在上海證交所。比如，7月29日剛上市的中國建築（601668）首次公開發行120億股，共募集資金501.6億元，籌資規模為中國股市有史以來第四大，也是2009年以來全球最大的IPO案例。
深圳中小板是2004年5月份開始啟動的，截止到2009年7月30日，中小板的上市公司共計有278家，籌集資金達1000多億。
創業板的特點是企業規模小，籌資額也小，以一家企業募集一個億計算，即使一年上市一百家，也就是100多億，還頂不上一個大盤股籌資額大。
3.上市報審環節不同——是否需要征求有關政府部門意見
證監會在對主板上市的企業初審時需要征求發行人所在的省級人民政府及國家發改委的意見，征求意見的內容分別為是否同意發行股票、發行人的募集資金投資項目是否符合國家產業政策和投資管理的規定。創業板企業在報審程序上有所簡化，報審前不再要求征求發行人注冊地省級人民政府意見，也不再要求征求國家發改委就募集資金投資投向是否符合國家產業政策和投資管理規定。
4.發審委組成人員不同
根據證監會2009年5月13日新修訂的《發行審核委員會辦法》，證監會對主板和創業板分別設立發行審核委員會，主板發審委委員為25名，其中證監會的人員5名，證監會以外的人員20名。創業板發審委委員為35名，其中證監會的人員5名，中國證監會以外的人員30名。主板發審委委員和創業板發審委委員是各自獨立的，相互不能兼任。
5.對保薦人的持續督導要求不同
保薦人對主板IPO企業的持續督導期間為證券上市當年剩餘時間及其後2個完整會計年度；主板上市公司發行新股、可轉換公司債券的，持續督導的期間為證券上市當年剩餘時間及其後1個完整會計年度。
對於創業板公司的保薦期限，相對於主板作了適當延長。證監會《關於修改〈證券發行上市保薦業務管理辦法〉的決定》規定：“首次公開發行股票並在創業板上市的，持續督導的期間為證券上市當年剩餘時間及其後3個完整會計年度；創業板上市公司發行新股、可轉換公司債券的，持續督導的期間為證券上市當年剩餘時間及其後2個完整會計年度。”