第二，配售新股在上海證券交易所掛牌交易時，股票代碼為“600×××”。為便於深市投資者賣出配售中簽的股票，新股上市交易後，在深圳證券交易所也掛出對應的代理股票代碼，深市的股票代碼為“003×××”，兩市股票代碼的後三位一致。
第三，配售發行的新股，不辦理跨市場轉托管。
第四，市值配售的股票在實施配股時，上海證券交易所配股代碼為“700×××”；以深圳賬戶持有該股票的投資者，按深圳證券交易所的有關規定，以“083×××”代碼進行配股認購。
第五，股票停牌期間，上海證券交易所係統按規則不接受該股票的申報，包括深圳證券交易所係統的轉報。
第六，持深市股票賬戶的投資者對市值配售股票的賣出委托，經深圳證券交易所係統轉報，以上海證券交易所主機收到後方為有效。
第七，深市將實時轉發市值配售股票的交易行情，但以上海證券交易所發布的行情為準。
第八，對按市值配售的股票，兩市投資者在交易時，分別按照各自市場的收費標準繳納相關交易、結算等費用。
第九，兩市同一市值配售股票的權益分派和配股的股權登記日和配股上市日應保持一致，現金紅利的到賬日按滬市規則統一確定。其他具體運作分別按兩市規則執行。
向二級市場投資者按市值配售新股操作實例
假設江西××股份有限公司定於2002年4月25日，在上交所按市值配售方式上網發行A股，發行量為8000萬股，發行價格為6.55元/股，該股上市後的交易代碼為600999，簡稱為“××股份”。投資者張三所持上海股票賬戶號碼為A123456789，所持深圳股票賬戶號碼為0087654321。
1.市值計算
2002年4月22日收市後，滬、深交易所分別計算投資者擁有A股的可申購市值。經統計，投資者張三持滬市可申購市值為86000元，持深市可申購市值為68000元。根據市值計算辦法，張三最多可向上交所申購8000股新股，向深交所申購6000股新股。
2.發行申購
2002年4月25日（T日），張三在正常交易時間內以上海證券賬戶A123456789向上交所申購8000股新股，申購代碼為737999申購價格為6.55元/股；同日的正常交易時間內，張三又以深圳證券賬戶0087654321向深交所申購8000股新股（注意：已超過了6000股），申購代碼為003999申購價格同為6.55元/股。
3.配號
2002年4月25日（T日）收市後，滬、深交易所根據2002年4月22日收市後計算的投資者擁有的股票市值，按每1萬元上市流通證券市值可申購1000股××股份，不足1萬元的部分不計入可申購市值的原則，對有效申購進行統一連續配號。
張三因同時向兩個交易所申購，可獲得上交所8個配號（747999），深交所6個配號（003999），注意：並非是8個號，剔除了2個。
4.中簽認購
配售新股中簽後，投資者應確保資金賬戶中有足夠的新股認購資金。若中簽投資者因資金不足無法足額認購中簽股票時，會員營業部應於2002年4月30日（T+3日）日14：00收市前，將其放棄認購部分向交易所申報。因資金不足而放棄認購的新股，由主承銷商包銷。
在2000年3月初次試行按市值配售新股時，深交所要求投資者在中簽後就中簽股份進行繳款認購申報，為同上海一致，現改為就中簽後放棄認購部分進行申報，申報的證券代碼仍為“003999”，委托價格為0，放棄認購的數量為實際放棄的數量（可以不是1000的整數倍）。如不申報視同全部繳款認購。
假定張三在滬、深兩市各中了1000股，且在會員營業部有足夠的資金，因而共獲配售2000股“××股份”新股，分別登記托管在結算公司的滬、深分公司。
5.上市交易
2002年5月31日，江西××股份公司在上交所掛牌上市，其在上交所和深交所的掛牌代碼分別為“600999”、“003999”，開盤參考價均為6.55元/股，證券簡稱統一為“××股份”。
張三可以通過自己的深市證券賬戶0087654321向深交所報單，賣出“003999”也能對自己的賣出委托進行撤單，但不能買入“003999”。
深交所交易係統發布的行情數據中，“003999”“××股份”的行情數據將實時轉發上交所的“600999”的行情數據，為準確起見，深市投資者應根據“600999”的實時行情數據確定“003999”的賣出委托價格。滬市的交易不變。
6.配股
2003年6月2日至6月13日，“××股份”股票進行配股，配股比例為10配3，配股價格為3.8元/股。持有上海證券賬戶的投資者按上交所的有關規定，以“700999”代碼進行配股認購，配股價格為3.8元/股。