整個故事其實是這樣的。
水老頭，景明，還有他們談及的那個叫藍行書的人，在黃巢起義的時候，是黃巢帳下的親兵。後來黃巢戰死之後，這三人相約隱居在沉香穀。
當時天下大亂，百姓流離失所，三人將沉香穀開辟出來，收容難民。隨著難民越來越多，沉香穀已經不再適合作為一個難民收容所般的存在。於是藍行書提議，成立了太平教這個組織，旨在扶危濟困，行俠仗義。
有了組織之後的太平教日益壯大，沉香穀偏於一隅的劣勢逐漸凸顯，而藍行書的野心也暴露了出來，他要求帶著一撥人，到江南發展。三個太平教的創建人聚在一起一番商議後，摩拳擦掌，決定大幹一場。
藍行書南往江南，景明東進山東，水老頭坐鎮沉香穀。由此沒過幾年，太平教在江湖上名聲鵲起，他們收攏來的貧苦百姓，經過一番訓練之後，深入到當地的各個領域之中，活脫脫的一個五代十國版的潛伏。
當然，沒有人知道，太平教的發展壯大究竟是為了什麼，即便在最高首腦的三個人中，景明，水老頭也不知道以後太平教的走向。或許，隻有藍行書知道，他自己能得到什麼。
三個人依然合作無間，直到得到黃巢之子黃皓身陷嶺南，才激發了他們之間潛在的矛盾。曾經主子的親子命懸一線，景明和水老頭記著黃巢的恩情，想前去搭救，可藍行書不同意。理由是太平教隻是一個江湖組織，不足以跟嶺南當地豪強爭鬥。
三個人爭執不下，最終景明和水老頭還是帶了一部分太平教眾前往嶺南，可這一去，卻是再無回頭之路。
兩人才到嶺南，便遭到了嶺南豪強鄧進思的埋伏，幾乎全軍覆沒。後來兩人隻身潛入鄧進思府邸，本以為神不知鬼不覺一定能救下黃皓，可等他們的卻是黃皓的屍體，還有一個意想不到的人，藍行書。
原來，藍行書給鄧進思報信，出賣了景明二人。借刀殺人，不費吹灰之力，不擔出賣兄弟之名，便輕鬆地把他們倆從太平教的核心層除去，藍行書這一手玩得極其高明。
景明兩人得知真相，本欲尋藍行書報仇，但對方人多勢眾，隻能暫時隱去。在離開鄧進思府邸之時，水老頭恰好發現了鄧進思從黃皓手上得到的一件絕世珍寶。
其實根本不是什麼絕世珍寶，隻因為黃皓一直收得緊實，讓鄧進思誤以為是一件好東西而已。水老頭順手便把那東西從鄧進思的庫房裏偷了出來，可當他打開的時候才發現，原來隻是一件黃巢穿過的盔甲而已。
嶺南一遭，景明，水老頭心灰意冷，各自離去，曾經聲勢浩大的太平教也一夜之間消失得無影無蹤，似是從來沒有出現過。而作為以前太平教的大本營沉香穀，也荒廢了下來。
景明後來遇到了延壽，對大師的心懷見識，佛理禪法佩服得五體投地，便跟著延壽回了杭州出了家。而水老頭隻身一人隱居在永明寺，直到他失散多年的兒子尋到他。水老頭一直記恨著當初藍行書背叛兄弟之仇，便跟著兒子回了青州，創立了四海幫。四海幫經過二十餘年的發展，在山東也算闖下偌大名頭，奈何水老頭的兒子正值壯年，卻重病不治而亡。
愛子亡故，水老頭心灰意冷，便甩手不理四海幫，又回到了沉香穀隱居起來。本來這麼個結果其實也算不錯，景明當了和尚，水老頭做了隱士，太平教也消失匿跡，恩怨情仇化成過眼煙雲，也少了一番生死相鬥。
陰菇，是一切的導火索。或者說，水老頭收下了怕卡這個徒弟，以及陰菇這麼一株奇特植物，再次引出了太平教的身影。後來的事，便是太平教再現江湖，霸占了沉香穀，煉製培養傀儡的醉生夢死。
新仇加舊恨，讓水老頭怒火中燒，於是便悄然回到青州，布置了黃巢遺物這個局。
首先，水老頭把當年從鄧進思庫房裏得到的黃巢遺物，編排成了消失已久的傳國玉璽，通過各種渠道傳往各國。
藍行書的心思，水老頭清楚，他想當皇帝坐天下，那這傳國玉璽一定會讓他動心。但動心，他不一定會親自來取。為了逼藍行書現身，水老頭安排了假死，然後又聯係上景明，廣而告之，招來各方勢力，引起藍行書的重視，最後安排了孟蘭盆會當日六和塔內的請君入甕。
四海幫的花無病，是藍子姝掉包之後換的內應。李神諭北上青州發難，與懷義堂設伏，也是藍子姝一手安排的。