1945年11月下旬到1946年1月下旬，中央決定撤出大城市，把工作中心放在建立根據地上，同時指示東北局在大城市附近建立第一道軍事防線，決不可輕易放棄。東北局據此做出具體部署，認真貫徹中央指示。11月19日，蘇軍駐沈陽代表通知東北局，上級已命令他們將長春路及沿線城市均交國民黨，令東北人民自治軍退至50公裏外。所有滿洲境內中共軍隊在蘇軍未走前，均不準與國民黨軍作戰。彭真立即將這一情況告知在哈爾濱的陳雲和在長春的周保中。
11月25日至28日，陳雲主持召開北滿分局會議，研究東北局勢和對策。30日，陳雲起草並與高崗、張聞天聯名致電東北局並轉中央，提出《對滿洲工作的幾點意見》。《意見》指出：“我們必須承認，首先獨占三大城市及長春鐵路幹線以獨占滿洲，這種可能性現在是沒有的。因此，當前在滿洲工作的基本方針，應該不是把我們的全部注意力集中於這三大城市，而是集中必要的武裝力量，在錦州、沈陽前線給國民黨部隊以可能的打擊，爭取時間。同時，將其他武裝力量及幹部，有計劃地主動地和迅速地分散到北滿、東滿、西滿，包括廣大鄉村、中小城市及鐵路支線。”
12月上旬，彭真主持召開東北局和東北人民自治軍總部會議，研究部隊整編和創立根據地的工作。會後，彭真發電報給不在本溪的林彪、陳雲、高崗、呂正操、李富春，並報中央：“我們獨占東北目前已不可能，沿長春路各大城市均為國民黨所接收。我在北寧線作戰，因主力初到，已不可能阻止國民黨軍隊沿北寧路之前進。因此，我們同頑軍的鬥爭應有長期的準備。”隨後，彭真在本溪召開幹部大會，作了《關於目前時局與黨的方針》的報告，進一步闡述了東北局關於時局的意見及建立根據地的部署。
陳雲和彭真認識到，在東北發展並爭取控製東北，必須迅速組織並接引山東部隊和幹部進入，發展廣大鄉村
陳雲和彭真等認為，迅速組織並接引山東部隊和幹部進入東北，是初到東北麵臨的最緊迫的工作。他們經過幾天調查，電告中央書記處並轉在山東的萬毅、羅榮桓等，海運路線有二：“（甲）膠東部隊應在蓬萊龍口八角地上船，向北航行，距遼東半島尖端數十裏後折向東北經長山島即可到莊河及莊河東一百裏之大孤山，莊河西七十裏之明陽山沿岸登陸，上述三地區現均在我軍手中。”“（乙）渤海魯中部隊可在利津以北之海岸上船到冀東樂亭境海岸登陸或繼續向山海關以東綏中錦西線登陸均可。”他們還向中央建議：“除山東之部隊外，再從晉察冀等距滿洲最近的地區迅速抽三萬至四萬老的部隊，以最快速度趕來，以利先機。”
鑒於威海衛方向有美軍潛艇、渤海有美軍軍艦、營口上空有美機偵察，加上蘇軍對中共部隊在東北的活動有所限製，彭真、陳雲電告中央並轉羅榮桓、黎玉、蕭華：“由山東來此部隊，在出發前，行動中，及到達目的地後，都應特別注意隱蔽目標，避免張揚。”同時，他們電告羅榮桓、黎玉：決定山東軍區五師師長吳克華所率部隊在遼東半島地區開展工作，“請接電後即轉知吳部直向莊河開動，並向北推進”。
蕭華率山東3萬大軍分散渡海北進，先後在貔子窩等地登陸。在大連登陸當天，蕭華搭乘一列拉煤的火車趕到沈陽，向彭真、陳雲彙報。彭真、陳雲布置蕭華部在南滿開展工作，並指示他：南滿戰略地位十分重要。中央決定你帶山東渡海來的部隊主力留在南滿，開辟根據地。從山海關過來的曾克林與唐凱率領的冀熱遼第十六軍分區的部隊劃歸你們指揮。當前，你們第一位的任務是站穩腳跟，控製海口，迎接大部隊登陸。同時趁國民黨軍未到的機會剿滅土匪和日偽殘餘，放手發動群眾，改造政權，建立根據地。利用一切可能整編軍隊，發展武裝，擴大主力，形成拳頭。蕭華回遼東不幾天，彭真、陳雲又致電中央轉蕭華等，指示他們去莊河動員船隻，協助山東部隊迅速北運。蕭華回憶：“這些部隊在我們的接迎下順利地到達預定戰區。”
由於組織得當、部署細密，山東及關內一批批部隊和幹部得以順利進入東北。10月30日，中央決定成立以林彪為總司令、彭真為第一政治委員的東北人民自治軍（後改稱東北民主聯軍）。至11月底，到達東北的部隊共11萬餘人。從延安及各解放區抽調的黨政軍幹部2萬餘人也陸續到達。這些部隊和幹部迅速進入東北，為實現中央提出的發展東北並爭取控製東北的方針邁出了重要的一步。
彭真、陳雲根據中央方針，積極調整東北局的工作重點
黨的工作重點應放在哪裏？這是彭真、陳雲等必須解決的問題。
9月24日，劉少奇致電彭真、陳雲：“較集中的武裝，應布置在靠近熱河、外蒙、蘇聯、朝鮮的地區，以便生存發展。”10月2日，劉少奇又接連電示東北局：“不是首先將主力部署在滿洲門口，抵住蔣介石，而是首先將主力部署在背靠蘇、蒙、朝鮮邊境，以便立穩腳跟之後，再爭取大城要道。”“在複雜情況和任務中，你們不可疏忽任何一個方麵。南滿是重要的，北滿決不可忽視。”“山東部隊已大批運入東北，望即成立東滿指揮機關，負責迅速開辟東滿工作。”“望即成立北滿黨的臨時指導機關（北滿工委），即帶電台去，以便了解該方情況，並進行工作。”
為部署北滿、東滿工作，10月15日，陳雲由沈陽抵達長春。他除代表東北局與駐長春的蘇軍當局進行接洽、了解國民黨東北行轅在長春的活動情況外，主要精力用於組建中共吉（林）合（江）臨時區黨委，發展中共在東滿的武裝力量，並會見派往北滿的幹部，向他們介紹情況、分配工作。由於北滿工作的戰略地位越來越重要，11月2日，中央決定組織北滿分局，由陳雲任書記。“任務為控製北滿各地，組織軍隊，建立政權，發動群眾，鎮壓反革命，鞏固東北之後方。”
10月中旬，中央致電彭真、陳雲、程子華、伍修權：“凡我到東北之曾克林、萬毅、蕭華等部，須迅速集中，加以補整，全力消滅蔣軍。除早已分散者外，不要再分散。此刻我軍須集中作戰，暫時不能分散。”“對於北滿、東滿暫時隻派少數人員及後到的少數部隊前去開辟工作。”
雖然中央調整了東北戰略方針，但陳雲和彭真仍認為建設北滿、東滿根據地十分重要，對那裏缺乏骨幹力量的局麵表示擔憂。
11月下旬，中央再次將占領東北方針由“集中主力，守住東北的大門”調整為“讓開大路，占領兩廂”，把工作重心放在建立鞏固的根據地上。20日，中央指示東北局：“你們應迅速在東滿、北滿、西滿建立鞏固的基礎，並加強熱河、冀東的工作。應在洮南、赤峰建立後方，做長久打算。”28日，中央再次致電東北局：應將一部分主力分散，“有重心地建立根據地”。
11月16日，陳雲從沈陽飛抵哈爾濱，在十分困難的條件下開始主持中共北滿分局的工作。20日，中央派來東北工作的高崗、張聞天、李富春以及王鶴壽、凱豐等抵達東北局所在地沈陽。11月26日，東北局致電中央，提議張聞天任中共合江省委書記，高崗任北滿軍區司令員，陳雲兼政委。同時決定“東北局機關羅（榮桓）、彭（真）、林楓先到本溪，待撫順潛伏之反革命武裝徹底肅清後即轉撫順”，“東、南滿工作暫由東北局直屬”。
在哈爾濱，陳雲等致電中央和東北局直陳己見：“在北滿迅速建立根據地的最大困難，在於老部隊的缺少。”這時北滿的老部隊不到1500人。他們要求東北局從南滿抽調4個大團進入北滿。若能如此，就可以這些老部隊為骨幹進行擴軍，“組成5萬人以上有戰鬥力的部隊”。
12月10日，劉少奇致電東北局，說：“高陳豔日（二十九日）未完電的估計和意見，我們完全同意。”這份電報提出的方針，對將北滿建設成為全東北的大後方和鞏固的根據地，起著重要的指導作用。陳雲、高崗等致電東北局並報中央，請示有關北滿分局組成人選問題，1946年1月6日中央複電同意由陳雲、高崗、張聞天、李兆麟、張秀山5人組成北滿分局，陳雲任書記。
陳雲等還多次就整個東北工作向東北局提出建議。12月21日，陳雲、高崗致電彭真，根據東北各根據地尚未鞏固建立的情況，建議“除以重點確保遼熱邊外，是否將主力部隊更分散些”。幾天後，陳雲致電林彪、彭真、羅榮桓，建議乘敵主力在沿北寧線緩慢推進之際，“爭取時間，在西滿、東滿、南滿創造根據地”。“東北局目前的兵力部署與認真督促主力趕到目的地是帶有決定東北全局的性質，請嚴重注意全麵的決策，並給我們指示，以便按不同情況布置北滿工作。”