彌生時代是日本文明史的開端。由於以種植水稻為主的農業出現，特別是青銅器和鐵器等先進生產技術的傳入，社會生產力飛躍發展。彌生時代中期日本從原始公社製社會向奴隸製社會過渡。據中國《漢書》記載,大約公元前1世紀下半葉，日本列島出現了百餘個由村社首長統治的小部落。這些部落曾定期派人向漢武帝在*設置的樂浪郡獻上貢物。後經長期兼並,至公元2～3世紀形成了規模較大的30多個部落。
據《後漢書》和《三國誌》的《魏誌·倭人傳》記載，公元2世紀末至3世紀初出現了邪馬台國。邪馬台國統轄約30個部落，成為部落聯盟的盟主，已有統治機構和貧富、階級差別，是日本奴隸製社會初期初具規模的國家。該國女王卑彌呼在239年曾遣使到中國洛陽，魏明帝封她為“親魏倭王”，授與金印紫綬。其後繼女王□與（台與）亦曾遣使向西晉王朝朝貢。
日本島在正式成為國家這個整體之前，曾經接受過我國的兩次冊封。一次是大漢朝光武皇帝，一次是大魏朝文皇帝。在陳壽作《三國誌—魏誌—倭人傳》上可見到關於魏文帝對倭國進行冊封的記載。而當時的倭國，則剛剛經過了以出雲的於投馬與築紫的邪馬台二國為主的持續十數年的“倭國的大亂”。在須左之男死後，邪馬台收複失地，並成為了當時日本島上最強大的部族，接受魏文帝冊封。日本也就是在此之後，進入“神武東征”時代，開始向一個統一的島國過渡。
在此之前的有關日本曆史的記載，主要見於《古事記》與《日本書記》二書。而這兩本書則充滿了神話色彩，與《荷馬史詩》頗為相似。但前二者的神話色彩卻要濃重的多了。當今研究日本古代史的學者，也被這兩本記敘當時事件以神話為主，且模糊不清，沒頭沒尾的書弄的大傷腦筋。並且其中並沒有有關邪馬台與卑彌乎的記載。而其關於日本創世的記載卻還是頗有趣的。
日本號稱本國有八百萬神，連桌子角、椅子背都有一位神明掌管。而在創世之前，則隻有三位神明。此三人在最初的記載中，說是出現在高天原。為天之禦中主神、高禦產巢日神、神產巢日二神。在這三位神明誕生後，其他也陸續有神明開始誕生。而最初三位神明中，在現在日本廣為祭祀的卻是高禦產巢日神與神產巢日二神，而天之禦中主神卻遭受冷落，甚至在《古事記》書中也是如此。而高禦產巢日神在此後的很多重要神話事件中都頗為活躍，且與大國主、建禦雷等都頗有瓜葛。
在很多神明誕生後，被日本人認為真正先祖的神明誕生了。那就是伊邪那歧與妹妹伊邪那美。此二人降世的使命就是產神，既誕下此後的無數神明。
傳說中伊邪那歧站在雲橋之上，手持天詔矛，矛上滴落的露水落到下界，形成了一個叫做淤能基呂島。現在學者尚不能確認此島究竟是後來的哪一個島，因此隻能暫定此島為虛構的。此二人降世後，雖然是兄妹卻背負產神的任務，於是便發生了性關係。但他們的第一個孩子是個叫“水蛭子”的沒有骨頭的孩子，於是二人隻好將他放在蘆葦編織的小船中，讓他隨波逐流……………之後的幾次也都失敗了。產下的全是亂七八糟的東西。於是二人隻好求助於高天原的神明。而神明給他們的啟示則是——*過程中女方不能過於被動。似乎日本的神明也和日本人一樣，滿腦子XXXX………
兩人回到下界後，便開始歡快的*。於是相續產下了四國島、淡路島、築紫島、左渡島等大大小小的島嶼。此後又開始了生育各樣的神明。這個過程中，產下的神有綿津見之神、大山津見等主要神明。最後在產下火神迦具土時，伊邪那美燒傷了*。沒辦法，因為是火神嘛………此後伊邪那美得了重病，但仍然在不停的產神，最後有些神明竟然是從他的嘔吐物與排泄物中化成的………真他媽惡心。
在產下大部分神明後，伊邪那美因為重病而死去了。伊邪那歧悲痛莫名，於是斬殺了燒傷伊邪那美*的迦具土。而迦具土剩下的屍體與流出的血液中又化出了很多的神明。伊邪那歧將伊邪那美的屍體放在出雲的比婆山中，然後就前往了黃泉尋找死去的伊邪那美。