沒有騎兵，更沒有弓兵，在隻有白刃戰的戰場，彰義隊的技能萬歲衝鋒使得尊幕派一方兵敗如山倒，全軍盡萬名步兵頃刻間全部奔潰，大量潰軍從上野天守後方城門逃出，向四國島內的本能寺方向逃竄。
不過在此之前，尊幕派的家族家臣與族長等並沒有逃竄，而是被彰義隊逼入了上野天守閣中，在頑強抵抗了近半個多小時，當長宗我部家族的族長被逼切腹自盡，伊達與北條兩家族族長依次被彰義隊切下首級，絕望的尊幕派其它家族族長用大火點燃上野天守讓其在眾人眼中，化成“火焰山”之時，上野天守一戰也接近了尾聲。
此時港口外進行海戰的尊幕派士兵在見到上野天守淪陷後，除了安宅船內的水手外，其餘大部分幸存的都將手中的武器丟下向日不落一方投降，至於安宅船上的那些尊幕派武士則被湧入的毛利水軍與日不落水手屠戮至盡，當最後一艘原尊幕派的安宅船頂插上了日不落三獅旗時，四國島爭奪戰中決定性一戰——上野之戰也以日不落一方的勝利畫下了句號。
此次日不落一方在海戰方麵，共殲滅尊幕派反擊軍全部海軍，俘虜了25艘小早、13艘千石船、8艘關船、4艘井樓船與6艘安宅船，同時還俘虜了2000多名尊幕派擅長海戰的足輕與武士，並殲敵士兵4000多人與損毀50多艘敵方戰船；相對應的日不落海軍也損失了800多名水手、4艘****突擊艦與7艘加列戰艦，毛利水軍則損失了近1000名足輕與武士，而十幾艘千石、小早船，而中型戰船與重型戰船則由於並與敵方同等級戰船對戰，僅僅是於敵方輕型戰船對戰的原因而沒有出現損失。
不過日不落一方此次參戰的所有船隻都受到了不同程度的損失，尤其是一艘****加戰艦，在檢查維修中船匠們發現其龍骨已經出現了裂縫。而其餘大大下下船隻船上、甲板、船帆的等部位都出現了損壞，這些戰艦加起來沒有十天半個月估計是修不好了。
相對於陸戰方麵，此次日不落一方因為尊幕派的算計，而犧牲了近萬名海族戰士，其中包括2000名娜迦與7000多名魚人戰士，彰義隊是在戰鬥進入到尾聲時才加入戰場，所以並沒有出現什麼傷亡，在戰鬥中戰死的連50人都不到，不過卻因為尊幕派那些絕望的家族族長將山野天守閣點燃做法，使得許多沒時間逃出來的彰義隊隊員死在了火海之中，據戰後統計戰死的與因致命傷導致以後無法參與戰鬥的彰義隊多達百人，彰義隊也在此戰後瞬間減員10分1。
而萬人的損失則換取了尊幕派一方1.5萬足輕與1萬武士的陣亡與投降、5000多名足輕向本能寺方向潰逃與尊幕派所有家族高級成員的陣亡。但如此戰績還是讓孫林感到不值，尤其是在孫林得知，尊幕派中那3個主力家族的族長並是毛利元就這種級別，也就是說所謂的長宗我部家族族長並不是長宗我部元親，而伊達家族族長也不是伊達政宗，北條家族族長更不是北條氏康後，更是覺得上野之戰雖然勝利，但也虧了，單單是那3000多名娜迦戰士戰死或是因重傷導致以後無法參戰，孫林就心疼了好久，跟別提對方還拉了6000多名魚人戰士墊背。