返回安西府瓜州城之後，曹躍在摩恪達的再三要求之下，下令安西叛軍進行秋後算賬，對除去羌族和已經投降的安西死士營軍屬外的其他安西叛軍進行清算，沒收叛軍家屬財產，叛軍的血親男丁全部殺死，女子充作變賣瓜分。
一時之間，安西府血流成河哀鴻遍野，本來人數就不多的安西府，經此一事人口折損三成。安西府後來又一句話，說是半夜孩子哭了，家長嚇唬孩子說：“曹二郎來了曹二郎來了。”小孩子立即就被嚇得不敢哭了，比大灰狼來了還管用。當然，曹躍也沒有在乎這個名聲，他不會為了為了博一個好名聲而留下大麻煩，免得將來自己下不來台。自己這邊仁慈了，以後坐下殘忍的事兒，人們會大罵曹躍不是人衣冠禽獸。自己這邊殘忍了，以後仁慈一些，人們會讚揚曹躍殺伐果斷中帶著仁義。
有時候百姓和小民的想法非常幼稚，例如一百個警察裏麵出了一個壞人，人們就會認為其他九十九個都是壞蛋。而一百個犯罪分子裏麵出了一個好人，人們反倒說看吧，犯罪分子也是好人呢，繼而推論其餘的九十九個犯罪分子都是好人。
對待這些民眾，曹躍選擇了給個大嘴巴，然後再給點兒蜜棗，將來人人記得他的好。若先給了蜜棗再給大嘴巴，將來人人記得他的壞。所以在最後臨刑的幾天，曹躍忽然特批赦免了許多人，這些人感動的幾乎要給曹躍裏長生碑了，也不想想是誰造成這一現象的。
曹躍又派遣康成將徐天昊的寶藏挖了出來，所得五十萬兩銀子，不禁再次感慨說：“當土匪，真他娘的是快速發家致富的捷徑啊。”而安西府的叛軍土地、山川、河流、沙漠、草地、牲口、房子、金銀首飾統共算起來一共價值七十萬兩。
按照原來的約定，總共一百二十萬兩的所得，分成四份，帶不走的土地山川河流沙漠和草地，全都給了留下來的士兵和羌人，另外士兵們也拿到了新的地契和房契，以後他們托人把地契房契帶給家人，由家人選擇搬到安西府住還是搬走。
有一個被剿滅的寨子地處最北麵，擁有一座牧場，牧場中養了兩萬多隻羊，這可是好大的一筆財富，光是羊毛就價值昂貴了。眼看天寒地凍，曹躍讓各個地方送上來冬裝給自己的士兵們穿上。
曹躍著手整理了軍隊，讓一些傷兵退伍，允許一些士兵自願留在本地生活，經過一番統計，曹躍的軍隊還剩下一萬三千人。
其中勇營一團經過補充之後人數擴充到2000人。
勇營二團人數縮減為2000人。
寧夏營騎兵左翼維持1500人。
寧夏營騎兵右翼維持1500人。
安西死士營改進為安西步兵團人數維持2000人。
寧夏步兵營和輜重營合並為血軍輜重營，人數縮減為2000人。
保安營與嘉峪關蘇雨生的一隊步兵合並為2000人的工兵團。
親兵營依舊為100人規模不擴大也不縮小。
本次西征，曹躍本部勇營一團士兵與軍官陣亡461人，其中軍官陣亡34人，包括陝西武備學堂軍官陣亡的17人，可以說出征的兩千三百本部人馬也算是折損非常多了。
幾天之後，新任新疆巡按使魏光燾路過瓜州城，猶豫再三決定拜會曹躍，曹躍和魏光燾兩人相處得非常尷尬。魏光燾最終還是表示了對曹躍的感激，如果不是曹躍打通了和河西走廊，他魏光燾的官怕是做到頭了，臨走的時候魏光燾問：“你是帝黨還是後黨？”
“魏大人呢？”曹躍反問。
魏光燾道：“我隻能支持太後，但我不覺得帝黨的新政不妥。”
曹躍笑道：“大樹底下好乘涼嘛，我也是。”兩人相視一笑泯恩仇，拱手告別，曹躍又讓摩恪達派了五十個羌兵護送魏光燾進入新疆一直到迪化，魏光燾感激不已。
送走魏光燾之後，曹躍由摩恪達組建一千人的羌兵營，並留下摩恪達的羌兵駐鎮守安西府，其餘大軍在穿上了夾雜著羊毛的冬衣之後，開始隨他返回陝西石橋軍營和灞橋軍營。
終於回家了。
軍隊在路過肅州的時候，肅州縣令梁鵬舉和甘肅北營千總邢誠對曹躍熱情款待，一起恭喜曹躍此番平定甘肅叛軍立下滔天大功，朝廷必定會封賞頗豐。尤其是梁鵬舉得知自己的兒子在曹躍身邊勇敢作戰毫無畏懼，遠比在肅州縣城裏整日打架鬥毆遊手好閑強得多，不禁對曹躍大為感激，感激他能夠讓自己的兒子走上正途。
曹躍笑道：“你兒子不錯，他以前是因年輕而迷茫，現在有了追求目標，自然不會胡鬧下去了。”曹躍轉頭問梁羽願不願意留下來幫助父親，梁羽斷然拒絕道：“我跟著曹將軍你，隻有你的軍隊，才是我看到傳說中那支不破樓蘭誓不還的大漢狼騎。”