臨時改變部分計劃是一件非常危險的舉動，葉祖珪不是沒有考慮這會對全局造成的影響，但是葉祖珪在見到德國軍艦的混亂之後做出的決定。按照計劃他們是偷襲，給德軍創造重大傷亡之後逃走，但是現在看來，他們有機會全殲德軍遠征軍海軍護衛隊。因此葉祖珪才允許更改作戰計劃。
這份臨時作戰計劃並沒有打亂了他們原本的偷襲計劃，所以其他軍官並沒有提出反對意見。
13:20分，忽然接到撤出戰場命令的飛鷹號和飛霆號當即掉頭，飛鷹號艦長陳曾壽和飛霆號艦長趙增添內心非常疑惑，一直到撤出戰場之後才得到準確命令，原來是讓他們負責伏擊逃走的其他德國軍艦。兩艘魚雷驅逐艦立即趕往後麵的兩艘補給艦補給彈藥以及燃煤，但風浪太大，補給非常困難。不過所幸大家並沒有慌張，陳曾壽和趙增添兩人非常清楚現在要做什麼，德軍戰敗已定，他們絕不能放走任何一艘德國軍艦和運輸船。
13:25分，德國海軍克隆號輪船、漢堡號輪船相繼被北洋水師的魚雷艇偷襲得手，這兩艘載水量較輕的運送德軍士兵的遠洋輪船在身中兩發魚雷之後，海水湧入了船艙內，在短短三十分鍾內半沉入海底，兩艘輪船上七十多名船員跳上救生艙後手持步槍負隅頑抗，遭到北洋水師海軍機關炮（重機槍）的掃射，兩艘救生艇海員全部被殺。
鮮血染紅了大海！
13:27分，德國海軍博蘭尼斯號炮艦上的主炮在還擊的過程中擊中了北洋水師海犀號驅逐艦，並意外地引起了彈藥艙爆炸，排水量僅僅234噸的海犀號瞬間爆炸成為一朵火花，隨即沉入海底。海犀號管帶左銘順以及海犀號上42名水手1名北洋水師學堂學員總計44人全部遇難身亡，其中該學員今年年僅十五歲，成為本次渤海灣海戰中中國陣亡年齡最小的軍人。
左銘順，福建三明人，馬尾水師學堂畢業，曾經參加甲午海戰，甲午戰敗之後左銘順連同許多其他海軍將領受到處罰，在淞滬水師學堂擔任教師，後背朝廷委任為海琛號管帶。盡管作為海軍管帶要長期忍受離家的痛苦，且在訓練過程之中左銘順的老父母相繼離世，但他忍痛留守，懷著對中國海軍複興的強烈執著報效國家，直到渤海灣海戰陣亡犧牲，年僅38歲。
13:33分，德國海軍柯尼斯堡號運輸艦被擊中鍋爐，繼而引發爆炸，柯尼斯堡號運輸艦因承載著運往德國亞洲殖民地的彈藥，艦長朗格堅決不同意水手逃離艦船的決定，要求必須救助本艦。但是鍋爐的大火很快導致整艘運輸艦的傾倒，高溫最終導致運輸艦運輸艙內毒氣彈的爆炸，整艘船很快船員遭到毒氣彈的攻擊，死傷慘重。
由於大量海水灌入船艙，人們發現柯尼斯堡號運輸艦整艘船居然在海麵上豎了起來，大火外加傾覆，沉船在即，朗格船長無奈下令士兵放棄運輸艦從柯尼斯堡號上逃走，逃走時候全船僅幸存22人。
然而讓人意外的是，柯尼斯堡號在海麵上豎著著火，卻一直不沉入海中，一直到海戰結束，柯尼斯堡號上的大火自己居然熄滅了，整艘船依舊豎直地插在渤海裏，成了漂浮在海麵上的移動軍火庫。
其後柯尼斯堡號運輸艦被北洋水師捕獲，發現其中價值高達五百萬德國金馬克的軍火補給。
這五百萬金馬克的軍火都是陸軍方麵的補給，北洋水師軍官雖然想收起來，不過葉祖珪等人的目光也不至於那麼短淺，在戰後將這些軍火連同其它捕獲的軍火補給全部交給曹躍處置。曹躍隨後也及時地宣布成立大清帝國兵部下屬海軍部，從此海軍單獨建成海軍衙門，不再歸屬地方總督，享有作戰自主權，從而極大地解放了海軍的行動自由和自主性。
德國人朗格船長在得知柯尼斯堡號被捕獲，裏麵的軍火被中國人得到的消息之後，羞憤自殺身亡，享年36歲。
13:40分，德國海軍遠征軍海軍護衛隊旗艦盧克斯號巡洋艦開始朝著北洋水師衝過去，在他左右不遠分別是博蘭尼斯號炮艦和杜爾德號炮艦，三艘德國海軍成品字形的決死衝鋒一度讓北洋水師的陣型有一絲淩亂。但是很快，在劉冠雄的調度指揮下，北洋水師分為ABC三支艦隊，A艦隊由劉冠雄帶領的北洋水師旗艦海天號巡洋艦、海榮號巡洋艦，海籌號巡洋艦、海青號驅逐艦、海龍號驅逐艦、辰字號魚雷艦、列字號魚雷艦組成，B艦隊由海祈號管帶黃鳴球帶領海琛號巡洋艦、海華號驅逐艦、通濟號炮艦、左一號魚雷艦、張字號魚雷艦、列字號魚雷艦組成，而飛霆號與飛鷹號魚雷驅逐艦則組成C艦隊對漏網之魚運輸艦與輪船進行攻擊。