這一次馬尾海戰中，輸得最慘的當然是日本帝國了。
大日本帝國陸軍聯合艦隊全軍覆滅，日本數十個港口遇襲，日本的運兵船和運輸船被毀，如果不是長崎的守備軍隊嚴防死守，恐怕如果長崎軍站一旦被毀的話，日本根本無力回天了。
單單就這次戰鬥而言，日本損失的金額總數就是甲午中國賠款總數的三倍，其中聯合艦隊的損失其實並不算是大頭，反而是被中國人炸毀日本海軍總部橫須賀海軍基地以及被俄國人炸毀的佐世保海軍基地讓日本海軍幾乎沒有了落腳之地，而最後李準的炮擊東京並引發東京大火，可以說是神來之筆。
李準沒有想到的是，這次炮擊東京會引發東京的大火，比起曆史上1923年由於日本關東大地震而引發的東京大火來說，這一次的東京大火似乎是提前進行了預演，給日本人提了醒——算是間接幫助了日本人了吧。
東京的大火從岸邊開始燃燒起來，借著三月份太平洋的海風，朝著市區內燃燒了過去。在日本這種國家裏，最害怕的不是地震，反倒是火災。由於日本是地震帶國家，所以日本人在建造房屋的時候多采用木製和茅草製造的房屋，這樣做的原因一是成本低廉不像磚石結構那麼複雜花費多，二是安全不至於房屋坍塌的時候砸死人，三是建造簡單且取材方便，千百年下來日本人也習慣住在木屋之中了，但是木屋最害怕的就是大火，如果發生火災，將會產生不可估量的災難。明治天皇維新之後，第一個建立的部門不是警察部門也不是軍隊部門，而是全國上下的消防所。因此東京大火燃燒起來之後，所有消防所的消防兵和市民以及警察全都跑出來滅火了。因此大火少了兩天兩夜就在日本人的努力之下熄滅，造成的損失十分巨大，不少工廠直接燒毀，甚至連數個財團的總部全都被燒毀了，直接被燒死的人高達三萬餘人，受傷的人達到二十萬人。
而給日本人打擊最的不是身體上的傷害，反而是精神上的摧殘，這場戰爭進行到現在，東京大火成為了壓垮日本政府的最後一根稻草。
在接連四日的戰爭中，自信滿滿的日本海軍以及上下國民政客都沒有想過僅僅是四天時間，事情就會發生如此不可思議的逆轉，讓日本人最為引起為傲的日本海軍聯合艦隊被全部殲滅。中俄竟然聯手向日本進行絞殺攻擊，並且提前獲得了消息，得知日本在馬尾設伏。
不管是誰提前泄密，還是被對方猜到，總之這個伏擊戰成為了一場遭遇戰，尤其是發生在黑夜之中的遭遇戰讓俄國人的重型裝甲充分發揮了自己的優勢，而日本海軍軍艦的高速優勢在黑夜之中成為了劣勢，日本海軍不得不降速以避免相互撞擊，從而以己之短攻彼之長，盡管最終打贏了海戰，可是日本海軍聯合艦隊已經損失了三分之一。按照道理，東鄉平八郞應該停止追擊，進行艦隊休整，可是東鄉平八郞太冒險了。他希望能夠一鼓作氣將俄國軍艦全部絞殺完畢，可是卻付出了代價。