起初，眾神們各個擊破的戰略奏效了，新盤古大陸各大文明都陷入了內鬥的戰火中，而“天”上的眾神作為戰爭商販給各大文明提供武器，不過各大文明很快就察覺到這實際上是“天”上眾神們的陰謀，於是瞞著眾神的眼睛，在私底下建立了聯盟，並采取了將計就計的應對策略。
各大文明之間的戰火雖然延綿不斷，但實際上都沒有傷及到根基，他們都在暗中保存實力，一方麵不斷地獲取從“天”上眾神那裏得來的科技，另一方麵伺機而動，等待“天”上眾神露出狐狸尾巴，而後再聯合起來給其致命一擊。
果然，在各大文明過家家式的戰爭遊戲下，“天”上眾神以為打得差不多了，自以為抓住了時機，一舉發動帶來的艦隊加入了戰爭中，不過眾神們很快便被販賣給各大文明的武器打得節節敗退。
這一戰中，“天”上的眾神損失慘重，原先入侵的十六艘戰艦被擊落了十二艘，有三艘被俘獲，剩下的那一艘極其狼狽地逃回了“天”上，此外，隕落的神與亞神也不計可數。
以至於到了最後，神王黃昏戰神親自將臨新盤古世界出手，不過在失去靈氣滋潤後，黃昏戰神的神力流失得也十分厲害，最後竟然敵不過新盤古世界十二個最強文明的領袖聯手。
這十二個擊敗黃昏戰神的文明領袖，又被後世之人稱作十二祖巫，十二祖巫雖然擊敗了黃昏戰神，不過並未徹底將其弑殺掉，黃昏戰神在逃走時，使出了神通將盤古大陸大部分的靈氣都剝落了下來，並帶回到“天”上。
重獲靈氣的“天”重新燃起了生機，而眾神們也漸漸恢複了神力以及永恒的壽命，不過失去了大部分靈氣的新盤古世界卻麵臨末日，靈氣是盤古大陸上生靈們繁衍生息賴以生存的東西，所以失去靈氣對於大部分種族來說都是毀滅性的打擊。
所以為了爭奪盤古大陸上剩餘的靈氣延續自身所在的部族，十二祖巫紛紛帶領自己的部族爆發戰爭，此次內戰中所有組建起來的聯盟乃至是文明都被徹底解構，每個種族都極其自私地為了得到靈氣而殘忍地將其他種族屠戮掉。
來自魔界的女魔伊娃不忍心看著盤古大陸上各大種族相互屠戮爭戰，所以用兩儀生滅陣將亡靈的怨氣轉化成了靈氣，並用周天星鬥大陣使得靈氣均勻地在整個盤古大陸上流動，在靈氣稀缺的問題得到根源性的解決後，盤古大陸上各個部族也漸漸地停止了戰爭。
但是那一戰中還是使得許多弱小的種族蒙受到滅族之災，讓盤古大陸上的生靈放下廝殺屠刀的女魔伊娃也搖身一變成為了生靈們侍奉的神明，盤古大陸上的生靈把伊娃稱呼為女媧，而後世之人又把伊娃補充盤古世界靈氣的世界成為女媧補天。
伊娃除了補天之外，還做了另一件大事，那便是揉合了盤古大陸上各個種族的血脈創造人類，而人類又把自身以外的生靈，也就是盤古大陸上原先的各個種族統稱為妖。
人類雖然不像妖那樣具備強大的肉身與能力，但是人類繼承了神與魔的智慧，又因為人類的血脈中融合了萬靈之血，所以人類又自稱為萬物之靈。
人類靈智程度遠高於妖，並且非常懂得保全自身，所以弱小的人類向各個強大的妖族進貢，並換取強大妖族的保護，並自願給強大的妖族當附庸，所以人類才得以在萬妖縱橫的洪荒時代中苟且偷生地存活下來。
第二次“天”神的入侵戰爭摧毀了新盤古世界上的文明，所以盤古世界上的各大部族為了統一又重新開啟了征服戰爭，而這場強大部族統治弱小部族的征服戰爭中，最耀眼的卻不是強大的十二祖巫，而是兩個異種。
“天”神第一次入侵新盤古世界時，盤古大陸上的各大文明便向曾經的盟友，也就是活在地底魔界中的魔求助過，期間有包括伊娃在內的無數大魔從魔界裏走出重新進入新盤古世界，並幫助大陸上的新靈們擊敗“天”神。
在擊敗“天”神後，雖然大部分的魔都回到了魔界，但仍有部分的魔選擇留在這片大陸上，久而久之，魔開始與盤古大陸上各種生靈通婚，而魔與妖生下的異種都極其容易夭折，不過活下來的異種卻展現出比魔，甚至比神王還要強的神通。
其中有一對雙胞胎異種更是直接顛覆了妖界與神界，這對雙胞胎異種的大哥名為帝俊，弟弟名為太一，他們的真身都是頭頂上盤繞陽火的三足金烏。
在第二次巫妖大戰中，太一以一己之力血拚八大祖巫，並使八大祖巫統統隕落，十二祖巫最強大的八個被太一殺死後，剩下的四個已經完全不是太一的對手了，所以紛紛向太一俯首稱臣，而太一也迅速統一了洪荒萬族，並建立了一個空前強大的文明，其名為夏。
而東為五方之首，所以太一也被稱為東皇。
弟弟太一統治了盤古大陸上的萬族，而哥哥帝俊的豐功偉績更是被大陸上的生靈口口頌讚，因為帝俊乘坐第二次“天”神入侵戰爭中從眾神那裏俘獲而來的戰艦登“天”，以一己之力敵“天”上眾神，並弑殺了黃昏戰神。
在黃昏戰神隕落後，帝俊在天上稱帝，萬神皆給他俯首稱臣，因為天上眾神把帝俊這個異種誤認為是從盤古大陸上來的妖，所以帝俊又素有妖皇之稱，在弑殺神王成為了神帝之後，妖皇又在天上重新組建了天庭統治天上眾神。
兄弟二人聯手統治天地後，天地都進入了太平盛世，然而好景並不長，不到半個太陽紀後，來自星空深處異世界的入侵開始了，八艘像天體般龐大的戰艦駛進了太陽係，盤古大陸的生靈們仰望天空時便會看到九個太陽，並不是真的出現了九個太陽，而是因為其中八個太陽實際上都是來自異世界的戰艦。