馬維興等人回歸南明之後，程普又建議在緬甸招了一些士兵，加上明軍原有的兵馬，明軍的人數達到五六萬人。程普又派人向緬甸國王索要了一些兵器，緬甸國王為平衡明軍與清軍的勢力，忍著心痛向明軍又提供了一些火槍火炮，緬刀弓箭等武器，另外還有數百頭戰象和數萬斤的炸藥。
程普依舊將投降的清軍分配到原明軍各小隊中，讓投降的將領帶領原明軍和新招的緬軍，並都給安排了一員原明軍中的小將作為副將，對此降將們倒也沒什麼異議，誰讓自己是降將呢。
程普挑選原明軍中作戰勇敢，經驗豐富的人提拔為新的將領，讓這些人帶領新招的軍隊進行火槍火炮以及床弩等武器的訓練，並從新招的軍隊裏挑選優秀的加入程家軍。
1667年2月，程普認為南明的軍隊已經可以和吳三桂相抗衡，於是建議永曆皇帝出兵雲南，永曆皇帝以及李定國等人久居緬甸，也都感到水土不服，雖有大夫救治，但還是經常有士兵病倒，於是同意了程普的建議。
由於守雲南的將領多為南明降將，心中多是心向大明，所以許多人明軍一到就開城投降，也有部分負隅頑抗的程普就下令一頓炮火轟開城門，所以明軍很快便占領了南明許多城池。到五月，明軍攻下了大理城，吳三桂向清廷告急。
明軍攻占大理，清廷震驚。此時的清廷，順治皇帝已經歸天，八歲的小皇帝康熙被扶上皇位，然而年紀畢竟尚小，朝政由四位輔政大臣把持，其中又以鼇拜最為跋扈。在朝中沒有大臣敢與他作對。
鼇拜接到吳三桂的告急，隻罵漢人軍隊無用，說隻有滿洲八旗的鐵騎才是天下無敵的，漢人都是些無用的家夥。一番話直說的洪承疇等漢奸無地自容。隨後鼇拜派靖南王朱馬喇為將軍帶領五萬八旗軍聯合吳三桂的十幾萬人共同剿滅南明殘餘勢力。洪承疇說南明李定國當年尼堪十萬人馬尚且不是其對手，如今隻派五萬八旗軍恐難以取勝。
鼇拜自信的說八旗軍滿萬不可戰勝，尼堪隻是一時大意，當年大清十萬人馬即統治中原即可說明一切。洪承疇是敗軍之將，當年有數百萬軍隊的大明朝確實敗給了隻有十數萬人馬的大清朝。
南明朝廷得知朱馬喇率八旗軍支援雲南的消息，不免都有些慌亂，因為他們都知道八旗軍的戰鬥力絕非吳三桂的軍隊可比。李定國還是主張打伏擊戰，程普卻認為這麼做並不高明，一是南明屢次使用伏擊戰，清軍必有防備，在者大理城附近並沒有好的伏擊地點，如果遠離大理伏擊敵人，則是孤軍深入，有被包圍的可能。
李定國問程普：“軍事有什麼高見呀？”
程普雖不懂兵法，但他在後世有一個遊戲玩的很好——植物大戰僵屍。於是他向李定國建議主守，又對李定國說：“我軍的優勢在火器，守城則能盡情發揮我軍優勢。當年袁崇煥據守城池，屢次大敗八旗軍，就是這個道理。”
李定國見程普說的有理，於是同意了程普的做法。
1667年7月，八旗軍五萬餘人會同吳三桂的十幾萬人像大理城進攻。八旗軍像打了興奮劑一樣騎馬衝在最前麵，在距離大理城一百多裏的地方，遇到了明軍設置的大量地雷和絆馬索拌馬釘，明軍的大炮也開始在城頭怒吼，八旗軍立刻人仰馬翻。
此時的八旗軍，早已不是剛入關時的八旗軍，見明軍有埋伏，便讓漢人的步兵在前麵開路當炮灰，吳三桂雖是漢奸，但還是比較心疼士兵的，見自己的士兵死了一層又一層，隨即命令紅衣大炮向明軍開炮壓製明軍的火力。