王輔臣叛變清朝之後，康熙皇帝寢食難安，在朝堂上大罵圖海無用，這時周培公上書康熙皇帝說：“皇上，王輔臣雖強，但畢竟是孤軍作戰，隻要不讓他與南明連成一片，用不了多長時間必能攻克，而且我看王輔臣並不難對付，難對付的是南明的那個兵部尚書程普，如今我大清朝水師今非昔比，我們可以讓水師攻打台灣的鄭經，到時鄭經不敵南明必會派程普去支援，到時我們一麵死守台灣，一麵攻打王輔臣必能攻克，此乃調虎離山之計。”
康熙皇帝聽後點點頭說：“你的計謀確實不錯，隻是不知要派那位將軍去攻克台灣？”
周培公說：“施琅將軍精通水戰，且與鄭經有殺父之仇，若施琅將軍領兵必能攻下台灣。”
康熙皇帝搖搖頭說：“施琅雖然精通水戰，但他乃是將才，收服台灣，必須還要有一位帥才統籌全局。”
周培公低頭想了一會說：“皇上，臣認識一位朋友可以擔此重任。”
康熙說：“是誰？”
周培公說：“此人乃是一個奇人，名叫姚啟聖。”
康熙：“姚啟聖，我對這個人倒是頗有印象，你說的就是那個擅開禁海的姚啟聖吧。”
周培公說：“正是此人，別人的官是越做越大，而他的官卻是越做越小，全因此人性格，此人嫉惡如仇，一次遊蕭山，遇到兩個兵卒搶掠一雙女子，姚啟聖拔出佩刀殺了那兩個兵卒，放走了那兩個女子。此人視錢財如糞土，曾自己出錢修建了三江閘，西江塘。此人軍紀嚴明，手下之兵從不拿百姓一針一線。而且此人關心百姓疾苦。”
康熙：“嫉惡如仇，視錢財如糞土，軍紀嚴明，關心百姓疾苦，好，我要的就是這樣的帥才。傳旨，速召姚啟聖麵聖。”
周培公：“啟稟萬歲，現在姚啟聖正在盛京的一個馬場任九品司廄。”
康熙皇帝哈哈大笑說：“速速宣旨，封姚啟聖為征明大元帥，即刻上任。圖海朕命你戴罪立功，支援寧夏以防明軍與叛軍連成一片，索額圖，朕命你領兵十萬開赴山西，伺機再次攻打王輔臣。”
經過近一個月的準備，由姚啟聖任元帥，施琅任大將軍，十萬大清水師浩浩蕩蕩從山東青島出發，浩浩蕩蕩地開往台灣。
鄭經得知清軍來犯，馬上命陳永華率兵抵擋，陳永華立刻率大明水師出戰，大明的戰船經過程普的改造，都配備了多枚大炮，另外還裝備了早期的魚雷——火龍出水。
清軍雖然人多，但由於明軍的武器比較先進，幾仗下來，明軍並沒有處於下風。姚啟聖指揮清軍占領了福建沿海，讓福建沿海的居民都遷到了離海比較遠的地方，並派清軍的水軍專門攻擊明軍的商船以及各種運送物資的船隻。對台灣明軍實行遷海禁島，想困死台灣的明軍，陳永華多次對清軍發起攻擊，但台灣明軍以水軍為主，清軍水軍見到明軍水軍就逃。岸上明軍又打不過十萬清軍，每次都以失敗告終。南明福建巡撫也多次配合陳永華作戰，但姚啟聖極會用兵，明軍始終未能攻下福建沿海。