明代倭寇的活動，以嘉靖朝為界可大體分為兩個時期。前期是從元末、明初到正德年間。元末，日本進入南北朝分裂時期，其內戰中的敗將殘兵、海盜商人及破產農民流入海中，乘明初用兵之機，屢寇濱海州縣。
洪武時，海防整飭，尚未釀成大患。經永樂十七年（1419）六月的望海堝之戰，明遼東總兵劉江率師全殲數千來犯之倭後，倭寇稍稍斂跡。
正統以後，因明代海防逐漸空虛，倭寇侵擾時能得手，致倭患又起。
這一時期的倭寇成員多為日本本土之人，除*裸侵擾外，還利用中日間存在的“勘合貿易”載運方物和武器。路遇官兵，則矯稱入貢；乘其無備，則肆行殺掠。
總的說來，嘉靖以前，倭寇侵擾隻限於個別地區，時間亦短，尚未成為明朝東南地區的嚴重禍患。
前期：明成祖發動叛亂，奪取政權，遷都北京後，據說建文皇帝在南方的殘餘勢力與日本海賊合作，以日本一些為基地，在中國和朝鮮沿海進行報複性侵擾。
由於這些南方人身穿日本人服裝，使用日本人的武器和作戰方法，所以也用“倭寇”這名詞來稱呼由日本人與南方中國人所組成的海盜集團。
明成祖晚年，由於陸上北方威脅未除，南方鄭和下西洋以後，激增的海陸來往也帶來了漸盛的倭寇侵擾，遂實行海禁政策，隻開放勘合貿易（官方貿易）。
但後來到了嘉靖二年（西元1523年）爆發了寧波之亂，加上稍早時，葡萄牙人入侵發生了屯門海戰與西草灣之戰，此後沿海治安多次陷入危機。
明朝遂宣布中斷一切貿易，期望以圍堵的政策來減輕倭寇的威脅，但也斷絕許多自唐朝以來整個貿易產業鏈相關從業人員（魚業、手工業、造船業、貿易）的生計，致使貿易地下化，商業糾紛無從解決，遂轉成武力報複，倭寇之亂不減反增，造成了嘉靖倭亂。
後來的發展上，明人王直扮演了很重要的角色，王直曾上書朝廷請求開海禁，被拒絕後，把基地設在日本的平戶藩，以反對明朝海禁政策的南方中國人為基礎，與日本人、佛朗機人合作進行走私，在後期倭寇中，很為知名。
胡宗憲與戚繼光曾參與討伐倭寇的軍事行動。
後期：嘉靖以後，是倭寇活動加劇的時期。其原因有四：
①戰爭造成日本各階層人士的大量破產和失業，遂多流為寇盜；
②由於日本商業的發展，大小藩侯的奢侈欲望愈益增長，對中國大陸各種物資和貨幣的需求更加強烈；
③日本室町幕府已名存實亡，無力控製全國政局，諸1ff8各自為政，尤其是南方封建主，將掠奪中國大陸視為利藪；
④這一時期有大量的中國商人、破產農民和失意知識分子等，由於各種原因留居日本。其中有資本者糾倭貿易，無財力者則“聯夷肆劫”，成為嘉靖隆慶年間倭寇的重要組成部分，構成這一時期倭寇的一個顯著特點。
如僑居日本的倭寇首領汪直、徐海、毛烈、陳東、葉明（葉麻）、鄧文俊、林碧川、沈南山等，即為此類人物。